RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	MIR7-3HG	Q8N6C7	128 aa		5.95	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	SMIM11B	Q8TCY0	68 aa		5.94	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	TRGV2	A0A075B6R0	118 aa		5.94	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A087WYN8	130 aa		5.94	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	DGAT2L7P	Q6IED9	249 aa		5.94	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	PRO0255	Q9UI72	69 aa		5.94	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	CELA1	Q9UNI1	258 aa		5.94	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	ATR	Q13535	2644 aa		5.93	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	IGKV3OR2-268	A0A0C4DH90	116 aa		5.93	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912		Q8N3U1	123 aa		5.93	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	NBEAL2	Q6ZNJ1	2754 aa		5.93	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAV13-2	A0A0B4J235	113 aa		5.93	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	TRGV4	A0A0C4DH28	118 aa		5.93	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFC2	O95298	119 aa		5.93	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAH10	Q8IVF4	4471 aa		5.92	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	GYPE	P15421	78 aa		5.92	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	COX17	Q14061	63 aa		5.92	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	UBE2L6	O14933	153 aa		5.92	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL55	Q7Z7F7	128 aa	Known RBP	5.92	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	C5orf38	Q86SI9	138 aa		5.92	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	STAB1	Q9NY15	2570 aa		5.92	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	SND1-IT1	Q9HBX3	110 aa		5.92	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAH2	Q9P225	4427 aa		5.91	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	CD164L2	Q6UWJ8	174 aa		5.91	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912		Q9HAA7	133 aa		5.91	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	PRO0628	Q9UI54	55 aa		5.91	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	GVQW2	A0A096LPI5	108 aa	Predicted RBP	5.9	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0J9YWU9	116 aa		5.9	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	ACYP1	P07311	99 aa		5.9	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV4-30-4	P0DP06	118 aa		5.9	□□□□□ -1.46
SYNE1-215	ENST00000460912	COX7C	P15954	63 aa		5.89	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912		F8WDY8	70 aa		5.89	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	HAMP	P81172	84 aa		5.89	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	DPH3	Q96FX2	82 aa		5.89	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	IMUP	Q9GZP8	106 aa		5.89	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	MAL	P21145	153 aa		5.89	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A096LPF7	62 aa		5.88	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	MIF	P14174	115 aa		5.88	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	ENHO	Q6UWT2	76 aa		5.88	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	GHRH	P01286	108 aa		5.88	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	PRR4	Q16378	134 aa		5.88	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	LYPD5	Q6UWN5	251 aa		5.88	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	NBEAL1	Q6ZS30	2694 aa		5.88	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912		K7EIL1	84 aa		5.88	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912		H3BNG1	76 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	ATOX1	O00244	68 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	OXLD1	Q5BKU9	147 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	MUC7	Q8TAX7	377 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	TM2D3	Q9BRN9	247 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	TENM3	Q9P273	2699 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	BAALC-AS2	P0C853	105 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	PKD1	P98161	4303 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	HECTD4	Q9Y4D8	3996 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912		H0YGX0	51 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	PAX4	O43316	350 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	IGLV6-57	P01721	117 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	DEFB130B	P0DP73	79 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	DEFB130A	P0DP74	79 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	C14orf132	Q9NPU4	83 aa		5.87	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	TOMM7	Q9P0U1	55 aa		5.86	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00474	Q9P2X8	69 aa		5.86	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	CXCL5	P42830	114 aa		5.86	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	LELP1	Q5T871	98 aa		5.86	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00269	Q8N2A0	174 aa		5.86	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	CHCHD10	Q8WYQ3	142 aa	Predicted RBP	5.86	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00526	Q96FQ7	95 aa		5.86	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	C11orf68	Q9H3H3	251 aa	Known RBP	5.86	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	C10orf25	Q5T742	122 aa		5.86	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	CYSTM1	Q9H1C7	97 aa		5.86	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAH17	Q9UFH2	4485 aa		5.85	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	CRP	P02741	224 aa		5.85	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	REG3A	Q06141	175 aa		5.85	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	DEFB135	Q30KP9	77 aa		5.85	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	FBN3	Q75N90	2809 aa		5.85	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	PSPHP1	O15172	72 aa		5.84	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	XCL1	P47992	114 aa		5.84	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	FAT2	Q9NYQ8	4349 aa		5.84	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	APOC4	P55056	127 aa		5.84	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00643	Q86TS7	51 aa		5.84	□□□□□ -1.47
SYNE1-215	ENST00000460912	USP17L23	D6RBM5	183 aa		5.84	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912		Q8N814	137 aa		5.84	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	KMT2A	Q03164	3969 aa		5.83	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	PRR3	P79522	188 aa	Known RBP	5.83	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	PMAIP1	Q13794	54 aa		5.83	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	COL6A5	A8TX70	2615 aa		5.83	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM258	P61165	79 aa		5.83	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	SCX	Q7RTU7	201 aa		5.83	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP5G1	P05496	136 aa		5.82	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00158	P58513	81 aa		5.82	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	C9orf116	Q5BN46	136 aa	Predicted RBP	5.82	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	C6orf223	Q8N319	242 aa		5.81	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAH11	Q96DT5	4516 aa		5.81	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	DEFB4A	O15263	64 aa		5.81	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		5.81	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	SLPI	P03973	132 aa		5.8	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00575	Q6W349	94 aa		5.8	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	C15orf56	Q8N910	161 aa		5.8	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00846	Q9NV44	126 aa		5.8	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	HYDIN	Q4G0P3	5121 aa		5.8	□□□□□ -1.48
SYNE1-215	ENST00000460912	C6orf226	Q5I0X4	101 aa		5.8	□□□□□ -1.48

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