RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNMB3	Q9NPA1	279 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	RGS18	Q9NS28	235 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	TCEAL9	Q9UHQ7	104 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP131	Q9UPN4	1083 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	GINS2	Q9Y248	185 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	SAMM50	Q9Y512	469 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM150B	A6NC51	233 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGEB2	O15479	319 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	MMP1	P03956	469 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAJB1	P25685	340 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM189B	P81408	668 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	DRP2	Q13474	957 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	EFCAB12	Q6NXP0	572 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM43B	Q6ZT52	329 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT25	Q7Z3Z0	450 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	IL27	Q8NEV9	243 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFRSF25	Q93038	417 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAM2	Q99965	735 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	PLVAP	Q9BX97	442 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	NIFK	Q9BYG3	293 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	SLK	Q9H2G2	1235 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	NSUN3	Q9H649	340 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	CD320	Q9NPF0	282 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	HCST	Q9UBK5	93 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	VAV3	Q9UKW4	847 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	RWDD3	Q9Y3V2	267 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	TTC3	P53804	2025 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV6-21	A0A0C4DH24	114 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	EML1	O00423	815 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	CDKL5	O76039	1030 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ITGB1	P05556	798 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	STAG3L1	P0CL83	205 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNA5	P22460	613 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	GPC3	P51654	580 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ST3GAL1	Q11201	340 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ME3	Q16798	604 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	CTC1	Q2NKJ3	1217 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	PAN2	Q504Q3	1202 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC24A5	Q71RS6	500 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	MIER3	Q7Z3K6	550 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	METTL13	Q8N6R0	699 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	KHSRP	Q92945	711 aa	Known RBP eCLIP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	P2RX5	Q93086	422 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	PABPC5	Q96DU9	382 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	NRBP2	Q9NSY0	501 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF19A	Q9NV58	838 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX25	Q9UHL0	483 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	PLAGL2	Q9UPG8	496 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	RALGAPA2	Q2PPJ7	1873 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM205C	A6NFA0	338 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR182	O15218	404 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	SEC24B	O95487	1268 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	LTBR	P36941	435 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	NLRP11	P59045	1033 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	HYAL1	Q12794	435 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP2R5C	Q13362	524 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	LETM2	Q2VYF4	491 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	XKR3	Q5GH77	459 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM102B	Q5T8I3	360 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP4R3A	Q6IN85	833 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	NECAB1	Q8N987	351 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	SPPL3	Q8TCT6	385 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	HAS1	Q92839	578 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF3C6	Q969F1	213 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF668	Q96K58	619 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ALG13	Q9NP73	1137 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	C1orf112	Q9NSG2	853 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	WRAP73	Q9P2S5	460 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	AKT3	Q9Y243	479 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	MYO9B	Q13459	2157 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	DENND3	A2RUS2	1198 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BQ06	376 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	DARS	P14868	501 aa	Known RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	IL9	P15248	144 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	GCFC2	P16383	781 aa	Known RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF4B	P23588	611 aa	Known RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF2F1	P35269	517 aa	Known RBP eCLIP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	IRS1	P35568	1242 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	SPIRE1	Q08AE8	756 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	NR5A1	Q13285	461 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKRD1	Q15327	319 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ODR4	Q5SWX8	454 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ANO5	Q75V66	913 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	NEK8	Q86SG6	692 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	KLHL23	Q8NBE8	558 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM20A	Q96MK3	541 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP7D2	Q96T17	732 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	SH2D3A	Q9BRG2	576 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	CWH43	Q9H720	699 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ELAC1	Q9H777	363 aa	Known RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM161A	Q9NX61	479 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ORC3	Q9UBD5	711 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC194	A0A1B0GVG4	234 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	GRXCR2	A6NFK2	248 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	FGFR1	P11362	822 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ATF7	P17544	494 aa	Predicted RBP	13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	FGFR4	P22455	802 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	DLX2	Q07687	328 aa	Predicted RBP	13.46	□□□□□ -0.25

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