RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	DPM2	O94777	84 aa		2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	CXCL5	P42830	114 aa		2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	HINT1	P49773	126 aa	Predicted RBP	2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP10-12	P60413	245 aa		2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	HSD52	Q0P140	79 aa		2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	CIRBP	Q14011	172 aa	Known RBP	2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	VAMP3	Q15836	100 aa		2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	MEIG1	Q5JSS6	88 aa		2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	NKAPP1	Q8N9T2	125 aa		2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	HIGD1B	Q9P298	99 aa		2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	SRRM2	Q9UQ35	2752 aa	Known RBP	2.89	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM223	A0PJW6	202 aa		2.88	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	IGKC	P01834	107 aa		2.88	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		2.88	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	LGALS3	P17931	250 aa	Known RBP	2.88	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	HERVK_113	P61574	105 aa		2.88	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	TAL2	Q16559	108 aa		2.88	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	2.88	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	ERG28	Q9UKR5	140 aa		2.88	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	C22orf24	Q9Y442	160 aa		2.88	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	MYMX	A0A1B0GTQ4	84 aa		2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	LEPROT	O15243	131 aa		2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	SMIM13	P0DJ93	91 aa		2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	PLN	P26678	52 aa		2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	PRR3	P79522	188 aa	Known RBP	2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	ATOH7	Q8N100	152 aa		2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	PLEKHB2	Q96CS7	222 aa		2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	NDUFA12	Q9UI09	145 aa		2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	PSORS1C2	Q9UIG4	136 aa		2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	DNAH11	Q96DT5	4516 aa		2.87	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	NPC2	P61916	151 aa		2.86	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	OCIAD2	Q56VL3	154 aa		2.86	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	C2orf91	Q6ZV80	131 aa		2.86	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		2.86	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	LINC00167	Q96N53	147 aa		2.86	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	SND1-IT1	Q9HBX3	110 aa		2.86	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	KIAA1109	Q2LD37	5005 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	DYNC1H1	Q14204	4646 aa	Known RBP	2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	IGKV2-28	A0A075B6P5	120 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288		J3QQQ9	107 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288		J3QR89	54 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288		K7EP34	96 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	IGKV2D-28	P01615	120 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	IGLV7-43	P04211	117 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	FABP2	P12104	132 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	DSCR10	P59022	87 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	HERV-K104	P63124	156 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	COX17	Q14061	63 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	SFTA2	Q6UW10	78 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	REG3G	Q6UW15	175 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	SPINK6	Q6UWN8	80 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	MRPL55	Q7Z7F7	128 aa	Known RBP	2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP11-1	Q8IUC1	163 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	MIR7-3HG	Q8N6C7	128 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	DAND5	Q8N907	189 aa		2.85	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288		A0A1W2PPM0	123 aa		2.84	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288		F8W1H4	67 aa		2.84	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	NCR3	O14931	201 aa		2.84	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	OXT	P01178	125 aa		2.84	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	SCGB1A1	P11684	91 aa		2.84	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	UBE2A	P49459	152 aa		2.84	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP10-4	P60372	401 aa	Predicted RBP	2.84	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288		Q8N377	158 aa		2.84	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	DIRC1	Q969H9	104 aa		2.84	□□□□□ -1.95
ATXN3-238	ENST00000556288	DNAH5	Q8TE73	4624 aa		2.83	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288		A0A1B0GWB2	263 aa		2.83	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF815P	A8K554	130 aa		2.83	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	NMU	P48645	174 aa		2.83	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	TSPEAR-AS2	P59090	65 aa		2.83	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	LYRM7	Q5U5X0	104 aa		2.83	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM19A1	Q7Z5A9	133 aa		2.83	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	OR13C6P	Q8NH95	151 aa		2.83	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	VPS25	Q9BRG1	176 aa		2.83	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	HERC2	O95714	4834 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM238	C9JI98	176 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288		E9PLD3	99 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288		H3BUT2	72 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288		M0R378	163 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	RPL28	P46779	137 aa	Known RBP	2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	S100A7L2	Q5SY68	101 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	SCGB1D4	Q6XE38	83 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	CEND1	Q8N111	149 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	TTTY13	Q9BZ97	58 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	TP73-AS1	Q9UF72	201 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	SPCS1	Q9Y6A9	102 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	LRP1B	Q9NZR2	4599 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	HSPG2	P98160	4391 aa		2.82	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	IGLV1-50	A0A075B6I6	118 aa		2.81	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	IGKV2D-26	A0A0A0MRZ7	120 aa		2.81	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288		A0A0J9YXY3	114 aa		2.81	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF861P	O60384	105 aa		2.81	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	BCE1	O60756	84 aa		2.81	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	PRLH	P81277	87 aa		2.81	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	PCLO	Q9Y6V0	5065 aa		2.8	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	APOB	P04114	4563 aa	Known RBP	2.8	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	DMBT1	Q9UGM3	2413 aa	Predicted RBP	2.8	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	RYR1	P21817	5038 aa		2.8	□□□□□ -1.96
ATXN3-238	ENST00000556288	TRBV20-1	A0A075B6N2	111 aa		2.8	□□□□□ -1.96

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