RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000438120.5

PTPRF-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 6,377 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-209ENST00000438120 MT-ND3P03897 115 aa18.52■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ANXA13P27216 316 aa18.52■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 APBA1Q02410 837 aa18.52■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SPOPLQ6IQ16 392 aa18.52■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 TLK1Q9UKI8 766 aa18.52■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 KDM5DQ9BY66 1539 aa18.52■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF233A6NK53 670 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 USP17L10C9JJH3 530 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SEPT2Q15019 361 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 CATSPER4Q7RTX7 472 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 CELF1Q92879 486 aaKnown RBP18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 DACT3Q96B18 629 aaPredicted RBP18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 E9PMD0 336 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 STX1BP61266 288 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 TOB2Q14106 344 aaPredicted RBP18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SDCCAG3Q96C92 435 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 EPHB1P54762 984 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 FAM133BQ5BKY9 247 aaKnown RBP18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 TBC1D9BQ66K14 1250 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 NGRNQ9NPE2 291 aaKnown RBP18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 FRMD3A2A2Y4 597 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SLC27A3Q5K4L6 730 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ERICH1Q86X53 443 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 CDC26Q8NHZ8 85 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 RMDN3Q96TC7 470 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 BRIP1Q9BX63 1249 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SPZ1Q9BXG8 430 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 POLIQ9UNA4 740 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 DR1Q01658 176 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 PPP6R3Q5H9R7 873 aaPredicted RBP18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 EXT2Q93063 718 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 GINM1Q9NU53 330 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ALKBH8Q96BT7 664 aaKnown RBP18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 CTNND1O60716 968 aaKnown RBP18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 MX2P20592 715 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ALKBH5Q6P6C2 394 aaKnown RBP18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 DEPDC1BQ8WUY9 529 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 HVCN1Q96D96 273 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 NOVA2Q9UNW9 492 aaKnown RBP18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 PSMA2P25787 234 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SFR1Q86XK3 245 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 DGKHQ86XP1 1220 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 PBKQ96KB5 322 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 PARD6BQ9BYG5 372 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 PHLPP2Q6ZVD8 1323 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ECE2O60344 883 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 PPWD1Q96BP3 646 aaKnown RBP18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 EXOC1LA0A1B0GW35 172 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SYNMO15061 1565 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ZBTB5O15062 677 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 RPS6KA4O75676 772 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ASNSP08243 561 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 TTC4O95801 387 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 WRNIP1Q96S55 665 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 CLASP1Q7Z460 1538 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ACSL3O95573 720 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ZBED1O96006 694 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 PLS3P13797 630 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 NNTQ13423 1086 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SPDYE1Q8NFV5 336 aaPredicted RBP18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 DNAJC12Q9UKB3 198 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 NVLO15381 856 aaKnown RBP18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 LRRC63Q05C16 580 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 HP1BP3Q5SSJ5 553 aaPredicted RBP18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 RESP18Q5W5W9 173 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 FAM81BQ96LP2 452 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 GCLMP48507 274 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ARMCX2Q7L311 632 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 AXIN2Q9Y2T1 843 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ARHGEF6Q15052 776 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ARL6IP4Q66PJ3 421 aaKnown RBP18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SNRNP48Q6IEG0 339 aaKnown RBP18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 BRINP3Q76B58 766 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 HEMGNQ9BXL5 484 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 FGGP02679 453 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 TCP11Q8WWU5 503 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SLC16A4O15374 487 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 CEP95Q96GE4 821 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 PIM2Q9P1W9 311 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF521Q96K83 1311 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 GNGT2O14610 69 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 DCAF4Q8WV16 495 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 DYDC2Q96IM9 177 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SPECC1L-ADORA2AF8WAN1 911 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SRGAP2O75044 1071 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 THOC1Q96FV9 657 aaKnown RBP18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 CD209Q9NNX6 404 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 IRAK4Q9NWZ3 460 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 F5H423 210 aaPredicted RBP18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SOX5P35711 763 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 RC3H1Q5TC82 1133 aaKnown RBP18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 FGD4Q96M96 766 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 NUDCD1Q96RS6 583 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SLITRK6Q9H5Y7 841 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 VGLL3A8MV65 326 aa18.47■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 TOGARAM2Q6ZUX3 1019 aa18.47■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 ELF1P32519 619 aa18.47■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 SLMAPQ14BN4 828 aa18.47■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 OLA1Q9NTK5 396 aaKnown RBP18.47■□□□□ 0.55
PTPRF-209ENST00000438120 NFU1Q9UMS0 254 aa18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 20.4 ms