RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		40.96	■■■■■ 4.15
NME3-208	ENST00000565379	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		40.93	■■■■■ 4.14
NME3-208	ENST00000565379	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		40.92	■■■■■ 4.14
NME3-208	ENST00000565379	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		40.91	■■■■■ 4.14
NME3-208	ENST00000565379	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		40.9	■■■■■ 4.14
NME3-208	ENST00000565379	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		40.89	■■■■■ 4.14
NME3-208	ENST00000565379	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	40.89	■■■■■ 4.14
NME3-208	ENST00000565379	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		40.85	■■■■■ 4.13
NME3-208	ENST00000565379	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		40.85	■■■■■ 4.13
NME3-208	ENST00000565379	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	40.85	■■■■■ 4.13
NME3-208	ENST00000565379	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		40.84	■■■■■ 4.13
NME3-208	ENST00000565379	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		40.83	■■■■■ 4.13
NME3-208	ENST00000565379	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		40.81	■■■■■ 4.12
NME3-208	ENST00000565379	PTPRM	P28827	1452 aa		40.8	■■■■■ 4.12
NME3-208	ENST00000565379	PREX2	Q70Z35	1606 aa		40.78	■■■■■ 4.12
NME3-208	ENST00000565379	MADD	Q8WXG6	1647 aa		40.75	■■■■■ 4.11
NME3-208	ENST00000565379	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		40.74	■■■■■ 4.11
NME3-208	ENST00000565379	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		40.71	■■■■■ 4.11
NME3-208	ENST00000565379	AFAP1	Q8N556	730 aa		40.71	■■■■■ 4.11
NME3-208	ENST00000565379	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		40.69	■■■■■ 4.1
NME3-208	ENST00000565379	MAP3K1	Q13233	1512 aa		40.68	■■■■■ 4.1
NME3-208	ENST00000565379	APLP2	Q06481	763 aa		40.67	■■■■■ 4.1
NME3-208	ENST00000565379	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		40.65	■■■■■ 4.1
NME3-208	ENST00000565379	ABCC1	P33527	1531 aa		40.65	■■■■■ 4.1
NME3-208	ENST00000565379	KDM5C	P41229	1560 aa		40.65	■■■■■ 4.1
NME3-208	ENST00000565379	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		40.63	■■■■■ 4.09
NME3-208	ENST00000565379	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	40.6	■■■■■ 4.09
NME3-208	ENST00000565379	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	40.59	■■■■■ 4.09
NME3-208	ENST00000565379	ATP10A	O60312	1499 aa		40.59	■■■■■ 4.09
NME3-208	ENST00000565379	TIAM1	Q13009	1591 aa		40.58	■■■■■ 4.09
NME3-208	ENST00000565379	MLEC	Q14165	292 aa		40.58	■■■■■ 4.09
NME3-208	ENST00000565379	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		40.58	■■■■■ 4.09
NME3-208	ENST00000565379	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		40.57	■■■■■ 4.08
NME3-208	ENST00000565379	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	40.55	■■■■■ 4.08
NME3-208	ENST00000565379	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		40.55	■■■■■ 4.08
NME3-208	ENST00000565379	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		40.54	■■■■■ 4.08
NME3-208	ENST00000565379	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		40.52	■■■■■ 4.08
NME3-208	ENST00000565379	ABCA6	Q8N139	1617 aa		40.49	■■■■■ 4.07
NME3-208	ENST00000565379	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		40.49	■■■■■ 4.07
NME3-208	ENST00000565379	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		40.47	■■■■■ 4.07
NME3-208	ENST00000565379	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		40.47	■■■■■ 4.07
NME3-208	ENST00000565379	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		40.47	■■■■■ 4.07
NME3-208	ENST00000565379	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		40.47	■■■■■ 4.07
NME3-208	ENST00000565379	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		40.46	■■■■■ 4.07
NME3-208	ENST00000565379	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		40.44	■■■■■ 4.06
NME3-208	ENST00000565379	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	40.41	■■■■■ 4.06
NME3-208	ENST00000565379	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	40.41	■■■■■ 4.06
NME3-208	ENST00000565379	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		40.4	■■■■■ 4.06
NME3-208	ENST00000565379	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		40.39	■■■■■ 4.06
NME3-208	ENST00000565379	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		40.39	■■■■■ 4.06
NME3-208	ENST00000565379	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	40.35	■■■■■ 4.05
NME3-208	ENST00000565379	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	40.33	■■■■■ 4.05
NME3-208	ENST00000565379	RERE	Q9P2R6	1566 aa		40.32	■■■■■ 4.05
NME3-208	ENST00000565379	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		40.28	■■■■■ 4.04
NME3-208	ENST00000565379	NCOA2	Q15596	1464 aa		40.26	■■■■■ 4.04
NME3-208	ENST00000565379	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	40.26	■■■■■ 4.04
NME3-208	ENST00000565379	FBXO41	Q8TF61	875 aa		40.26	■■■■■ 4.04
NME3-208	ENST00000565379	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	40.25	■■■■■ 4.03
NME3-208	ENST00000565379	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		40.25	■■■■■ 4.03
NME3-208	ENST00000565379	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	40.22	■■■■■ 4.03
NME3-208	ENST00000565379	HSPA2	P54652	639 aa		40.22	■■■■■ 4.03
NME3-208	ENST00000565379	AGL	P35573	1532 aa		40.21	■■■■■ 4.03
NME3-208	ENST00000565379	ATP7A	Q04656	1500 aa		40.2	■■■■■ 4.03
NME3-208	ENST00000565379	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	40.19	■■■■■ 4.02
NME3-208	ENST00000565379	MBD5	Q9P267	1494 aa		40.17	■■■■■ 4.02
NME3-208	ENST00000565379	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		40.07	■■■■■ 4.01
NME3-208	ENST00000565379	PLXNC1	O60486	1568 aa		40.05	■■■■■ 4
NME3-208	ENST00000565379	A2M	P01023	1474 aa		40.03	■■■■■ 4
NME3-208	ENST00000565379	C3	P01024	1663 aa		40.01	■■■■■ 4
NME3-208	ENST00000565379	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		39.98	■■■■□ 3.99
NME3-208	ENST00000565379	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		39.96	■■■■□ 3.99
NME3-208	ENST00000565379	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		39.95	■■■■□ 3.99
NME3-208	ENST00000565379	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	39.94	■■■■□ 3.98
NME3-208	ENST00000565379	MIA2	Q96PC5	1412 aa		39.94	■■■■□ 3.98
NME3-208	ENST00000565379	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	39.93	■■■■□ 3.98
NME3-208	ENST00000565379	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		39.92	■■■■□ 3.98
NME3-208	ENST00000565379	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	39.91	■■■■□ 3.98
NME3-208	ENST00000565379	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		39.9	■■■■□ 3.98
NME3-208	ENST00000565379	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		39.87	■■■■□ 3.97
NME3-208	ENST00000565379	GGT6	Q6P531	493 aa		39.85	■■■■□ 3.97
NME3-208	ENST00000565379	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		39.84	■■■■□ 3.97
NME3-208	ENST00000565379	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		39.83	■■■■□ 3.97
NME3-208	ENST00000565379	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	39.83	■■■■□ 3.97
NME3-208	ENST00000565379	CERK	Q8TCT0	537 aa		39.82	■■■■□ 3.97
NME3-208	ENST00000565379	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		39.82	■■■■□ 3.97
NME3-208	ENST00000565379	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	39.81	■■■■□ 3.96
NME3-208	ENST00000565379	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		39.8	■■■■□ 3.96
NME3-208	ENST00000565379	MROH2A	A6NES4	1674 aa		39.8	■■■■□ 3.96
NME3-208	ENST00000565379	ZMYM3	Q14202	1370 aa		39.79	■■■■□ 3.96
NME3-208	ENST00000565379	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		39.74	■■■■□ 3.95
NME3-208	ENST00000565379	STRC	Q7RTU9	1775 aa		39.7	■■■■□ 3.95
NME3-208	ENST00000565379	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	39.69	■■■■□ 3.94
NME3-208	ENST00000565379	KIF3B	O15066	747 aa		39.69	■■■■□ 3.94
NME3-208	ENST00000565379	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		39.69	■■■■□ 3.94
NME3-208	ENST00000565379	TSPY4	P0CV99	314 aa		39.68	■■■■□ 3.94
NME3-208	ENST00000565379	TSPY10	P0CW01	314 aa		39.68	■■■■□ 3.94
NME3-208	ENST00000565379	NPAT	Q14207	1427 aa		39.65	■■■■□ 3.94
NME3-208	ENST00000565379	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		39.65	■■■■□ 3.94
NME3-208	ENST00000565379	PTPRK	Q15262	1439 aa		39.65	■■■■□ 3.94
NME3-208	ENST00000565379	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	39.6	■■■■□ 3.93

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