RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621870.4

GGA3-223, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 1 (best)

Gene GGA3, Length 4,034 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-223	ENST00000621870	POLR2B	P30876	1174 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	VPS41	P49754	854 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	NFIA	Q12857	509 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	NEDD9	Q14511	834 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	ARL6IP4	Q66PJ3	421 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	TWF2	Q6IBS0	349 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	CASC4	Q6P4E1	433 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	GAS2L3	Q86XJ1	694 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	IMPACT	Q9P2X3	320 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	GABBR1	Q9UBS5	961 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	PCDHB4	Q9Y5E5	795 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	LAMC1	P11047	1609 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	ZBTB24	O43167	697 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	RNF8	O76064	485 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	FDX1	P10109	184 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	FER	P16591	822 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	CD58	P19256	250 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	NSF	P46459	744 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	MXI1	P50539	228 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	COPB1	P53618	953 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	EVC	P57679	992 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	MYL7	Q01449	175 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	PPP2R3A	Q06190	1150 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	CXCL9	Q07325	125 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	KIAA1524	Q8TCG1	905 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	ATRIP	Q8WXE1	791 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	TBC1D22B	Q9NU19	505 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	CCL15-CCL14	A0A0B4J2E2	113 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	POTEB3	A0JP26	581 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	POTEC	B2RU33	542 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	STK10	O94804	968 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	GABPA	Q06546	454 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	LLGL1	Q15334	1064 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	CCL15	Q16663	113 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	POTEB	Q6S5H4	581 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	MTA3	Q9BTC8	594 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	CARD6	Q9BX69	1037 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	TMEM206	Q9H813	350 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	BARHL2	Q9NY43	387 aa		10.1	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870		E9PMD0	336 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	DDN	O94850	711 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	KRT76	Q01546	638 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	ZNF543	Q08ER8	600 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	SGMS1	Q86VZ5	419 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	DHTKD1	Q96HY7	919 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	RIC8A	Q9NPQ8	531 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	ZBBX	A8MT70	800 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	ACTN4	O43707	911 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	ATP2C2	O75185	946 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	STAMBP	O95630	424 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	RASSF7	Q02833	373 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	MAPK6	Q16659	721 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	CFAP58	Q5T655	872 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	MFSD14C	Q5VZR4	134 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	AGBL3	Q8NEM8	1001 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	UBLCP1	Q8WVY7	318 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	PSPC1	Q8WXF1	523 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	FAM20A	Q96MK3	541 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	SELENOS	Q9BQE4	189 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	VCPKMT	Q9H867	229 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	KCNK9	Q9NPC2	374 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	GOLGA8S	H3BPF8	625 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	BUB1	O43683	1085 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	TXN	P10599	105 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	RASA1	P20936	1047 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	PTPRE	P23469	700 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	SNAPC2	Q13487	334 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	BIRC2	Q13490	618 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	HS1BP3	Q53T59	392 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	ADAT2	Q7Z6V5	191 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	ANKRD13A	Q8IZ07	590 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	GPR161	Q8N6U8	529 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	SLC17A8	Q8NDX2	589 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	MCPH1	Q8NEM0	835 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	SPATA33	Q96N06	139 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	SNX25	Q9H3E2	840 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	FBXO28	Q9NVF7	368 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	AMFR	Q9UKV5	643 aa		10.09	□□□□□ -0.79
GGA3-223	ENST00000621870	PP2D1	A8MPX8	630 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	C6orf222	P0C671	652 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	CCNE1	P24864	410 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	JAK3	P52333	1124 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	PADI6	Q6TGC4	694 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	SCARA5	Q6ZMJ2	495 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	CACTIN	Q8WUQ7	758 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	LPAR1	Q92633	364 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	ZKSCAN4	Q969J2	545 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	KAZALD1	Q96I82	304 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	DYDC2	Q96IM9	177 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	MSTO1	Q9BUK6	570 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	GDA	Q9Y2T3	454 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	GPR75-ASB3	A0A0A6YYF3	556 aa		10.08	□□□□□ -0.8
GGA3-223	ENST00000621870	POTEF	A5A3E0	1075 aa		10.08	□□□□□ -0.8

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