RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486480.1

PTPRN-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRN, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-216ENST00000486480 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa30.22■■■□□ 2.43
PTPRN-216ENST00000486480 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa30.22■■■□□ 2.43
PTPRN-216ENST00000486480 RICTORQ6R327 1708 aa30.21■■■□□ 2.43
PTPRN-216ENST00000486480 ADGRL1O94910 1474 aa30.19■■■□□ 2.42
PTPRN-216ENST00000486480 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP30.18■■■□□ 2.42
PTPRN-216ENST00000486480 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa30.18■■■□□ 2.42
PTPRN-216ENST00000486480 ITSN2Q9NZM3 1697 aa30.17■■■□□ 2.42
PTPRN-216ENST00000486480 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP30.16■■■□□ 2.42
PTPRN-216ENST00000486480 NCOA2Q15596 1464 aa30.15■■■□□ 2.42
PTPRN-216ENST00000486480 CCNB3Q8WWL7 1395 aa30.15■■■□□ 2.42
PTPRN-216ENST00000486480 SCAPERQ9BY12 1400 aa30.12■■■□□ 2.41
PTPRN-216ENST00000486480 ABCC1P33527 1531 aa30.12■■■□□ 2.41
PTPRN-216ENST00000486480 RAPGEF3O95398 923 aa30.11■■■□□ 2.41
PTPRN-216ENST00000486480 APLP2Q06481 763 aa30.1■■■□□ 2.41
PTPRN-216ENST00000486480 POGZQ7Z3K3 1410 aa30.1■■■□□ 2.41
PTPRN-216ENST00000486480 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa30.1■■■□□ 2.41
PTPRN-216ENST00000486480 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP30.09■■■□□ 2.41
PTPRN-216ENST00000486480 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa30.08■■■□□ 2.41
PTPRN-216ENST00000486480 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP30.02■■■□□ 2.4
PTPRN-216ENST00000486480 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa30.01■■■□□ 2.4
PTPRN-216ENST00000486480 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa30.01■■■□□ 2.4
PTPRN-216ENST00000486480 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa30.01■■■□□ 2.39
PTPRN-216ENST00000486480 KDM5CP41229 1560 aa30■■■□□ 2.39
PTPRN-216ENST00000486480 SYCP2Q9BX26 1530 aa30■■■□□ 2.39
PTPRN-216ENST00000486480 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP29.99■■■□□ 2.39
PTPRN-216ENST00000486480 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa29.98■■■□□ 2.39
PTPRN-216ENST00000486480 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa29.96■■■□□ 2.39
PTPRN-216ENST00000486480 MAGI2Q86UL8 1455 aa29.95■■■□□ 2.39
PTPRN-216ENST00000486480 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa29.95■■■□□ 2.38
PTPRN-216ENST00000486480 HECW2Q9P2P5 1572 aa29.94■■■□□ 2.38
PTPRN-216ENST00000486480 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa29.93■■■□□ 2.38
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PTPRN-216ENST00000486480 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa29.91■■■□□ 2.38
PTPRN-216ENST00000486480 YEATS2Q9ULM3 1422 aa29.89■■■□□ 2.38
PTPRN-216ENST00000486480 AFAP1Q8N556 730 aa29.89■■■□□ 2.38
PTPRN-216ENST00000486480 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP29.88■■■□□ 2.37
PTPRN-216ENST00000486480 MLH3Q9UHC1 1453 aa29.85■■■□□ 2.37
PTPRN-216ENST00000486480 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP29.84■■■□□ 2.37
PTPRN-216ENST00000486480 MIA2Q96PC5 1412 aa29.84■■■□□ 2.37
PTPRN-216ENST00000486480 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa29.83■■■□□ 2.37
PTPRN-216ENST00000486480 MBD5Q9P267 1494 aa29.83■■■□□ 2.37
PTPRN-216ENST00000486480 ABCA6Q8N139 1617 aa29.82■■■□□ 2.36
PTPRN-216ENST00000486480 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa29.81■■■□□ 2.36
PTPRN-216ENST00000486480 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP29.81■■■□□ 2.36
PTPRN-216ENST00000486480 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa29.8■■■□□ 2.36
PTPRN-216ENST00000486480 ARHGEF5Q12774 1597 aa29.78■■■□□ 2.36
PTPRN-216ENST00000486480 ATP7AQ04656 1500 aa29.77■■■□□ 2.36
PTPRN-216ENST00000486480 ATP10AO60312 1499 aa29.77■■■□□ 2.36
PTPRN-216ENST00000486480 PTPN23Q9H3S7 1636 aa29.77■■■□□ 2.36
PTPRN-216ENST00000486480 CCDC141Q6ZP82 1450 aa29.76■■■□□ 2.35
PTPRN-216ENST00000486480 C9orf84Q5VXU9 1444 aa29.76■■■□□ 2.35
PTPRN-216ENST00000486480 FGD6Q6ZV73 1430 aa29.75■■■□□ 2.35
PTPRN-216ENST00000486480 MYT1LQ9UL68 1186 aa29.75■■■□□ 2.35
PTPRN-216ENST00000486480 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP29.74■■■□□ 2.35
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PTPRN-216ENST00000486480 BCORL1Q5H9F3 1711 aa29.72■■■□□ 2.35
PTPRN-216ENST00000486480 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa29.72■■■□□ 2.35
PTPRN-216ENST00000486480 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP29.69■■■□□ 2.34
PTPRN-216ENST00000486480 ADAMTSL3P82987 1691 aa29.67■■■□□ 2.34
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PTPRN-216ENST00000486480 ADGBQ8N7X0 1667 aa29.66■■■□□ 2.34
PTPRN-216ENST00000486480 CROCC2H7BZ55 1655 aa29.65■■■□□ 2.34
PTPRN-216ENST00000486480 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa29.64■■■□□ 2.34
PTPRN-216ENST00000486480 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP29.63■■■□□ 2.33
PTPRN-216ENST00000486480 MAST1Q9Y2H9 1570 aa29.63■■■□□ 2.33
PTPRN-216ENST00000486480 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP29.61■■■□□ 2.33
PTPRN-216ENST00000486480 AGLP35573 1532 aa29.61■■■□□ 2.33
PTPRN-216ENST00000486480 PLXNC1O60486 1568 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRN-216ENST00000486480 MADDQ8WXG6 1647 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRN-216ENST00000486480 A2MP01023 1474 aa29.56■■■□□ 2.32
PTPRN-216ENST00000486480 SHANK2Q9UPX8 1470 aa29.55■■■□□ 2.32
PTPRN-216ENST00000486480 ABCC5O15440 1437 aa29.54■■■□□ 2.32
PTPRN-216ENST00000486480 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa29.54■■■□□ 2.32
PTPRN-216ENST00000486480 TSPY4P0CV99 314 aa29.54■■■□□ 2.32
PTPRN-216ENST00000486480 TSPY10P0CW01 314 aa29.54■■■□□ 2.32
PTPRN-216ENST00000486480 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP29.54■■■□□ 2.32
PTPRN-216ENST00000486480 DAPK1P53355 1430 aa29.54■■■□□ 2.32
PTPRN-216ENST00000486480 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP29.53■■■□□ 2.32
PTPRN-216ENST00000486480 MLECQ14165 292 aa29.48■■■□□ 2.31
PTPRN-216ENST00000486480 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP29.48■■■□□ 2.31
PTPRN-216ENST00000486480 PTPRMP28827 1452 aa29.44■■■□□ 2.3
PTPRN-216ENST00000486480 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP29.44■■■□□ 2.3
PTPRN-216ENST00000486480 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP29.38■■■□□ 2.29
PTPRN-216ENST00000486480 DUOX2Q9NRD8 1548 aa29.38■■■□□ 2.29
PTPRN-216ENST00000486480 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP29.38■■■□□ 2.29
PTPRN-216ENST00000486480 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP29.38■■■□□ 2.29
PTPRN-216ENST00000486480 ADGRL2O95490 1459 aa29.36■■■□□ 2.29
PTPRN-216ENST00000486480 KIF15Q9NS87 1388 aa29.36■■■□□ 2.29
PTPRN-216ENST00000486480 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa29.33■■■□□ 2.29
PTPRN-216ENST00000486480 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP29.32■■■□□ 2.28
PTPRN-216ENST00000486480 CHIC2Q9UKJ5 165 aa29.32■■■□□ 2.28
PTPRN-216ENST00000486480 PTPRKQ15262 1439 aa29.31■■■□□ 2.28
PTPRN-216ENST00000486480 MROH2AA6NES4 1674 aa29.31■■■□□ 2.28
PTPRN-216ENST00000486480 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP29.31■■■□□ 2.28
PTPRN-216ENST00000486480 NCOA1Q15788 1441 aa29.3■■■□□ 2.28
PTPRN-216ENST00000486480 CNTLNQ9NXG0 1405 aa29.29■■■□□ 2.28
PTPRN-216ENST00000486480 KIF3BO15066 747 aa29.29■■■□□ 2.28
PTPRN-216ENST00000486480 ERBINQ96RT1 1412 aa29.28■■■□□ 2.28
PTPRN-216ENST00000486480 C3P01024 1663 aa29.28■■■□□ 2.28
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