RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000497977.1

PTPRN-218, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRN, Length 701 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-218ENST00000497977 ADGRL1O94910 1474 aa16.19■□□□□ 0.18
PTPRN-218ENST00000497977 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRN-218ENST00000497977 ARHGAP5Q13017 1502 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRN-218ENST00000497977 CFAP74Q9C0B2 1584 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRN-218ENST00000497977 MAGI2Q86UL8 1455 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRN-218ENST00000497977 AFAP1Q8N556 730 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRN-218ENST00000497977 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRN-218ENST00000497977 POGZQ7Z3K3 1410 aa16.14■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 TSPY4P0CV99 314 aa16.13■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 TSPY10P0CW01 314 aa16.13■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP16.13■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa16.13■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa16.12■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP16.11■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP16.11■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 TTC37Q6PGP7 1564 aa16.11■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP16.11■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa16.11■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 MAP3K1Q13233 1512 aa16.1■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa16.09■□□□□ 0.17
PTPRN-218ENST00000497977 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
PTPRN-218ENST00000497977 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa16.06■□□□□ 0.16
PTPRN-218ENST00000497977 ATP10AO60312 1499 aa16.05■□□□□ 0.16
PTPRN-218ENST00000497977 MLH3Q9UHC1 1453 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRN-218ENST00000497977 MLECQ14165 292 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRN-218ENST00000497977 NCOA2Q15596 1464 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRN-218ENST00000497977 MYO5CQ9NQX4 1742 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRN-218ENST00000497977 TIAM1Q13009 1591 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRN-218ENST00000497977 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRN-218ENST00000497977 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP16.01■□□□□ 0.15
PTPRN-218ENST00000497977 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa16.01■□□□□ 0.15
PTPRN-218ENST00000497977 PPP6R1Q9UPN7 881 aa16■□□□□ 0.15
PTPRN-218ENST00000497977 C9orf84Q5VXU9 1444 aa16■□□□□ 0.15
PTPRN-218ENST00000497977 MIA2Q96PC5 1412 aa16■□□□□ 0.15
PTPRN-218ENST00000497977 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa15.99■□□□□ 0.15
PTPRN-218ENST00000497977 YEATS2Q9ULM3 1422 aa15.99■□□□□ 0.15
PTPRN-218ENST00000497977 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa15.96■□□□□ 0.15
PTPRN-218ENST00000497977 PREX2Q70Z35 1606 aa15.96■□□□□ 0.15
PTPRN-218ENST00000497977 MYOM3Q5VTT5 1437 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 ABCC1P33527 1531 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 GGT6Q6P531 493 aa15.92■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa15.92■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 KDM5CP41229 1560 aa15.92■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 RICTORQ6R327 1708 aa15.91■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 MBD5Q9P267 1494 aa15.91■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP15.9■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 PLPPR3Q6T4P5 718 aa15.9■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa15.9■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 CCDC141Q6ZP82 1450 aa15.9■□□□□ 0.14
PTPRN-218ENST00000497977 SYCP2Q9BX26 1530 aa15.89■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP15.89■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa15.88■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 KIF3BO15066 747 aa15.88■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 ITSN2Q9NZM3 1697 aa15.88■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 HECW2Q9P2P5 1572 aa15.87■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 PTPRMP28827 1452 aa15.87■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa15.87■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 A2MP01023 1474 aa15.86■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa15.86■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 CNTLNQ9NXG0 1405 aa15.85■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 AGLP35573 1532 aa15.85■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa15.84■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 REREQ9P2R6 1566 aa15.83■□□□□ 0.13
PTPRN-218ENST00000497977 FGD6Q6ZV73 1430 aa15.83■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 ATP7AQ04656 1500 aa15.83■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa15.82■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP15.81■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP15.81■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa15.81■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 CHIC2Q9UKJ5 165 aa15.8■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa15.79■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 ZMYM3Q14202 1370 aa15.79■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 BCORL1Q5H9F3 1711 aa15.78■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 DMRT2Q9Y5R5 561 aa15.78■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 ARHGEF5Q12774 1597 aa15.78■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 ADAMTSL3P82987 1691 aa15.77■□□□□ 0.12
PTPRN-218ENST00000497977 ABCC5O15440 1437 aa15.76■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 KANK1Q14678 1352 aa15.75■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP15.75■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 KIF15Q9NS87 1388 aa15.75■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP15.74■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 DAPK1P53355 1430 aa15.74■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa15.74■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 ABCA6Q8N139 1617 aa15.72■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 ITGAEP38570 1179 aa15.72■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP15.72■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 MADDQ8WXG6 1647 aa15.71■□□□□ 0.11
PTPRN-218ENST00000497977 SHANK2Q9UPX8 1470 aa15.71■□□□□ 0.1
PTPRN-218ENST00000497977 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP15.7■□□□□ 0.1
PTPRN-218ENST00000497977 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa15.7■□□□□ 0.1
PTPRN-218ENST00000497977 PTPN23Q9H3S7 1636 aa15.7■□□□□ 0.1
PTPRN-218ENST00000497977 NPATQ14207 1427 aa15.69■□□□□ 0.1
PTPRN-218ENST00000497977 NCOA1Q15788 1441 aa15.69■□□□□ 0.1
PTPRN-218ENST00000497977 DUOX2Q9NRD8 1548 aa15.68■□□□□ 0.1
PTPRN-218ENST00000497977 ERBINQ96RT1 1412 aa15.68■□□□□ 0.1
PTPRN-218ENST00000497977 MAST1Q9Y2H9 1570 aa15.67■□□□□ 0.1
PTPRN-218ENST00000497977 HSPA2P54652 639 aa15.66■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 163.6 ms