RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476519.1

SYNE1-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-223	ENST00000476519	MICU3	Q86XE3	530 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	C7orf31	Q8N865	590 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CAGE1	Q8TC20	777 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	GUCD1	Q96NT3	240 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SENP7	Q9BQF6	1050 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	HAS3	O00219	553 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	FIBP	O43427	364 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	EPB41L2	O43491	1005 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	REC8	O95072	547 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	IQCF3	P0C7M6	154 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	UBA1	P22314	1058 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	HSPA4	P34932	840 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PSEN2	P49810	448 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CHMP4BP1	P59074	171 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	RTN1	Q16799	776 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	HSDL1	Q3SXM5	330 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	METTL7B	Q6UX53	244 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	GIMAP8	Q8ND71	665 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM161B	Q96MY7	647 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CDX2	Q99626	313 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	TTYH1	Q9H313	450 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	GTF2IRD1	Q9UHL9	959 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CCDC196	A0A1B0GTZ2	297 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	MAFG	O15525	162 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	DNAJB2	P25686	324 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	FGD1	P98174	961 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	FUT2	Q10981	343 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	MFSD10	Q14728	455 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	KIAA0753	Q2KHM9	967 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	GDF6	Q6KF10	455 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	OTOP2	Q7RTS6	562 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	NLRX1	Q86UT6	975 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	RAB11FIP4	Q86YS3	637 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	FBXL16	Q8N461	479 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SLC17A8	Q8NDX2	589 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	AFAP1L1	Q8TED9	768 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	TIFA	Q96CG3	184 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	VWCE	Q96DN2	955 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SCLY	Q96I15	445 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CDHR1	Q96JP9	859 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	USP26	Q9BXU7	913 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	RTEL1	Q9NZ71	1219 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CXXC1	Q9P0U4	656 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	HDAC6	Q9UBN7	1215 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SPDYE3	A6NKU9	549 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	NOP56	O00567	594 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	ACTN1	P12814	892 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PSMA5	P28066	241 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	RBL2	Q08999	1139 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	RAB30	Q15771	203 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	ERICH6B	Q5W0A0	696 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	HEATR3	Q7Z4Q2	680 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	GPKOW	Q92917	476 aa	Predicted RBP eCLIP	13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	GPRASP2	Q96D09	838 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	ZFP91	Q96JP5	570 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CTAGE1	Q96RT6	745 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	C16orf70	Q9BSU1	422 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PBX4	Q9BYU1	374 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	GLT8D2	Q9H1C3	349 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF576	Q9H609	170 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	MSRA	Q9UJ68	235 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SLC4A7	Q9Y6M7	1214 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SCN10A	Q9Y5Y9	1956 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	KLF18	A0A0U1RQI7	1052 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	hCG_1642624	A0A1W2PR95	340 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	GRXCR1	A8MXD5	290 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519		H3BRB1	525 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	hCG_1984214	I3L0E3	225 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	FOS	P01100	380 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF286B	P0CG31	522 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SELP	P16109	830 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SEMA3F	Q13275	785 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PTK7	Q13308	1070 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PPP1R18	Q6NYC8	613 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	BLOC1S2	Q6QNY1	142 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CYFIP1	Q7L576	1253 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF713	Q8N859	430 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PHOSPHO2	Q8TCD6	241 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PPP1R13L	Q8WUF5	828 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	JAKMIP1	Q96N16	626 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	ALG1	Q9BT22	464 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	TUT1	Q9H6E5	874 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	EHMT1	Q9H9B1	1298 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM217B	Q9NTX9	383 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PCDHA6	Q9UN73	950 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	PCDHA8	Q9Y5H6	950 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	CDH23	Q9H251	3354 aa		13.83	□□□□□ -0.19
SYNE1-223	ENST00000476519	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		13.83	□□□□□ -0.2
SYNE1-223	ENST00000476519	GOLGA8B	A8MQT2	603 aa		13.83	□□□□□ -0.2
SYNE1-223	ENST00000476519		Q6ZUG5	572 aa		13.83	□□□□□ -0.2
SYNE1-223	ENST00000476519	DEFB128	Q7Z7B8	93 aa		13.83	□□□□□ -0.2
SYNE1-223	ENST00000476519	GPR20	Q99678	358 aa		13.83	□□□□□ -0.2
SYNE1-223	ENST00000476519	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	13.83	□□□□□ -0.2

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