RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	BTBD18	B2RXH4	712 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	GNPAT	O15228	680 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TUBB4A	P04350	444 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	GUCY1A2	P33402	732 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TRAPPC10	P48553	1259 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	GSTO1	P78417	241 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	MECOM	Q03112	1051 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PDE4B	Q07343	736 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	GRAP	Q13588	217 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	NCAPH	Q15003	741 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SYCP1	Q15431	976 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC144B	Q3MJ40	725 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	NT5DC1	Q5TFE4	455 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CTR9	Q6PD62	1173 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TMTC3	Q6ZXV5	915 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ENAH	Q8N8S7	591 aa	Predicted RBP	7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	MLKL	Q8NB16	471 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CNNM3	Q8NE01	707 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	WDR66	Q8TBY9	1149 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	NUP133	Q8WUM0	1156 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CACTIN	Q8WUQ7	758 aa	Known RBP	7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SDR42E1	Q8WUS8	393 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ANKS1A	Q92625	1134 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	FERMT2	Q96AC1	680 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PYM1	Q9BRP8	204 aa	Known RBP	7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	INCENP	Q9NQS7	918 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PAXBP1	Q9Y5B6	917 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	LY75	O60449	1722 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	BTAF1	O14981	1849 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CCP110	O43303	1012 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	LDHC	P07864	332 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TM4SF1	P30408	202 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	KIF5B	P33176	963 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	GNAQ	P50148	359 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TOB1	P50616	345 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CCZ1B	P86790	482 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CCZ1	P86791	482 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TROAP	Q12815	778 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	LRMP	Q12912	555 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	POSTN	Q15063	836 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PKN1	Q16512	942 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	METTL16	Q86W50	562 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	C17orf53	Q8N3J3	647 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	MPND	Q8N594	471 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC112	Q8NEF3	446 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CTCFL	Q8NI51	663 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF384	Q8TF68	577 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	NGLY1	Q96IV0	654 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ZKSCAN3	Q9BRR0	538 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	DCP1A	Q9NPI6	582 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	NRBP1	Q9UHY1	535 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	KCNJ14	Q9UNX9	436 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	XDH	P47989	1333 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CNTNAP5	Q8WYK1	1306 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CASZ1	Q86V15	1759 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	USP17L12	C9JPN9	530 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	USP17L21	D6R901	530 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SMC2	O95347	1197 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	BAG3	O95817	575 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SKIL	P12757	684 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CALML3	P27482	149 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SARS	P49591	514 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PPP4C	P60510	307 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	FANCC	Q00597	558 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	MDM2	Q00987	491 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	LONRF3	Q496Y0	759 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF804A	Q7Z570	1209 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	DGKH	Q86XP1	1220 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	DZIP1	Q86YF9	867 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CERK	Q8TCT0	537 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TNFRSF25	Q93038	417 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SMARCE1	Q969G3	411 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	C8orf37	Q96NL8	207 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CLIC6	Q96NY7	704 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	XPO4	Q9C0E2	1151 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TCP11L1	Q9NUJ3	509 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	BIN1	O00499	593 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	CTIF	O43310	598 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	ACTN4	O43707	911 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	SCG2	P13521	617 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLN3-223	ENST00000566472	TNNT1	P13805	278 aa		7.15	□□□□□ -1.26

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