RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000508604.5

NUP54-208, Transcript of nucleoporin 54, human

TSL 2

Gene NUP54, Length 1,671 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NUP54-208	ENST00000508604	USP10	Q14694	798 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	SKIDA1	Q1XH10	827 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	PAN2	Q504Q3	1202 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	MIIP	Q5JXC2	388 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	PHF19	Q5T6S3	580 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	RNF207	Q6ZRF8	634 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	EEPD1	Q7L9B9	569 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	JAM3	Q9BX67	310 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	TGIF2	Q9GZN2	237 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	EPN3	Q9H201	632 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	GPR27	Q9NS67	375 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	NPFFR2	Q9Y5X5	522 aa		4.85	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	FOXS1	O43638	330 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	KNG1	P01042	644 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	FAH	P16930	419 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	CSF2RB	P32927	897 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	MCM7	P33993	719 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	RAC3	P60763	192 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	MAP4K2	Q12851	820 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	USP39	Q53GS9	565 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	SLC35F1	Q5T1Q4	408 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	GPR155	Q7Z3F1	870 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	STPG3	Q8N7X2	389 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	EDA	Q92838	391 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	CAPN10	Q9HC96	672 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	C11orf21	Q9P2W6	132 aa		4.84	□□□□□ -1.63
NUP54-208	ENST00000508604	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	ZNF202	O95125	648 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	GNAT1	P11488	350 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	TUSC3	Q13454	348 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	OTOP3	Q7RTS5	596 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	PROSER1	Q86XN7	944 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	CLEC4D	Q8WXI8	215 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	NEIL1	Q96FI4	390 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	MRVI1	Q9Y6F6	885 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	CUTA	O60888	179 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	ATF4	P18848	351 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	PFKP	Q01813	784 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	ZMAT1	Q5H9K5	638 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	DENND5A	Q6IQ26	1287 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	RSPO2	Q6UXX9	243 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	FAM89A	Q96GI7	184 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	KATNBL1	Q9H079	304 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	ACBD3	Q9H3P7	528 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	KCND1	Q9NSA2	647 aa		4.83	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604		B2RBV5	119 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	PTH1R	Q03431	593 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	SMN1	Q16637	294 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	CD276	Q5ZPR3	534 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	USP53	Q70EK8	1073 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	ZNF503	Q96F45	646 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	C1orf159	Q96HA4	380 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	GRK2	P25098	689 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	GRK3	P35626	688 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	INHBE	P58166	350 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	PPP2R2A	P63151	447 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	KIZ	Q2M2Z5	673 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	LSM12	Q3MHD2	195 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	AGBL4	Q5VU57	503 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	POLN	Q7Z5Q5	900 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	PNPLA5	Q7Z6Z6	429 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	UHMK1	Q8TAS1	419 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	CHFR	Q96EP1	664 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	TACO1	Q9BSH4	297 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	IER2	Q9BTL4	223 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	PRKAG3	Q9UGI9	489 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	DSE	Q9UL01	958 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	R3HCC1	Q9Y3T6	440 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	ZNF839	A8K0R7	811 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	RAD17	O75943	681 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	COL6A2	P12110	1019 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	CR2	P20023	1033 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	ACO1	P21399	889 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	POLD1	P28340	1107 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	RBM12B	Q8IXT5	1001 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	FUK	Q8N0W3	1084 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	DCAF4	Q8WV16	495 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	KCNJ15	Q99712	375 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	CDIP1	Q9H305	208 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	CDC14B	O60729	498 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	LTF	P02788	710 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	ZNF888	P0CJ79	500 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	C1orf210	Q8IVY1	113 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	AMER2	Q8N7J2	671 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	EXTL1	Q92935	676 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	MRRF	Q96E11	262 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	SCYL1	Q96KG9	808 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	CEP89	Q96ST8	783 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	ZFYVE21	Q9BQ24	234 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	TRIM8	Q9BZR9	551 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	C12orf65	Q9H3J6	166 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	PPARGC1A	Q9UBK2	798 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	OAZ3	Q9UMX2	235 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP54-208	ENST00000508604	ESYT3	A0FGR9	886 aa		4.79	□□□□□ -1.64

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