RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	PDE1A	P54750	535 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP2B2	Q01814	1243 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRFIP1	Q32MZ4	808 aa	Known RBP	14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	OLFML2B	Q68BL8	750 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC129	Q6ZRS4	1044 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	ABRA	Q8N0Z2	381 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	NUP88	Q99567	741 aa	Predicted RBP	14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	NBPF3	Q9H094	633 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	MKNK2	Q9HBH9	465 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	GOPC	Q9HD26	462 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF214	Q9UL59	606 aa	Predicted RBP	14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	TACC3	Q9Y6A5	838 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFB10	O96000	172 aa		14.29	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	MFSD14C	Q5VZR4	134 aa		14.29	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	RIOX2	Q8IUF8	465 aa		14.29	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP95	Q96GE4	821 aa		14.29	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	MROH8	Q9H579	483 aa		14.29	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	C11orf49	Q9H6J7	331 aa		14.29	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	MTMR4	Q9NYA4	1195 aa		14.29	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX52	Q9Y2R4	599 aa	Known RBP eCLIP	14.29	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	NR2E3	Q9Y5X4	410 aa		14.29	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	PARP14	Q460N5	1801 aa		14.29	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464		F5H6K3	240 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	EVI5	O60447	810 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	KLRC3	Q07444	240 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	PPARA	Q07869	468 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	PLS1	Q14651	629 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	VPS53	Q5VIR6	699 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	NCAPG2	Q86XI2	1143 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	SMC5	Q8IY18	1101 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	MKL1	Q969V6	931 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	CLIP2	Q9UDT6	1046 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	ALPK3	Q96L96	1907 aa		14.27	□□□□□ -0.12
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC25A27	O95847	323 aa		14.27	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	APP	P05067	770 aa		14.27	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SAMD1	Q6SPF0	538 aa	Predicted RBP	14.27	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	NEDD1	Q8NHV4	660 aa		14.27	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	EVI5L	Q96CN4	794 aa		14.27	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	MAML3	Q96JK9	1138 aa		14.27	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		14.27	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX20	Q9UHI6	824 aa	Known RBP	14.27	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SYNPO2	Q9UMS6	1093 aa		14.27	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0D9SFI3	127 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	AAMP	Q13685	434 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC26	Q2I0M4	334 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF792	Q3KQV3	632 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM47A	Q5JRC9	791 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	DPP9	Q86TI2	863 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	C7orf61	Q8IZ16	206 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM227B	Q96M60	508 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	GDF15	Q99988	308 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SLF1	Q9BQI6	1058 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	NAPB	Q9H115	298 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	INCENP	Q9NQS7	918 aa		14.26	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SZT2	Q5T011	3432 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	MYH8	P13535	1937 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	LAMA3	Q16787	3333 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP2A1	O14983	1001 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	RAD21	O60216	631 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	TTLL1	O95922	423 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHD	P01880	384 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	FCER1A	P12319	257 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	STAT3	P40763	770 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	NOV	P48745	357 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF444	Q8N0Y2	327 aa	Predicted RBP	14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC47	Q8N1G4	583 aa	Known RBP	14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	GMCL1P1	Q8NEA9	526 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	LNPK	Q9C0E8	428 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF287	Q9HBT7	754 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ANAPC4	Q9UJX5	808 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	RIPK3	Q9Y572	518 aa		14.25	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SEPT4	O43236	478 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	MSC	O60682	206 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	PGK2	P07205	417 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	TFAP4	Q01664	338 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	PDE4B	Q07343	736 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ALX1	Q15699	326 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	PRAMEF19	Q5SWL8	479 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	DHX30	Q7L2E3	1194 aa	Known RBP eCLIP	14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF589	Q86UQ0	364 aa	Predicted RBP	14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	MMP19	Q99542	508 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	TEX13B	Q9BXU2	312 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	IL17RB	Q9NRM6	502 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDH10	Q9P2E7	1040 aa		14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ZMYND8	Q9ULU4	1186 aa	Predicted RBP	14.24	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAJC25-GNG10	A0A024R161	153 aa		14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	FGR	P09769	529 aa		14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPY3	P0CV98	308 aa		14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPY8	P0CW00	308 aa		14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	CNGA1	P29973	690 aa		14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	COPB2	P35606	906 aa		14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	NUCB1	Q02818	461 aa		14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SNRNP48	Q6IEG0	339 aa	Known RBP	14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	RASGRP2	Q7LDG7	609 aa		14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	TICAM2	Q86XR7	235 aa		14.23	□□□□□ -0.13

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