RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000546164.5

YBX3-217, Transcript of Y-box binding protein 3, human

TSL 2

Gene YBX3, Length 805 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
YBX3-217	ENST00000546164	TRAF7	Q6Q0C0	670 aa		13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	ZNF365	Q70YC5	407 aa		13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	LRRC8D	Q7L1W4	858 aa		13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	SMAP1	Q8IYB5	467 aa	Predicted RBP	13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	SLC5A5	Q92911	643 aa		13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	WNT8B	Q93098	351 aa		13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	RIT2	Q99578	217 aa		13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	AZI2	Q9H6S1	392 aa		13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	SETD4	Q9NVD3	440 aa		13.46	□□□□□ -0.25
YBX3-217	ENST00000546164	CCDC194	A0A1B0GVG4	234 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TREH	O43280	583 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	ST18	O60284	1047 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	GABBR2	O75899	941 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TDP2	O95551	362 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	STAT5B	P51692	787 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	PPFIA1	Q13136	1202 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	GPNMB	Q14956	572 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	INF2	Q27J81	1249 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	PPP4R3A	Q6IN85	833 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	MIS18BP1	Q6P0N0	1132 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	NEK8	Q86SG6	692 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	RPAIN	Q86UA6	219 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	OXER1	Q8TDS5	423 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TNFRSF25	Q93038	417 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	MTIF3	Q9H2K0	278 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	BRMS1	Q9HCU9	246 aa		13.45	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TANC1	Q9C0D5	1861 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	HSFX4	A0A1B0GTS1	333 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	HSFX3	A0A1B0GWH4	333 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	MBLAC1	A4D2B0	266 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	RRN3P2	A6NIE6	340 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	DDX39A	O00148	427 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	CXCL10	P02778	98 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	MMP1	P03956	469 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	GCFC2	P16383	781 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	MARK3	P27448	753 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	KRT2	P35908	639 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	PLCB4	Q15147	1175 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	GRIK4	Q16099	956 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	FAM160B1	Q5W0V3	765 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	FAM109B	Q6ICB4	259 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	CCDC60	Q8IWA6	550 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	NAP1L4	Q99733	375 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TCEAL9	Q9UHQ7	104 aa		13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	MAFB	Q9Y5Q3	323 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	WDR64	B1ANS9	1081 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	PSMD10	O75832	226 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	RPLP2	P05387	115 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	INSRR	P14616	1297 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	NR5A1	Q13285	461 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TRIM29	Q14134	588 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	ZNF618	Q5T7W0	954 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	KRT40	Q6A162	431 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	B3GNT9	Q6UX72	402 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	PIK3AP1	Q6ZUJ8	805 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	DEFB128	Q7Z7B8	93 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	RDM1	Q8NG50	284 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	ETNPPL	Q8TBG4	499 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	ATP8B4	Q8TF62	1192 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TEKT3	Q9BXF9	490 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	BACH2	Q9BYV9	841 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	ZNF302	Q9NR11	478 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	CXXC1	Q9P0U4	656 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	DDX25	Q9UHL0	483 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TUBE1	Q9UJT0	475 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	PCDHA10	Q9Y5I2	948 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TRIP12	Q14669	1992 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	TMEM265	A0A087WTH1	108 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	POTEB3	A0JP26	581 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	RSPH10B2	B2RC85	870 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	BACH1	O14867	736 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	GAS7	O60861	476 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	NBN	O60934	754 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	BAIAP3	O94812	1187 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	PSAP	P07602	524 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	RSPH10B	P0C881	870 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	ACTN1	P12814	892 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	SFN	P31947	248 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	THPO	P40225	353 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	MCM2	P49736	904 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	JAK3	P52333	1124 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	MBTPS1	Q14703	1052 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	LETM2	Q2VYF4	491 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	EARS2	Q5JPH6	523 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	FAM26D	Q5JW98	314 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	MARCH8	Q5T0T0	291 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	LRCH2	Q5VUJ6	765 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	SWSAP1	Q6NVH7	229 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	POTEB	Q6S5H4	581 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	OTOP2	Q7RTS6	562 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	UIMC1	Q96RL1	719 aa		13.42	□□□□□ -0.26
YBX3-217	ENST00000546164	KCNMB3	Q9NPA1	279 aa		13.42	□□□□□ -0.26

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