RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-215ENST00000565236 NCK2O43639 380 aa25.23■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 DKC1O60832 514 aaKnown RBP eCLIP25.23■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 QARSP47897 775 aaKnown RBP25.23■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 SPOUT1Q5T280 376 aaKnown RBP25.23■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 KLHL23Q8NBE8 558 aa25.23■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 ELAC1Q9H777 363 aaKnown RBP25.23■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 VAV3Q9UKW4 847 aa25.23■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 CSPG5O95196 566 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 BAG4O95429 457 aaKnown RBP25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 MMP1P03956 469 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 ITGB1P05556 798 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 DARSP14868 501 aaKnown RBP25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 NR5A1Q13285 461 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 EARS2Q5JPH6 523 aaKnown RBP25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 NSUN7Q8NE18 718 aaKnown RBP25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 GADD45GIP1Q8TAE8 222 aaPredicted RBP25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 HAS1Q92839 578 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 AAASQ9NRG9 546 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 PCDHB12Q9Y5F1 795 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 MAFO75444 373 aaPredicted RBP25.21■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 P4HBP07237 508 aaKnown RBP25.21■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 DRP2Q13474 957 aa25.21■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 ANO5Q75V66 913 aa25.21■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 SPPL3Q8TCT6 385 aa25.21■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 NEK9Q8TD19 979 aa25.21■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 CEP89Q96ST8 783 aa25.21■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 JPH2Q9BR39 696 aaPredicted RBP25.21■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 GCOM2Q9BZD3 368 aaPredicted RBP25.21■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 CLDND1Q9NY35 253 aa25.21■■□□□ 1.63
CLN3-215ENST00000565236 IGKV6-21A0A0C4DH24 114 aa25.2■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 FAM205CA6NFA0 338 aa25.2■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 H3BQ06 376 aaPredicted RBP25.2■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 FGFR1P11362 822 aa25.2■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 TRIM29Q14134 588 aa25.2■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 PUS10Q3MIT2 529 aaKnown RBP25.2■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 PTCRAQ6ISU1 281 aaPredicted RBP25.2■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 POTEDQ86YR6 584 aa25.2■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 SLFN12Q8IYM2 578 aa25.2■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 SUCLA2Q9P2R7 463 aaPredicted RBP25.2■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 FNDC1Q4ZHG4 1894 aaPredicted RBP25.19■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 HOXA2O43364 376 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 JAK2O60674 1132 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 FGFR4P22455 802 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 CAMK1Q14012 370 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 COL19A1Q14993 1142 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 EPHA7Q15375 998 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 PLA2G4FQ68DD2 849 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 TNFRSF25Q93038 417 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 PPP2R3CQ969Q6 453 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 CYP26B1Q9NR63 512 aa25.19■■□□□ 1.62
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CLN3-215ENST00000565236 KIAA1671Q9BY89 1806 aa25.19■■□□□ 1.62
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CLN3-215ENST00000565236 FOSBP53539 338 aa25.18■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 HYAL1Q12794 435 aa25.18■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 NCAPH2Q6IBW4 605 aa25.18■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 RHPN2Q8IUC4 686 aa25.18■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 POF1BQ8WVV4 589 aa25.18■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 INO80BQ9C086 356 aaPredicted RBP25.18■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 TMEM117Q9H0C3 514 aa25.18■■□□□ 1.62
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CLN3-215ENST00000565236 GRXCR2A6NFK2 248 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 BTBD18B2RXH4 712 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 NPEPPSP55786 919 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 ZNF410Q86VK4 478 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 ECHDC2Q86YB7 292 aa25.17■■□□□ 1.62
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CLN3-215ENST00000565236 RNF169Q8NCN4 708 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 SLC7A3Q8WY07 619 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 CEP170P1Q96L14 293 aa25.17■■□□□ 1.62
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CLN3-215ENST00000565236 DACT1Q9NYF0 836 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 LIMCH1Q9UPQ0 1083 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 CSPP1Q1MSJ5 1256 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 CTC1Q2NKJ3 1217 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 OTUD6AQ7L8S5 288 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 C4orf19Q8IY42 314 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 LXNQ9BS40 222 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 CHST12Q9NRB3 414 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 RGL1Q9NZL6 768 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 PCDHA12Q9UN75 941 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 FAM50BQ9Y247 325 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 PPME1Q9Y570 386 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 ATG2AQ2TAZ0 1938 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 A0A0U1RQF3 1178 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 EOMESO95936 686 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 IL9P15248 144 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 SFPQP23246 707 aaKnown RBP eCLIP25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 POLGP54098 1239 aaPredicted RBP25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 FAM178BQ8IXR5 827 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 THNSL1Q8IYQ7 743 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 COLGALT1Q8NBJ5 622 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 MICAL1Q8TDZ2 1067 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 DYDC2Q96IM9 177 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 CASD1Q96PB1 797 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 ZSWIM4Q9H7M6 989 aa25.15■■□□□ 1.62
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