RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa26.48■■□□□ 1.83
CLN3-246ENST00000636228 POGZQ7Z3K3 1410 aa26.48■■□□□ 1.83
CLN3-246ENST00000636228 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP26.46■■□□□ 1.83
CLN3-246ENST00000636228 KIF14Q15058 1648 aa26.45■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 MAGI2Q86UL8 1455 aa26.44■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa26.42■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP26.42■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 AFAP1Q8N556 730 aa26.41■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 CLIP1P30622 1438 aa26.4■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 ARHGAP5Q13017 1502 aa26.38■■□□□ 1.81
CLN3-246ENST00000636228 LMTK3Q96Q04 1460 aa26.37■■□□□ 1.81
CLN3-246ENST00000636228 HSPA2P54652 639 aa26.37■■□□□ 1.81
CLN3-246ENST00000636228 MYT1LQ9UL68 1186 aa26.37■■□□□ 1.81
CLN3-246ENST00000636228 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa26.36■■□□□ 1.81
CLN3-246ENST00000636228 MYO5CQ9NQX4 1742 aa26.36■■□□□ 1.81
CLN3-246ENST00000636228 ATP10AO60312 1499 aa26.36■■□□□ 1.81
CLN3-246ENST00000636228 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP26.36■■□□□ 1.81
CLN3-246ENST00000636228 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa26.35■■□□□ 1.81
CLN3-246ENST00000636228 C9orf84Q5VXU9 1444 aa26.31■■□□□ 1.8
CLN3-246ENST00000636228 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa26.3■■□□□ 1.8
CLN3-246ENST00000636228 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP26.29■■□□□ 1.8
CLN3-246ENST00000636228 CCDC18Q5T9S5 1454 aa26.27■■□□□ 1.8
CLN3-246ENST00000636228 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa26.25■■□□□ 1.79
CLN3-246ENST00000636228 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa26.24■■□□□ 1.79
CLN3-246ENST00000636228 FBXO41Q8TF61 875 aa26.23■■□□□ 1.79
CLN3-246ENST00000636228 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP26.23■■□□□ 1.79
CLN3-246ENST00000636228 KDM5CP41229 1560 aa26.23■■□□□ 1.79
CLN3-246ENST00000636228 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa26.22■■□□□ 1.79
CLN3-246ENST00000636228 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa26.2■■□□□ 1.79
CLN3-246ENST00000636228 FYCO1Q9BQS8 1478 aa26.2■■□□□ 1.78
CLN3-246ENST00000636228 PREX2Q70Z35 1606 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-246ENST00000636228 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-246ENST00000636228 MLH3Q9UHC1 1453 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-246ENST00000636228 ABCC1P33527 1531 aa26.16■■□□□ 1.78
CLN3-246ENST00000636228 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP26.13■■□□□ 1.77
CLN3-246ENST00000636228 ABCA6Q8N139 1617 aa26.13■■□□□ 1.77
CLN3-246ENST00000636228 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP26.11■■□□□ 1.77
CLN3-246ENST00000636228 ITSN2Q9NZM3 1697 aa26.09■■□□□ 1.77
CLN3-246ENST00000636228 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa26.08■■□□□ 1.77
CLN3-246ENST00000636228 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP26.07■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP26.07■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 REREQ9P2R6 1566 aa26.07■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP26.05■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 CCNB3Q8WWL7 1395 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 MTUS2Q5JR59 1369 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 SYCP2Q9BX26 1530 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 AGLP35573 1532 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa26.02■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa26■■□□□ 1.75
CLN3-246ENST00000636228 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP25.99■■□□□ 1.75
CLN3-246ENST00000636228 CERKQ8TCT0 537 aa25.99■■□□□ 1.75
CLN3-246ENST00000636228 PREX1Q8TCU6 1659 aa25.99■■□□□ 1.75
CLN3-246ENST00000636228 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa25.96■■□□□ 1.75
CLN3-246ENST00000636228 CEP162Q5TB80 1403 aa25.95■■□□□ 1.74
CLN3-246ENST00000636228 C3P01024 1663 aa25.93■■□□□ 1.74
CLN3-246ENST00000636228 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa25.91■■□□□ 1.74
CLN3-246ENST00000636228 DMRT2Q9Y5R5 561 aa25.91■■□□□ 1.74
CLN3-246ENST00000636228 CNTLNQ9NXG0 1405 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-246ENST00000636228 ATP7AQ04656 1500 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-246ENST00000636228 GGT6Q6P531 493 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-246ENST00000636228 ZMYM3Q14202 1370 aa25.88■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 A2MP01023 1474 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 STRCQ7RTU9 1775 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa25.86■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 TIAM1Q13009 1591 aa25.86■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP25.85■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa25.84■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP25.84■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP25.83■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 MBD5Q9P267 1494 aa25.83■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 PLXNC1O60486 1568 aa25.79■■□□□ 1.72
CLN3-246ENST00000636228 PTPRTO14522 1441 aa25.78■■□□□ 1.72
CLN3-246ENST00000636228 NPATQ14207 1427 aa25.77■■□□□ 1.72
CLN3-246ENST00000636228 NCOA2Q15596 1464 aa25.76■■□□□ 1.71
CLN3-246ENST00000636228 NCOA1Q15788 1441 aa25.75■■□□□ 1.71
CLN3-246ENST00000636228 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa25.75■■□□□ 1.71
CLN3-246ENST00000636228 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP25.74■■□□□ 1.71
CLN3-246ENST00000636228 MROH2AA6NES4 1674 aa25.73■■□□□ 1.71
CLN3-246ENST00000636228 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa25.72■■□□□ 1.71
CLN3-246ENST00000636228 PTPRKQ15262 1439 aa25.72■■□□□ 1.71
CLN3-246ENST00000636228 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP25.72■■□□□ 1.71
CLN3-246ENST00000636228 KIF3BO15066 747 aa25.71■■□□□ 1.71
CLN3-246ENST00000636228 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa25.7■■□□□ 1.71
CLN3-246ENST00000636228 PPP6R1Q9UPN7 881 aa25.7■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa25.7■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 ADGBQ8N7X0 1667 aa25.68■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 CCDC141Q6ZP82 1450 aa25.67■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP25.66■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 VPS8Q8N3P4 1428 aa25.65■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 RSPH4AQ5TD94 716 aa25.65■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP25.65■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 LTBP4Q8N2S1 1624 aa25.63■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa25.62■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 TSPY4P0CV99 314 aa25.62■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 TSPY10P0CW01 314 aa25.62■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 MYO3AQ8NEV4 1616 aa25.61■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP25.61■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa25.6■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 PKD2Q13563 968 aa25.59■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.1 ms