RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-208ENST00000464168 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa37.32■■■■□ 3.56
USP4-208ENST00000464168 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP37.3■■■■□ 3.56
USP4-208ENST00000464168 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP37.29■■■■□ 3.56
USP4-208ENST00000464168 LMTK3Q96Q04 1460 aa37.29■■■■□ 3.56
USP4-208ENST00000464168 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa37.28■■■■□ 3.56
USP4-208ENST00000464168 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP37.25■■■■□ 3.55
USP4-208ENST00000464168 MLECQ14165 292 aa37.23■■■■□ 3.55
USP4-208ENST00000464168 KIF14Q15058 1648 aa37.23■■■■□ 3.55
USP4-208ENST00000464168 MYO5CQ9NQX4 1742 aa37.21■■■■□ 3.55
USP4-208ENST00000464168 PLPPR3Q6T4P5 718 aa37.2■■■■□ 3.55
USP4-208ENST00000464168 ATP10AO60312 1499 aa37.19■■■■□ 3.54
USP4-208ENST00000464168 FBXO41Q8TF61 875 aa37.16■■■■□ 3.54
USP4-208ENST00000464168 CLIP1P30622 1438 aa37.16■■■■□ 3.54
USP4-208ENST00000464168 HSPA2P54652 639 aa37.13■■■■□ 3.53
USP4-208ENST00000464168 AFAP1Q8N556 730 aa37.13■■■■□ 3.53
USP4-208ENST00000464168 C9orf84Q5VXU9 1444 aa37.12■■■■□ 3.53
USP4-208ENST00000464168 ARHGAP5Q13017 1502 aa37.12■■■■□ 3.53
USP4-208ENST00000464168 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa37.11■■■■□ 3.53
USP4-208ENST00000464168 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa37.1■■■■□ 3.53
USP4-208ENST00000464168 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa37.06■■■■□ 3.52
USP4-208ENST00000464168 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa37.05■■■■□ 3.52
USP4-208ENST00000464168 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa37.04■■■■□ 3.52
USP4-208ENST00000464168 KDM5CP41229 1560 aa37.03■■■■□ 3.52
USP4-208ENST00000464168 CCDC18Q5T9S5 1454 aa36.99■■■■□ 3.51
USP4-208ENST00000464168 MYT1LQ9UL68 1186 aa36.98■■■■□ 3.51
USP4-208ENST00000464168 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa36.97■■■■□ 3.51
USP4-208ENST00000464168 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP36.96■■■■□ 3.51
USP4-208ENST00000464168 MLH3Q9UHC1 1453 aa36.93■■■■□ 3.5
USP4-208ENST00000464168 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa36.92■■■■□ 3.5
USP4-208ENST00000464168 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa36.91■■■■□ 3.5
USP4-208ENST00000464168 PREX2Q70Z35 1606 aa36.9■■■■□ 3.5
USP4-208ENST00000464168 ABCC1P33527 1531 aa36.88■■■■□ 3.49
USP4-208ENST00000464168 FYCO1Q9BQS8 1478 aa36.87■■■■□ 3.49
USP4-208ENST00000464168 REREQ9P2R6 1566 aa36.86■■■■□ 3.49
USP4-208ENST00000464168 ABCA6Q8N139 1617 aa36.84■■■■□ 3.49
USP4-208ENST00000464168 PREX1Q8TCU6 1659 aa36.78■■■■□ 3.48
USP4-208ENST00000464168 ITSN2Q9NZM3 1697 aa36.78■■■■□ 3.48
USP4-208ENST00000464168 AGLP35573 1532 aa36.78■■■■□ 3.48
USP4-208ENST00000464168 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa36.77■■■■□ 3.48
USP4-208ENST00000464168 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP36.75■■■■□ 3.47
USP4-208ENST00000464168 CERKQ8TCT0 537 aa36.74■■■■□ 3.47
USP4-208ENST00000464168 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP36.72■■■■□ 3.47
USP4-208ENST00000464168 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa36.71■■■■□ 3.47
USP4-208ENST00000464168 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa36.7■■■■□ 3.47
USP4-208ENST00000464168 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP36.69■■■■□ 3.46
USP4-208ENST00000464168 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP36.69■■■■□ 3.46
USP4-208ENST00000464168 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa36.67■■■■□ 3.46
USP4-208ENST00000464168 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP36.67■■■■□ 3.46
USP4-208ENST00000464168 DMRT2Q9Y5R5 561 aa36.64■■■■□ 3.46
USP4-208ENST00000464168 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP36.63■■■■□ 3.45
USP4-208ENST00000464168 C3P01024 1663 aa36.63■■■■□ 3.45
USP4-208ENST00000464168 SYCP2Q9BX26 1530 aa36.63■■■■□ 3.45
USP4-208ENST00000464168 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP36.62■■■■□ 3.45
USP4-208ENST00000464168 STRCQ7RTU9 1775 aa36.6■■■■□ 3.45
USP4-208ENST00000464168 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa36.59■■■■□ 3.45
USP4-208ENST00000464168 CNTLNQ9NXG0 1405 aa36.59■■■■□ 3.45
USP4-208ENST00000464168 CCNB3Q8WWL7 1395 aa36.58■■■■□ 3.45
USP4-208ENST00000464168 MTUS2Q5JR59 1369 aa36.55■■■■□ 3.44
USP4-208ENST00000464168 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa36.54■■■■□ 3.44
USP4-208ENST00000464168 ATP7AQ04656 1500 aa36.49■■■■□ 3.43
USP4-208ENST00000464168 ZMYM3Q14202 1370 aa36.47■■■■□ 3.43
USP4-208ENST00000464168 PTPRTO14522 1441 aa36.46■■■■□ 3.43
USP4-208ENST00000464168 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP36.45■■■■□ 3.43
USP4-208ENST00000464168 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP36.44■■■■□ 3.42
USP4-208ENST00000464168 A2MP01023 1474 aa36.43■■■■□ 3.42
USP4-208ENST00000464168 NPATQ14207 1427 aa36.43■■■■□ 3.42
USP4-208ENST00000464168 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP36.42■■■■□ 3.42
USP4-208ENST00000464168 PLXNC1O60486 1568 aa36.41■■■■□ 3.42
USP4-208ENST00000464168 MROH2AA6NES4 1674 aa36.4■■■■□ 3.42
USP4-208ENST00000464168 NCOA1Q15788 1441 aa36.38■■■■□ 3.41
USP4-208ENST00000464168 TIAM1Q13009 1591 aa36.37■■■■□ 3.41
USP4-208ENST00000464168 MBD5Q9P267 1494 aa36.37■■■■□ 3.41
USP4-208ENST00000464168 GGT6Q6P531 493 aa36.36■■■■□ 3.41
USP4-208ENST00000464168 CEP162Q5TB80 1403 aa36.35■■■■□ 3.41
USP4-208ENST00000464168 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa36.35■■■■□ 3.41
USP4-208ENST00000464168 PPP6R1Q9UPN7 881 aa36.3■■■■□ 3.4
USP4-208ENST00000464168 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP36.29■■■■□ 3.4
USP4-208ENST00000464168 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa36.27■■■■□ 3.4
USP4-208ENST00000464168 PTPRKQ15262 1439 aa36.27■■■■□ 3.4
USP4-208ENST00000464168 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa36.26■■■■□ 3.4
USP4-208ENST00000464168 LTBP4Q8N2S1 1624 aa36.25■■■■□ 3.39
USP4-208ENST00000464168 ADGBQ8N7X0 1667 aa36.24■■■■□ 3.39
USP4-208ENST00000464168 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa36.23■■■■□ 3.39
USP4-208ENST00000464168 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP36.22■■■■□ 3.39
USP4-208ENST00000464168 NCOA2Q15596 1464 aa36.19■■■■□ 3.38
USP4-208ENST00000464168 MYO3AQ8NEV4 1616 aa36.16■■■■□ 3.38
USP4-208ENST00000464168 PKD2Q13563 968 aa36.14■■■■□ 3.38
USP4-208ENST00000464168 CCDC141Q6ZP82 1450 aa36.13■■■■□ 3.37
USP4-208ENST00000464168 RSPH4AQ5TD94 716 aa36.13■■■■□ 3.37
USP4-208ENST00000464168 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP36.13■■■■□ 3.37
USP4-208ENST00000464168 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP36.13■■■■□ 3.37
USP4-208ENST00000464168 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa36.12■■■■□ 3.37
USP4-208ENST00000464168 PLA2R1Q13018 1463 aa36.12■■■■□ 3.37
USP4-208ENST00000464168 KIF3BO15066 747 aa36.12■■■■□ 3.37
USP4-208ENST00000464168 IQSEC2Q5JU85 1478 aa36.1■■■■□ 3.37
USP4-208ENST00000464168 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP36.09■■■■□ 3.37
USP4-208ENST00000464168 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP36.08■■■■□ 3.37
USP4-208ENST00000464168 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP36.04■■■■□ 3.36
USP4-208ENST00000464168 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa36.03■■■■□ 3.36
USP4-208ENST00000464168 A2ML1A8K2U0 1454 aa36.03■■■■□ 3.36
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