RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000551137.5

CS-223, Transcript of citrate synthase, human

TSL 3

Gene CS, Length 903 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-223	ENST00000551137	FBXL16	Q8N461	479 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CS-223	ENST00000551137	COPS5	Q92905	334 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CS-223	ENST00000551137	MYL10	Q9BUA6	226 aa		13.28	□□□□□ -0.28
CS-223	ENST00000551137	ALDH8A1	Q9H2A2	487 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
CS-223	ENST00000551137	STAM2	O75886	525 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	SUPT20HL2	P0C7V6	817 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PSMC6	P62333	389 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	SMAD3	P84022	425 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	LAMC2	Q13753	1193 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	LY6K	Q17RY6	165 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	APOA5	Q6Q788	366 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	TMTC3	Q6ZXV5	915 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	TMEM199	Q8N511	208 aa		13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	SEC63	Q9UGP8	760 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	MEIS2	O14770	477 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	B4GALT4	O60513	344 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	NEFL	P07196	543 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	MMP3	P08254	477 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	MYL3	P08590	195 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	COL6A3	P12111	3177 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	HSPA4	P34932	840 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PPIG	Q13427	754 aa	Known RBP eCLIP	13.26	□□□□□ -0.29	1e-7	■■□□□ 12.1
CS-223	ENST00000551137	NBPF20	Q3BBV1	942 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	ADCK5	Q3MIX3	580 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	RASIP1	Q5U651	963 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	XRRA1	Q6P2D8	792 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	C16orf59	Q7L2K0	433 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	SESTD1	Q86VW0	696 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	AFG1L	Q8WV93	481 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	TRPV6	Q9H1D0	765 aa		13.26	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PPFIA4	O75335	1185 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	REC8	O95072	547 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	CAST	P20810	708 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	CCND2	P30279	289 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	ICAM3	P32942	547 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	FUT2	Q10981	343 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	CELF3	Q5SZQ8	465 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	SYNE3	Q6ZMZ3	975 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	DEFB123	Q8N688	67 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	IL31RA	Q8NI17	732 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PPTC7	Q8NI37	304 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	KAT2B	Q92831	832 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	INPP4A	Q96PE3	977 aa	Predicted RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	LRRC2	Q9BYS8	371 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	HIPK3	Q9H422	1215 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	MTMR10	Q9NXD2	777 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	MRVI1	Q9Y6F6	885 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	MYCL	P12524	364 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	CSF2RA	P15509	400 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	RXRA	P19793	462 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	MRPS9	P82933	396 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	DGKD	Q16760	1214 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	TMEM240	Q5SV17	173 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PCNX4	Q63HM2	1172 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	DHX37	Q8IY37	1157 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	CUL5	Q93034	780 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	BUD13	Q9BRD0	619 aa	Known RBP eCLIP	13.24	□□□□□ -0.29	4e-7	■■□□□ 13.5
CS-223	ENST00000551137	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	IL23A	Q9NPF7	189 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	TMEM265	A0A087WTH1	108 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	SPATA31C2	B4DYI2	1134 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	HAS3	O00219	553 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PITPNM1	O00562	1244 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	ZBTB43	O43298	467 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	CYP2C18	P33260	490 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	SP2	Q02086	613 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	GNPTAB	Q3T906	1256 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PSRC1	Q6PGN9	363 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	MICU3	Q86XE3	530 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PIBF1	Q8WXW3	757 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PPP1R12C	Q9BZL4	782 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	WNT8A	Q9H1J5	351 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PSTPIP2	Q9H939	334 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	TRMT13	Q9NUP7	481 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	UMODL1	Q5DID0	1318 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	CNTNAP5	Q8WYK1	1306 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	MYH7B	A7E2Y1	1941 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	HSFX4	A0A1B0GTS1	333 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	HSFX3	A0A1B0GWH4	333 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	hCG_1984214	I3L0E3	225 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	F2	P00734	622 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	UBA1	P22314	1058 aa	Known RBP	13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	EVC	P57679	992 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	RTN1	Q16799	776 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	ZNF713	Q8N859	430 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	SMARCC2	Q8TAQ2	1214 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	HERVK_113	Q902F9	699 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CS-223	ENST00000551137	VWCE	Q96DN2	955 aa		13.22	□□□□□ -0.29

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 213.4 ms