RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464454.1

CLK1-208, Transcript of CDC like kinase 1, human

TSL 2

Gene CLK1, Length 484 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK1-208	ENST00000464454	TTC28	Q96AY4	2481 aa		0.36	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	TRAV21	A0A0B4J279	112 aa		0.36	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	NDUFB1	O75438	58 aa		0.36	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	ATP5EP2	Q5VTU8	51 aa		0.36	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	SMCO4	Q9NRQ5	59 aa		0.36	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	PRO0255	Q9UI72	69 aa		0.36	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	TPR	P12270	2363 aa	Known RBP	0.36	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	PIEZO1	Q92508	2521 aa		0.36	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	MDN1	Q9NU22	5596 aa		0.36	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		0.35	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	C2CD3	Q4AC94	2353 aa		0.35	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	COX6B1	P14854	86 aa		0.35	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	COX7B	P24311	80 aa		0.35	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	SPRR1A	P35321	89 aa		0.35	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454		Q5BKY6	102 aa		0.35	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	USMG5	Q96IX5	58 aa		0.35	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	ANK2	Q01484	3957 aa		0.35	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		0.35	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		0.35	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		0.34	□□□□□ -2.35
CLK1-208	ENST00000464454	CPSF4L	A6NMK7	179 aa	Known RBP	0.34	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	PDCD5	O14737	125 aa		0.34	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	IFI6	P09912	130 aa		0.34	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	SMIM13	P0DJ93	91 aa		0.34	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	DEFB112	Q30KQ8	113 aa		0.34	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		0.34	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	PTPRZ1	P23471	2315 aa	Predicted RBP	0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	SPTBN2	O15020	2390 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	FXYD6-FXYD2	A0A087WZ82	144 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	UMAD1	C9J7I0	102 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	SPRR1B	P22528	89 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	IFI27	P40305	119 aa	Predicted RBP	0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	HEPN1	Q6WQI6	88 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	ZFYVE26	Q68DK2	2539 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	ABCA12	Q86UK0	2595 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	MUC5AC	P98088	5654 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	FAT4	Q6V0I7	4981 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	CSMD3	Q7Z407	3707 aa		0.33	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	CELSR2	Q9HCU4	2923 aa		0.32	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	COX6B2	Q6YFQ2	88 aa		0.32	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	GAFA1	Q96PS6	74 aa		0.32	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	CRIPT	Q9P021	101 aa		0.32	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		0.32	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	0.32	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	RGPD5	Q99666	1765 aa		0.32	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		0.32	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	PIK3C2B	O00750	1634 aa		0.31	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	CLIP1	P30622	1438 aa		0.31	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	MRPL34	Q9BQ48	92 aa	Known RBP	0.31	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		0.31	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		0.31	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	POLQ	O75417	2590 aa		0.31	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	0.3	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	USF3	Q68DE3	2245 aa		0.3	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		0.3	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	URB1	O60287	2271 aa	Known RBP	0.3	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	COX8A	P10176	69 aa		0.3	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		0.3	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		0.3	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	ANKRD36	A6QL64	1941 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	SPTY2D1-AS1	A0A0U1RR47	76 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	CCL22	O00626	93 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	F8	P00451	2351 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	0.29	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	PLCE1	Q9P212	2302 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	IGF2R	P11717	2491 aa		0.28	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	0.28	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	PIEZO2	Q9H5I5	2752 aa		0.28	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	SMIM31	A0A1B0GVY4	71 aa		0.28	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454		I3L3M4	83 aa		0.28	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	NREP	Q16612	68 aa		0.28	□□□□□ -2.36
CLK1-208	ENST00000464454	PRPF8	Q6P2Q9	2335 aa	Known RBP eCLIP	0.27	□□□□□ -2.37	2e-8	■■■■□ 25.2
CLK1-208	ENST00000464454	LTN1	O94822	1766 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	TENM4	Q6N022	2769 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	DEFA5	Q01523	94 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	ADAMTS12	P58397	1594 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	WIZ	O95785	1651 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	PTPRQ	Q9UMZ3	2332 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	LRP1	Q07954	4544 aa	Known RBP	0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454		A0A087WXM4	84 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	WFDC9	Q8NEX5	89 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	DEFB105A	Q8NG35	78 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	KCNQ1DN	Q9H478	68 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	DIP2A	Q14689	1571 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	NWD1	Q149M9	1564 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	CHD9	Q3L8U1	2897 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	DOPEY2	Q9Y3R5	2298 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CLK1-208	ENST00000464454		A0A087WWC5	75 aa		0.25	□□□□□ -2.37

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