RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000298260.8

SKA3-201, Transcript of spindle and kinetochore associated complex subunit 3, humanhuman

TSL 2

Gene SKA3, Length 2,803 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3-201ENST00000298260 LRRC1Q9BTT6 524 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 CCDC189A1A4V9 331 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 HERVK_113P62684 666 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 AKAP4Q5JQC9 854 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 C1orf141Q5JVX7 400 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 NT5DC1Q5TFE4 455 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 CYP26C1Q6V0L0 522 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 CEP57Q86XR8 500 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 NOSTRINQ8IVI9 506 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 METTL22Q9BUU2 404 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 DACH1Q9UI36 760 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 ANKARQ7Z5J8 1434 aa15.17■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 hCG_1642624A0A1W2PR95 340 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 BACH1O14867 736 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 CHRNA2Q15822 529 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 FILIP1LQ4L180 1135 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 CDKAL1Q5VV42 579 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 ANKRD13DQ6ZTN6 518 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 FAM217BQ9NTX9 383 aaPredicted RBP15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 VPS54Q9P1Q0 977 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 PDHBP11177 359 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 TUBB2AQ13885 445 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 ZKSCAN3Q9BRR0 538 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 TUBB2BQ9BVA1 445 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 TTC26A0AVF1 554 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 WNT7AO00755 349 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 SKAP2O75563 359 aaPredicted RBP15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 PTPREP23469 700 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 NTRK3Q16288 839 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 RPAINQ86UA6 219 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 ANGEL1Q9UNK9 670 aaKnown RBP15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 NWD2Q9ULI1 1742 aa15.16■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 PIK3C2AO00443 1686 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 PPP1R3GB7ZBB8 358 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 KIAA0754O94854 1291 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 SF3A3Q12874 501 aaKnown RBP eCLIP15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 SPRED3Q2MJR0 410 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 POTEDQ86YR6 584 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 CABP5Q9NP86 173 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 GOLGA8AA7E2F4 631 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 ATP2C2O75185 946 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 ERCC5P28715 1186 aaPredicted RBP15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 UBXN1Q04323 297 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 E2F5Q15329 346 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 SH3GL2Q99962 352 aa15.15■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 MRC1P22897 1456 aa15.14■□□□□ 0.02
SKA3-201ENST00000298260 KDM3BQ7LBC6 1761 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 GPAA1O43292 621 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 ZPR1O75312 459 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 USP8P40818 1118 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 SETQ01105 290 aaPredicted RBP15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 IFT88Q13099 833 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 NBPF14Q5TI25 921 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 AENQ8WTP8 325 aaKnown RBP15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 EPB41L3Q9Y2J2 1087 aaPredicted RBP15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 ESYT3A0FGR9 886 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 ZSCAN5CA6NGD5 496 aaPredicted RBP15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 MEFVO15553 781 aaPredicted RBP15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 IDEP14735 1019 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 ZAP70P43403 619 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 PAGE5Q96GU1 130 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 RNPC3Q96LT9 517 aaKnown RBP15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 C1orf167Q5SNV9 1468 aa15.14■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 STRCQ7RTU9 1775 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 RFX7Q2KHR2 1363 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 TRIM49BA6NDI0 452 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 ZBTB43O43298 467 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 GCP02774 474 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 ELF1P32519 619 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 KLK7P49862 253 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 DNA2P51530 1060 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 KIAA1328Q86T90 577 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 AXIN2Q9Y2T1 843 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 PSMD14O00487 310 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 NEBLO76041 1014 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 TUBBP07437 444 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 COPB1P53618 953 aaKnown RBP15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 TUBB4BP68371 445 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 HDLBPQ00341 1268 aaKnown RBP15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 EARS2Q5JPH6 523 aaKnown RBP15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 RRAGBQ5VZM2 374 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 WDR59Q6PJI9 974 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 KRT26Q7Z3Y9 468 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 FAM184BQ9ULE4 1060 aa15.13■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 RDXP35241 583 aaKnown RBP15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 FBXL16Q8N461 479 aa15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 XAGE2Q96GT9 111 aa15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 CARD10Q9BWT7 1032 aa15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 SH2B2O14492 632 aaPredicted RBP15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 NAA35Q5VZE5 725 aa15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 SPATA20Q8TB22 786 aa15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 ZNF496Q96IT1 587 aaPredicted RBP15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 KLC4Q9NSK0 619 aa15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 AGPAT5Q9NUQ2 364 aa15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 ODF2LQ9ULJ1 636 aa15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 NNTQ13423 1086 aa15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 SYMPKQ92797 1274 aaKnown RBP15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 ZNF622Q969S3 477 aaKnown RBP eCLIP15.12■□□□□ 0.01
SKA3-201ENST00000298260 MIEF2Q96C03 454 aa15.12■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.9 ms