RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000422344.5

TRAF4-204, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 3

Gene TRAF4, Length 631 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-204	ENST00000422344	PTPRK	Q15262	1439 aa		34.03	■■■■□ 3.04
TRAF4-204	ENST00000422344	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		34.01	■■■■□ 3.03
TRAF4-204	ENST00000422344	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		34.01	■■■■□ 3.03
TRAF4-204	ENST00000422344	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		34	■■■■□ 3.03
TRAF4-204	ENST00000422344	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	33.99	■■■■□ 3.03
TRAF4-204	ENST00000422344	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		33.98	■■■■□ 3.03
TRAF4-204	ENST00000422344	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	33.98	■■■■□ 3.03
TRAF4-204	ENST00000422344	KIF3B	O15066	747 aa		33.96	■■■■□ 3.03
TRAF4-204	ENST00000422344	PKD2	Q13563	968 aa		33.95	■■■■□ 3.03
TRAF4-204	ENST00000422344	ILDR2	Q71H61	639 aa		33.95	■■■■□ 3.03
TRAF4-204	ENST00000422344	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	33.95	■■■■□ 3.03
TRAF4-204	ENST00000422344	PLA2R1	Q13018	1463 aa		33.95	■■■■□ 3.02
TRAF4-204	ENST00000422344	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	33.93	■■■■□ 3.02
TRAF4-204	ENST00000422344	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		33.89	■■■■□ 3.02
TRAF4-204	ENST00000422344	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		33.88	■■■■□ 3.01
TRAF4-204	ENST00000422344	ABCC5	O15440	1437 aa		33.88	■■■■□ 3.01
TRAF4-204	ENST00000422344	DAPK1	P53355	1430 aa		33.87	■■■■□ 3.01
TRAF4-204	ENST00000422344	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	33.86	■■■■□ 3.01
TRAF4-204	ENST00000422344	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		33.84	■■■■□ 3.01
TRAF4-204	ENST00000422344	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		33.83	■■■■□ 3.01
TRAF4-204	ENST00000422344	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		33.82	■■■■□ 3
TRAF4-204	ENST00000422344	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		33.82	■■■■□ 3
TRAF4-204	ENST00000422344	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		33.81	■■■■□ 3
TRAF4-204	ENST00000422344	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		33.81	■■■■□ 3
TRAF4-204	ENST00000422344	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	33.81	■■■■□ 3
TRAF4-204	ENST00000422344	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	33.8	■■■■□ 3
TRAF4-204	ENST00000422344	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	33.8	■■■■□ 3
TRAF4-204	ENST00000422344	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		33.79	■■■■□ 3
TRAF4-204	ENST00000422344	KIF15	Q9NS87	1388 aa		33.79	■■■■□ 3
TRAF4-204	ENST00000422344	TNR	Q92752	1358 aa		33.76	■■■■□ 3
TRAF4-204	ENST00000422344	SOCS7	O14512	581 aa		33.76	■■■□□ 2.99
TRAF4-204	ENST00000422344	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		33.76	■■■□□ 2.99
TRAF4-204	ENST00000422344	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	33.75	■■■□□ 2.99
TRAF4-204	ENST00000422344	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		33.73	■■■□□ 2.99
TRAF4-204	ENST00000422344	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		33.73	■■■□□ 2.99
TRAF4-204	ENST00000422344	PZP	P20742	1482 aa		33.72	■■■□□ 2.99
TRAF4-204	ENST00000422344	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	33.71	■■■□□ 2.99
TRAF4-204	ENST00000422344	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		33.7	■■■□□ 2.99
TRAF4-204	ENST00000422344	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	33.68	■■■□□ 2.98
TRAF4-204	ENST00000422344	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	33.66	■■■□□ 2.98
TRAF4-204	ENST00000422344	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		33.64	■■■□□ 2.98
TRAF4-204	ENST00000422344	ABCC3	O15438	1527 aa		33.63	■■■□□ 2.97
TRAF4-204	ENST00000422344	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	33.62	■■■□□ 2.97	1e-7	■■□□□ 12.7
TRAF4-204	ENST00000422344	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		33.62	■■■□□ 2.97
TRAF4-204	ENST00000422344	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		33.61	■■■□□ 2.97
TRAF4-204	ENST00000422344	ADGRL2	O95490	1459 aa		33.61	■■■□□ 2.97
TRAF4-204	ENST00000422344	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	33.6	■■■□□ 2.97
TRAF4-204	ENST00000422344	NLRP1	Q9C000	1473 aa		33.57	■■■□□ 2.97
TRAF4-204	ENST00000422344	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	33.57	■■■□□ 2.96
TRAF4-204	ENST00000422344	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	33.56	■■■□□ 2.96
TRAF4-204	ENST00000422344	CPS1	P31327	1500 aa		33.56	■■■□□ 2.96
TRAF4-204	ENST00000422344	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		33.55	■■■□□ 2.96
TRAF4-204	ENST00000422344	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	33.55	■■■□□ 2.96	9e-7	■■■□□ 14.9
TRAF4-204	ENST00000422344	CEP152	O94986	1710 aa		33.55	■■■□□ 2.96
TRAF4-204	ENST00000422344	KANK1	Q14678	1352 aa		33.54	■■■□□ 2.96
TRAF4-204	ENST00000422344	PIP4K2B	P78356	416 aa		33.53	■■■□□ 2.96
TRAF4-204	ENST00000422344	DEPDC5	O75140	1603 aa		33.52	■■■□□ 2.96
TRAF4-204	ENST00000422344	TOM1	O60784	492 aa		33.51	■■■□□ 2.95
TRAF4-204	ENST00000422344	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	33.49	■■■□□ 2.95
TRAF4-204	ENST00000422344	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		33.48	■■■□□ 2.95
TRAF4-204	ENST00000422344	HSPA1L	P34931	641 aa		33.48	■■■□□ 2.95
TRAF4-204	ENST00000422344	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		33.46	■■■□□ 2.95
TRAF4-204	ENST00000422344	MED14	O60244	1454 aa		33.46	■■■□□ 2.95
TRAF4-204	ENST00000422344	ITGAE	P38570	1179 aa		33.46	■■■□□ 2.95
TRAF4-204	ENST00000422344	ERVK-7	P63135	1459 aa		33.44	■■■□□ 2.94
TRAF4-204	ENST00000422344	ROCK1	Q13464	1354 aa		33.42	■■■□□ 2.94
TRAF4-204	ENST00000422344	IQGAP1	P46940	1657 aa		33.41	■■■□□ 2.94
TRAF4-204	ENST00000422344	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	33.41	■■■□□ 2.94
TRAF4-204	ENST00000422344	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		33.4	■■■□□ 2.94
TRAF4-204	ENST00000422344	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		33.36	■■■□□ 2.93
TRAF4-204	ENST00000422344	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	33.36	■■■□□ 2.93
TRAF4-204	ENST00000422344	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	33.31	■■■□□ 2.92
TRAF4-204	ENST00000422344	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		33.31	■■■□□ 2.92
TRAF4-204	ENST00000422344	ALK	Q9UM73	1620 aa		33.3	■■■□□ 2.92
TRAF4-204	ENST00000422344	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		33.29	■■■□□ 2.92
TRAF4-204	ENST00000422344	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		33.28	■■■□□ 2.92
TRAF4-204	ENST00000422344	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		33.27	■■■□□ 2.92
TRAF4-204	ENST00000422344	UNC13B	O14795	1591 aa		33.26	■■■□□ 2.92
TRAF4-204	ENST00000422344	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	33.24	■■■□□ 2.91
TRAF4-204	ENST00000422344	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	33.22	■■■□□ 2.91
TRAF4-204	ENST00000422344	LTK	P29376	864 aa		33.21	■■■□□ 2.91
TRAF4-204	ENST00000422344	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		33.21	■■■□□ 2.91
TRAF4-204	ENST00000422344	SYNM	O15061	1565 aa		33.21	■■■□□ 2.91
TRAF4-204	ENST00000422344	TET3	O43151	1660 aa		33.2	■■■□□ 2.9
TRAF4-204	ENST00000422344	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	33.18	■■■□□ 2.9
TRAF4-204	ENST00000422344	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		33.17	■■■□□ 2.9
TRAF4-204	ENST00000422344	SLIT1	O75093	1534 aa		33.17	■■■□□ 2.9
TRAF4-204	ENST00000422344	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		33.16	■■■□□ 2.9
TRAF4-204	ENST00000422344	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		33.15	■■■□□ 2.9
TRAF4-204	ENST00000422344	NOS1	P29475	1434 aa		33.14	■■■□□ 2.9
TRAF4-204	ENST00000422344	EID1	Q9Y6B2	187 aa		33.14	■■■□□ 2.9
TRAF4-204	ENST00000422344	PIK3C2B	O00750	1634 aa		33.13	■■■□□ 2.89
TRAF4-204	ENST00000422344	NUP155	O75694	1391 aa		33.13	■■■□□ 2.89
TRAF4-204	ENST00000422344	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	33.13	■■■□□ 2.89
TRAF4-204	ENST00000422344	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		33.13	■■■□□ 2.89
TRAF4-204	ENST00000422344	IDI1	Q13907	227 aa		33.09	■■■□□ 2.89
TRAF4-204	ENST00000422344	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		33.07	■■■□□ 2.88
TRAF4-204	ENST00000422344	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		33.06	■■■□□ 2.88
TRAF4-204	ENST00000422344	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	33.05	■■■□□ 2.88
TRAF4-204	ENST00000422344	NAIP	Q13075	1403 aa		33.04	■■■□□ 2.88

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