RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	NFRKB	Q6P4R8	1299 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	VSIG10L	Q86VR7	867 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF654	Q8IZM8	581 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SAMD3	Q8N6K7	520 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC17A8	Q8NDX2	589 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SCLY	Q96I15	445 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CHD9	Q3L8U1	2897 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PNMA6F	A0A0J9YX94	578 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	DDAH1	O94760	285 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PBX2	P40425	430 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SART3	Q15020	963 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	BRDT	Q58F21	947 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CREB3L3	Q68CJ9	461 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CENPQ	Q7L2Z9	268 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CATIP	Q7Z7H3	387 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	MYLIP	Q8WY64	445 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SPZ1	Q9BXG8	430 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PBX4	Q9BYU1	374 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SCN10A	Q9Y5Y9	1956 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0C4DFX4	3053 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	GCOM1	H8Y6P7	765 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SUPT20HL2	P0C7V6	817 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	POLR2M	P0CAP2	368 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SP2	Q02086	613 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPN11	Q06124	597 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	GRIN2C	Q14957	1233 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SESTD1	Q86VW0	696 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	DHX38	Q92620	1227 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	GPKOW	Q92917	476 aa	Predicted RBP eCLIP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	HAS3	O00219	553 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PITPNM1	O00562	1244 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	F2	P00734	622 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	FGB	P02675	491 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	LIFR	P42702	1097 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS9	P82933	396 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM47C	Q5HY64	1035 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	GDF6	Q6KF10	455 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	OTOP2	Q7RTS6	562 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PPTC7	Q8NI37	304 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	TIFA	Q96CG3	184 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM87B	Q96K49	555 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	MRVI1	Q9Y6F6	885 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	MYCL	P12524	364 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	UBA1	P22314	1058 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SMARCA1	P28370	1054 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	MCM5	P33992	734 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAF1	Q13077	416 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SEMA3F	Q13275	785 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	GPNMB	Q14956	572 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CELF3	Q5SZQ8	465 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CASC1	Q6TDU7	716 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PIBF1	Q8WXW3	757 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFP91	Q96JP5	570 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	INPP4A	Q96PE3	977 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC2	Q9BYS8	371 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF576	Q9H609	170 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	BCAS3	Q9H6U6	928 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	ANO2	Q9NQ90	1003 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	YBX2	Q9Y2T7	364 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	RBAK-RBAKDN	I3L0D1	243 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	MEIS2	O14770	477 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PFKM	P08237	780 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF286B	P0CG31	522 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	RXRA	P19793	462 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CAST	P20810	708 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CCND2	P30279	289 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	RBL2	Q08999	1139 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	LAMC2	Q13753	1193 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	HIC1	Q14526	733 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	DGKD	Q16760	1214 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	HSDL1	Q3SXM5	330 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SGMS1	Q86VZ5	419 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	DHX37	Q8IY37	1157 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	MAFA	Q8NHW3	353 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CTCFL	Q8NI51	663 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF2IRD1	Q9UHL9	959 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PRUNE2	Q8WUY3	3088 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	CHD7	Q9P2D1	2997 aa		13.83	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PIK3CD	O00329	1044 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	GGPS1	O95749	300 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	IQCF3	P0C7M6	154 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	TGFB3	P10600	412 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	ICAM3	P32942	547 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF5B	P33176	963 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	PSEN2	P49810	448 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	PTGIS	Q16647	500 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM71	Q2Q1W2	868 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAF7	Q6Q0C0	670 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB11FIP4	Q86YS3	637 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	RASEF	Q8IZ41	740 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	TMTC2	Q8N394	836 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	WNT8B	Q93098	351 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-211	ENST00000467464	RRP36	Q96EU6	259 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2

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