RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	PPIG	Q13427	754 aa	Known RBP eCLIP	10.28	□□□□□ -0.76	7e-8	■■■□□ 17.9
USP4-213	ENST00000488520	CCDC144B	Q3MJ40	725 aa		10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	CCSAP	Q6IQ19	270 aa	Predicted RBP	10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	CTR9	Q6PD62	1173 aa		10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	ZNF365	Q70YC5	407 aa		10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	FAM227B	Q96M60	508 aa		10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	SEC62	Q99442	399 aa	Known RBP	10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	SLF1	Q9BQI6	1058 aa		10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	NAPB	Q9H115	298 aa		10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	MAP10	Q9P2G4	905 aa		10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	CTNNA3	Q9UI47	895 aa		10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	TBX21	Q9UL17	535 aa		10.28	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520		M0R2C6	588 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	DUSP11	O75319	330 aa	Known RBP	10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CYP2C18	P33260	490 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	COPB2	P35606	906 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CDK7	P50613	346 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	BEX3	Q00994	111 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ACVR2B	Q13705	512 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	LINC01559	Q495D7	138 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	GNAS	Q5JWF2	1037 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	GIMAP6	Q6P9H5	292 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TMEM199	Q8N511	208 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	PCSK9	Q8NBP7	692 aa	Known RBP	10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	BAP1	Q92560	729 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CHMP4C	Q96CF2	233 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TEX13B	Q9BXU2	312 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ZNF287	Q9HBT7	754 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	RAVER2	Q9HCJ3	691 aa	Known RBP	10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	THEG	Q9P2T0	379 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TANC1	Q9C0D5	1861 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MROH7	Q68CQ1	1323 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SYNGAP1	Q96PV0	1343 aa		10.27	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	XIRP2	A4UGR9	3374 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	DNAJC25-GNG10	A0A024R161	153 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520		A0A0D9SFI3	127 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MINDY4B	A8MYZ0	360 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520		F5H6K3	240 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ARVCF	O00192	962 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TLR3	O15455	904 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	NDUFB10	O96000	172 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	KLRC3	Q07444	240 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ADGRE1	Q14246	886 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	PPP2R2D	Q66LE6	453 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CCDC174	Q6PII3	467 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MAMDC4	Q6UXC1	1216 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	FAM126B	Q8IXS8	530 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD35	Q8N283	1001 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MICALL1	Q8N3F8	863 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MSL3	Q8N5Y2	521 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	PRPF38A	Q8NAV1	312 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ZNF511	Q8NB15	262 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	EHBP1	Q8NDI1	1231 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	KIFC2	Q96AC6	838 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ASB2	Q96Q27	587 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	NKX2-4	Q9H2Z4	354 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SPC25	Q9HBM1	224 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CXXC1	Q9P0U4	656 aa	Predicted RBP	10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CLIP2	Q9UDT6	1046 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MSRA	Q9UJ68	235 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	KIAA1217	Q5T5P2	1943 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ELP1	O95163	1332 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CCDC171	Q6TFL3	1326 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	RAD50	Q92878	1312 aa		10.26	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	BRWD1	Q9NSI6	2320 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	COL4A4	P53420	1690 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	C11orf97	A0A1B0GVM6	126 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ZNF213	O14771	459 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ZBED4	O75132	1171 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	REC8	O95072	547 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	HSPD1	P10809	573 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	RASA1	P20936	1047 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	PTGS1	P23219	599 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CST5	P28325	142 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	GJA9	P57773	515 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	AKNAD1	Q5T1N1	836 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	RASIP1	Q5U651	963 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	NOL8	Q76FK4	1167 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ARMCX2	Q7L311	632 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	OTOP2	Q7RTS6	562 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ADAMTS19	Q8TE59	1207 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ATXN2L	Q8WWM7	1075 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	FGD4	Q96M96	766 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ESYT1	Q9BSJ8	1104 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ABHD16B	Q9H3Z7	469 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MKNK2	Q9HBH9	465 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ANO2	Q9NQ90	1003 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	HOMER2	Q9NSB8	354 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	UMODL1	Q5DID0	1318 aa		10.25	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	GSG1L2	A8MUP6	293 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SGSM2	O43147	1006 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	FGB	P02675	491 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	RABGGTB	P53611	331 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CCL23	P55773	120 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MRPS5	P82675	430 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CNTN2	Q02246	1040 aa		10.24	□□□□□ -0.77

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