RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000573600.5

CTDNEP1-208, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, human

APPRIS P1 TSL 5 BASIC

Gene CTDNEP1, Length 1,724 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTDNEP1-208	ENST00000573600		Q4G0T1	1027 aa		32.82	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRIM5	Q9C035	493 aa		32.82	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CCPG1	Q9ULG6	757 aa		32.82	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FLOT1	O75955	427 aa		32.81	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CIITA	P33076	1130 aa		32.81	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	USP50	Q70EL3	339 aa	Predicted RBP	32.81	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLFN12	Q8IYM2	578 aa		32.81	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC38A10	Q9HBR0	1119 aa		32.81	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KCNMB3	Q9NPA1	279 aa		32.81	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF536	O15090	1300 aa		32.81	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TBX3	O15119	743 aa		32.8	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	USP2	O75604	605 aa	Predicted RBP	32.8	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MTR	Q99707	1265 aa		32.8	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PCDHA12	Q9UN75	941 aa		32.8	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FZD1	Q9UP38	647 aa		32.8	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PTMA	P06454	111 aa	Known RBP	32.8	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PARP14	Q460N5	1801 aa		32.8	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PLA2G4D	Q86XP0	818 aa		32.8	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MMTAG2	Q9BU76	263 aa	Known RBP	32.8	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PLCG1	P19174	1290 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF75D	P51815	510 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MYL5	Q02045	173 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DGKZ	Q13574	1117 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KRT79	Q5XKE5	535 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ARHGAP30	Q7Z6I6	1101 aa	Predicted RBP	32.79	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	STAM	Q92783	540 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KBTBD4	Q9NVX7	518 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RMND1	Q9NWS8	449 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	32.79	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZBED4	O75132	1171 aa		32.78	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SEMA3F	Q13275	785 aa		32.78	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NCAPH	Q15003	741 aa		32.78	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GPR162	Q16538	588 aa		32.78	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		32.78	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	32.78	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	AGBL1	Q96MI9	1066 aa		32.78	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC26A4	O43511	780 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MAP3K9	P80192	1104 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CUL4B	Q13620	913 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MCF2L2	Q86YR7	1114 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SAMD3	Q8N6K7	520 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PPP1R12B	O60237	982 aa	Predicted RBP	32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CASP1	P29466	404 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TBC1D5	Q92609	795 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CDK5RAP3	Q96JB5	506 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	BLZF1	Q9H2G9	400 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	STK17A	Q9UEE5	414 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		32.76	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	POTEM	A6NI47	508 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ADM5	C9JUS6	153 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GRIN3B	O60391	1043 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ERCC5	P28715	1186 aa	Predicted RBP	32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF76	P36508	570 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HMGCS2	P54868	508 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	AMPD3	Q01432	767 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PRR16	Q569H4	304 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FAM20A	Q96MK3	541 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PLIN2	Q99541	437 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MAP3K20	Q9NYL2	800 aa	Known RBP	32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RABGAP1	Q9Y3P9	1069 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	AFG3L2	Q9Y4W6	797 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CDC25B	P30305	580 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EPHX2	P34913	555 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HSD17B4	P51659	736 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GHRHR	Q02643	423 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PRKG1	Q13976	671 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ETNPPL	Q8TBG4	499 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SNX29	Q8TEQ0	813 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PAPPA2	Q9BXP8	1791 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GOLGA6L6	A8MZA4	724 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RPN1	P04843	607 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GRB10	Q13322	594 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RBM46	Q8TBY0	533 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MRFAP1L1	Q96HT8	127 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GLTPD2	A6NH11	291 aa		32.73	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FAM86B1	E9PN63	330 aa		32.73	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FAM86B2	P0C5J1	330 aa		32.73	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PPP1R3F	Q6ZSY5	799 aa	Predicted RBP	32.73	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CPXCR1	Q8N123	301 aa		32.73	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LENG9	Q96B70	501 aa		32.73	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RAVER2	Q9HCJ3	691 aa	Known RBP	32.73	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RBBP6	Q7Z6E9	1792 aa	Known RBP	32.73	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KDM3A	Q9Y4C1	1321 aa		32.72	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SCN4A	P35499	1836 aa		32.72	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	IREB2	P48200	963 aa	Known RBP	32.72	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		32.72	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ENOX1	Q8TC92	643 aa	Known RBP	32.72	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CSAD	Q9Y600	493 aa		32.72	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	STK24	Q9Y6E0	443 aa		32.72	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SNCAIP	Q9Y6H5	919 aa		32.72	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	VWA5A	O00534	786 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NF2	P35240	595 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	VGLL4	Q14135	290 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KCNB1	Q14721	858 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CLEC4D	Q8WXI8	215 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PNMA5	Q96PV4	448 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	WDR90	Q96KV7	1748 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ALAS1	P13196	640 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LRRC15	Q8TF66	581 aa		32.71	■■■□□ 2.83

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