RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637667.1

CLN6-222, Transcript of CLN6, transmembrane ER protein, human

TSL 1 (best)

Gene CLN6, Length 874 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN6-222	ENST00000637667	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CLN6-222	ENST00000637667	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		32.64	■■■□□ 2.82
CLN6-222	ENST00000637667	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CLN6-222	ENST00000637667	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CLN6-222	ENST00000637667	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CLN6-222	ENST00000637667	PTPRM	P28827	1452 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CLN6-222	ENST00000637667	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CLN6-222	ENST00000637667	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CLN6-222	ENST00000637667	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		32.58	■■■□□ 2.81
CLN6-222	ENST00000637667	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		32.56	■■■□□ 2.8
CLN6-222	ENST00000637667	MADD	Q8WXG6	1647 aa		32.53	■■■□□ 2.8
CLN6-222	ENST00000637667	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		32.48	■■■□□ 2.79
CLN6-222	ENST00000637667	AFAP1	Q8N556	730 aa		32.46	■■■□□ 2.79
CLN6-222	ENST00000637667	ATP10A	O60312	1499 aa		32.45	■■■□□ 2.79
CLN6-222	ENST00000637667	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		32.43	■■■□□ 2.78
CLN6-222	ENST00000637667	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		32.42	■■■□□ 2.78
CLN6-222	ENST00000637667	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		32.42	■■■□□ 2.78
CLN6-222	ENST00000637667	PREX2	Q70Z35	1606 aa		32.41	■■■□□ 2.78
CLN6-222	ENST00000637667	MLEC	Q14165	292 aa		32.41	■■■□□ 2.78
CLN6-222	ENST00000637667	KDM5C	P41229	1560 aa		32.41	■■■□□ 2.78
CLN6-222	ENST00000637667	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
CLN6-222	ENST00000637667	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		32.36	■■■□□ 2.77
CLN6-222	ENST00000637667	ABCC1	P33527	1531 aa		32.35	■■■□□ 2.77
CLN6-222	ENST00000637667	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		32.35	■■■□□ 2.77
CLN6-222	ENST00000637667	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		32.34	■■■□□ 2.77
CLN6-222	ENST00000637667	CEP162	Q5TB80	1403 aa		32.33	■■■□□ 2.77
CLN6-222	ENST00000637667	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		32.31	■■■□□ 2.76
CLN6-222	ENST00000637667	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		32.3	■■■□□ 2.76
CLN6-222	ENST00000637667	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		32.3	■■■□□ 2.76
CLN6-222	ENST00000637667	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	32.29	■■■□□ 2.76
CLN6-222	ENST00000637667	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		32.28	■■■□□ 2.76
CLN6-222	ENST00000637667	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	32.27	■■■□□ 2.76
CLN6-222	ENST00000637667	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		32.27	■■■□□ 2.76
CLN6-222	ENST00000637667	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		32.27	■■■□□ 2.76
CLN6-222	ENST00000637667	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		32.25	■■■□□ 2.75
CLN6-222	ENST00000637667	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		32.24	■■■□□ 2.75
CLN6-222	ENST00000637667	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		32.22	■■■□□ 2.75
CLN6-222	ENST00000637667	RERE	Q9P2R6	1566 aa		32.21	■■■□□ 2.75
CLN6-222	ENST00000637667	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	32.21	■■■□□ 2.75
CLN6-222	ENST00000637667	ABCA6	Q8N139	1617 aa		32.21	■■■□□ 2.75
CLN6-222	ENST00000637667	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		32.19	■■■□□ 2.74
CLN6-222	ENST00000637667	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		32.17	■■■□□ 2.74
CLN6-222	ENST00000637667	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	32.16	■■■□□ 2.74
CLN6-222	ENST00000637667	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		32.16	■■■□□ 2.74
CLN6-222	ENST00000637667	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		32.14	■■■□□ 2.74
CLN6-222	ENST00000637667	AGL	P35573	1532 aa		32.14	■■■□□ 2.74
CLN6-222	ENST00000637667	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		32.13	■■■□□ 2.73
CLN6-222	ENST00000637667	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		32.13	■■■□□ 2.73
CLN6-222	ENST00000637667	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	32.12	■■■□□ 2.73
CLN6-222	ENST00000637667	HSPA2	P54652	639 aa		32.12	■■■□□ 2.73
CLN6-222	ENST00000637667	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		32.11	■■■□□ 2.73
CLN6-222	ENST00000637667	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	32.11	■■■□□ 2.73
CLN6-222	ENST00000637667	TIAM1	Q13009	1591 aa		32.06	■■■□□ 2.72
CLN6-222	ENST00000637667	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	32.03	■■■□□ 2.72
CLN6-222	ENST00000637667	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	32.02	■■■□□ 2.72
CLN6-222	ENST00000637667	ATP7A	Q04656	1500 aa		32	■■■□□ 2.71
CLN6-222	ENST00000637667	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		31.98	■■■□□ 2.71
CLN6-222	ENST00000637667	FBXO41	Q8TF61	875 aa		31.97	■■■□□ 2.71
CLN6-222	ENST00000637667	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	31.96	■■■□□ 2.71
CLN6-222	ENST00000637667	NCOA2	Q15596	1464 aa		31.96	■■■□□ 2.71
CLN6-222	ENST00000637667	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		31.95	■■■□□ 2.71
CLN6-222	ENST00000637667	MBD5	Q9P267	1494 aa		31.95	■■■□□ 2.7
CLN6-222	ENST00000637667	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		31.94	■■■□□ 2.7
CLN6-222	ENST00000637667	A2M	P01023	1474 aa		31.93	■■■□□ 2.7
CLN6-222	ENST00000637667	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		31.92	■■■□□ 2.7
CLN6-222	ENST00000637667	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	31.91	■■■□□ 2.7
CLN6-222	ENST00000637667	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	31.9	■■■□□ 2.7
CLN6-222	ENST00000637667	PLXNC1	O60486	1568 aa		31.9	■■■□□ 2.7
CLN6-222	ENST00000637667	C3	P01024	1663 aa		31.89	■■■□□ 2.7
CLN6-222	ENST00000637667	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		31.85	■■■□□ 2.69
CLN6-222	ENST00000637667	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		31.84	■■■□□ 2.69
CLN6-222	ENST00000637667	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		31.83	■■■□□ 2.69
CLN6-222	ENST00000637667	ZMYM3	Q14202	1370 aa		31.81	■■■□□ 2.68
CLN6-222	ENST00000637667	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		31.8	■■■□□ 2.68
CLN6-222	ENST00000637667	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		31.8	■■■□□ 2.68
CLN6-222	ENST00000637667	GGT6	Q6P531	493 aa		31.8	■■■□□ 2.68
CLN6-222	ENST00000637667	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		31.78	■■■□□ 2.68
CLN6-222	ENST00000637667	MROH2A	A6NES4	1674 aa		31.77	■■■□□ 2.68
CLN6-222	ENST00000637667	NPAT	Q14207	1427 aa		31.77	■■■□□ 2.68
CLN6-222	ENST00000637667	MAP3K1	Q13233	1512 aa		31.77	■■■□□ 2.68
CLN6-222	ENST00000637667	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	31.76	■■■□□ 2.67
CLN6-222	ENST00000637667	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	31.76	■■■□□ 2.67
CLN6-222	ENST00000637667	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		31.75	■■■□□ 2.67
CLN6-222	ENST00000637667	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		31.74	■■■□□ 2.67
CLN6-222	ENST00000637667	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	31.7	■■■□□ 2.66
CLN6-222	ENST00000637667	STRC	Q7RTU9	1775 aa		31.69	■■■□□ 2.66
CLN6-222	ENST00000637667	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		31.68	■■■□□ 2.66
CLN6-222	ENST00000637667	TSPY4	P0CV99	314 aa		31.68	■■■□□ 2.66
CLN6-222	ENST00000637667	TSPY10	P0CW01	314 aa		31.68	■■■□□ 2.66
CLN6-222	ENST00000637667	KIF3B	O15066	747 aa		31.66	■■■□□ 2.66
CLN6-222	ENST00000637667	PTPRK	Q15262	1439 aa		31.66	■■■□□ 2.66
CLN6-222	ENST00000637667	CERK	Q8TCT0	537 aa		31.65	■■■□□ 2.66
CLN6-222	ENST00000637667	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		31.63	■■■□□ 2.65
CLN6-222	ENST00000637667	MIA2	Q96PC5	1412 aa		31.62	■■■□□ 2.65
CLN6-222	ENST00000637667	PTPRT	O14522	1441 aa		31.61	■■■□□ 2.65
CLN6-222	ENST00000637667	NCOA1	Q15788	1441 aa		31.61	■■■□□ 2.65
CLN6-222	ENST00000637667	APLP2	Q06481	763 aa		31.6	■■■□□ 2.65
CLN6-222	ENST00000637667	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		31.53	■■■□□ 2.64
CLN6-222	ENST00000637667	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		31.53	■■■□□ 2.64
CLN6-222	ENST00000637667	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		31.53	■■■□□ 2.64

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