RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	ACER1	Q8TDN7	264 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	ESR2	Q92731	530 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	MROH8	Q9H579	483 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	ORC4	O43929	436 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	RANBP6	O60518	1105 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	SLC25A27	O95847	323 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	FLT3LG	P49771	235 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	RGS19	P49795	217 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	TFAP4	Q01664	338 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	PRKCZ	Q05513	592 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	TRDN	Q13061	729 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	PLEKHH3	Q7Z736	793 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	IQCA1	Q86XH1	822 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	SHCBP1	Q8NEM2	672 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	ZNF333	Q96JL9	665 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	CCDC136	Q96JN2	1154 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	PKNOX2	Q96KN3	472 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	SEC62	Q99442	399 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	CNNM2	Q9H8M5	875 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	EPB41L4A	Q9HCS5	686 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	PLIN4	Q96Q06	1357 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	SIPA1L1	O43166	1804 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	ZBED4	O75132	1171 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	HMGCR	P04035	888 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	HSPD1	P10809	573 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	XRCC5	P13010	732 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	JAG1	P78504	1218 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	GMCL1P1	Q8NEA9	526 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	CHURC1	Q8WUH1	139 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	DSCC1	Q9BVC3	393 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	MTMR4	Q9NYA4	1195 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	CLIP2	Q9UDT6	1046 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	FEM1B	Q9UK73	627 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	STX8	Q9UNK0	236 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	PHIP	Q8WWQ0	1821 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285		A0A0D9SFI3	127 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	SLC15A5	A6NIM6	579 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	ZKSCAN1	P17029	563 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	GUCY1A2	P33402	732 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	SOX10	P56693	466 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	IK	Q13123	557 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	PLS1	Q14651	629 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	MFSD14C	Q5VZR4	134 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	FAM160B2	Q86V87	743 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	PRPF38A	Q8NAV1	312 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	MKL1	Q969V6	931 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	FAM227B	Q96M60	508 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	SLF1	Q9BQI6	1058 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	KRT23	Q9C075	422 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	PTPRF	P10586	1907 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	MYH8	P13535	1937 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP3-208	ENST00000558285	SPDYE16	A6NNV3	312 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285		F5H6K3	240 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GALR2	O43603	387 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	PRDM1	O75626	825 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	FGA	P02671	866 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CHGB	P05060	677 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	KLRC3	Q07444	240 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	AKNAD1	Q5T1N1	836 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CCDC129	Q6ZRS4	1044 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	ABRA	Q8N0Z2	381 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	SPICE1	Q8N0Z3	855 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	TTC14	Q96N46	770 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	APBA2	Q99767	749 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	RBPJL	Q9UBG7	517 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	FBXO40	Q9UH90	709 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PRG0	241 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	FCER1A	P12319	257 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	SLC1A4	P43007	532 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	KCTD2	Q14681	263 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	SART3	Q15020	963 aa	Known RBP	10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	SLFN13	Q68D06	897 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GPR142	Q7Z601	462 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	DPP9	Q86TI2	863 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CEP95	Q96GE4	821 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	SPATC1L	Q9H0A9	340 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	RNF208	Q9H0X6	261 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	PPP1R9A	Q9ULJ8	1098 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	ERICH2	A1L162	156 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	MSC	O60682	206 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GJB1	P08034	283 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	TOP1	P11387	765 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	BMP3	P12645	472 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	STAT2	P52630	851 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	OAZ1	P54368	228 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	MAP2K5	Q13163	448 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	SHROOM1	Q2M3G4	852 aa	Predicted RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	NCAPG2	Q86XI2	1143 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	SH3TC2	Q8TF17	1288 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	DCAF4	Q8WV16	495 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GMCL1	Q96IK5	515 aa		10.19	□□□□□ -0.78

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