RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637578.1

CLN3-260, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,577 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-260ENST00000637578 PPP1R12CQ9BZL4 782 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 ZSWIM6Q9HCJ5 1215 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 PPFIA4O75335 1185 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 CSF2RAP15509 400 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 ADD1P35611 737 aaKnown RBP22.12■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 SEMA3FQ13275 785 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 PPIGQ13427 754 aaKnown RBP eCLIP22.12■■□□□ 1.136e-7■■□□□ 11.8
CLN3-260ENST00000637578 GNPTABQ3T906 1256 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 TYW1BQ6NUM6 668 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 CCDC196A0A1B0GTZ2 297 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 hCG_1984214I3L0E3 225 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 GGPS1O95749 300 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 METAP2P50579 478 aaKnown RBP eCLIP22.11■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 HSDL1Q3SXM5 330 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 PPP1R18Q6NYC8 613 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 RUFY3Q7L099 469 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 ZNF713Q8N859 430 aaPredicted RBP22.11■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 UMODL1Q5DID0 1318 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 HAS3O00219 553 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 SPATA33Q96N06 139 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 BUD13Q9BRD0 619 aaKnown RBP eCLIP22.1■■□□□ 1.133e-6■□□□□ 10.1
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CLN3-260ENST00000637578 RTEL1Q9NZ71 1219 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 STXBP3O00186 592 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 FIBPO43427 364 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 F2P00734 622 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 UBE2SQ16763 222 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 TMEM240Q5SV17 173 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 RASIP1Q5U651 963 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 FAM109BQ6ICB4 259 aaPredicted RBP22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 SENP7Q9BQF6 1050 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 BCAS3Q9H6U6 928 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 RIC8AQ9NPQ8 531 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 BARHL2Q9NY43 387 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 CYP2C9P11712 490 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 NEDD9Q14511 834 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 FAM47CQ5HY64 1035 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 PPP1R13LQ8WUF5 828 aa22.08■■□□□ 1.13
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CLN3-260ENST00000637578 IL23AQ9NPF7 189 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 PCDHA6Q9UN73 950 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 PCDHA8Q9Y5H6 950 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-260ENST00000637578 NAPAP54920 295 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 SMAD3P84022 425 aaKnown RBP22.08■■□□□ 1.12
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CLN3-260ENST00000637578 PFKFB3Q16875 520 aaPredicted RBP22.08■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 VWCEQ96DN2 955 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 C16orf70Q9BSU1 422 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 KATNAL1Q9BW62 490 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 MLXIPQ9HAP2 919 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 NAP1L2Q9ULW6 460 aaPredicted RBP22.08■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 SPDYE3A6NKU9 549 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 ITGB5P18084 799 aa22.07■■□□□ 1.12
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CLN3-260ENST00000637578 PSEN2P49810 448 aa22.07■■□□□ 1.12
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CLN3-260ENST00000637578 METTL7BQ6UX53 244 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 NLRX1Q86UT6 975 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 DEFB123Q8N688 67 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 GPRASP2Q96D09 838 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 UBIAD1Q9Y5Z9 338 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 MYH7BA7E2Y1 1941 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 PITPNM1O00562 1244 aa22.06■■□□□ 1.12
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CLN3-260ENST00000637578 CCL23P55773 120 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 MFSD10Q14728 455 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 PSRC1Q6PGN9 363 aaPredicted RBP22.06■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 ZNF365Q70YC5 407 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 GLT8D2Q9H1C3 349 aa22.06■■□□□ 1.12
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CLN3-260ENST00000637578 SORBS3O60504 671 aa22.05■■□□□ 1.12
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CLN3-260ENST00000637578 ACRP10323 421 aa22.05■■□□□ 1.12
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CLN3-260ENST00000637578 CYFIP1Q7L576 1253 aa22.05■■□□□ 1.12
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CLN3-260ENST00000637578 ADCY7P51828 1080 aa22.04■■□□□ 1.12
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CLN3-260ENST00000637578 HERVK_113Q902F9 699 aa22.04■■□□□ 1.12
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CLN3-260ENST00000637578 MTMR10Q9NXD2 777 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 IFNAR1P17181 557 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 CHMP4BP1P59074 171 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 C7orf31Q8N865 590 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 GIMAP8Q8ND71 665 aaPredicted RBP22.04■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 SCLYQ96I15 445 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 BACH2Q9BYV9 841 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-260ENST00000637578 EHMT1Q9H9B1 1298 aa22.04■■□□□ 1.12
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