RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	MAMSTR	Q6ZN01	415 aa		10.68	□□□□□ -0.7
ATG4A-208	ENST00000489247	METRN	Q9UJH8	293 aa		10.66	□□□□□ -0.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PHF12	Q96QT6	1004 aa		10.61	□□□□□ -0.71
ATG4A-208	ENST00000489247	CDAN1	Q8IWY9	1227 aa		10.6	□□□□□ -0.71
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC39A7	Q92504	469 aa		10.59	□□□□□ -0.71
ATG4A-208	ENST00000489247	C7	P10643	843 aa		10.58	□□□□□ -0.72
ATG4A-208	ENST00000489247	SCUBE2	Q9NQ36	999 aa		10.58	□□□□□ -0.72
ATG4A-208	ENST00000489247	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	10.56	□□□□□ -0.72
ATG4A-208	ENST00000489247	ASTL	Q6HA08	431 aa	Predicted RBP	10.55	□□□□□ -0.72
ATG4A-208	ENST00000489247	CREBZF	Q9NS37	354 aa		10.53	□□□□□ -0.72
ATG4A-208	ENST00000489247	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		10.52	□□□□□ -0.73
ATG4A-208	ENST00000489247	ATMIN	O43313	823 aa	Predicted RBP	10.51	□□□□□ -0.73
ATG4A-208	ENST00000489247	FBXO3	Q9UK99	471 aa		10.48	□□□□□ -0.73
ATG4A-208	ENST00000489247	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
ATG4A-208	ENST00000489247	MS4A3	Q96HJ5	214 aa		10.44	□□□□□ -0.74
ATG4A-208	ENST00000489247	MMRN1	Q13201	1228 aa		10.43	□□□□□ -0.74
ATG4A-208	ENST00000489247	VASP	P50552	380 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
ATG4A-208	ENST00000489247	MIER1	Q8N108	512 aa		10.38	□□□□□ -0.75
ATG4A-208	ENST00000489247	ATN1	P54259	1190 aa	Predicted RBP	10.35	□□□□□ -0.75
ATG4A-208	ENST00000489247	SPNS2	Q8IVW8	549 aa		10.35	□□□□□ -0.75
ATG4A-208	ENST00000489247	PLCD3	Q8N3E9	789 aa		10.35	□□□□□ -0.75
ATG4A-208	ENST00000489247	POTEF	A5A3E0	1075 aa		10.34	□□□□□ -0.75
ATG4A-208	ENST00000489247	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		10.33	□□□□□ -0.76
ATG4A-208	ENST00000489247	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	10.31	□□□□□ -0.76
ATG4A-208	ENST00000489247	MNX1	P50219	401 aa	Predicted RBP	10.3	□□□□□ -0.76
ATG4A-208	ENST00000489247	IFNLR1	Q8IU57	520 aa	Predicted RBP	10.3	□□□□□ -0.76
ATG4A-208	ENST00000489247	ST18	O60284	1047 aa		10.28	□□□□□ -0.76
ATG4A-208	ENST00000489247	PLEKHG5	O94827	1062 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ATG4A-208	ENST00000489247	KLHL34	Q8N239	644 aa		10.23	□□□□□ -0.77
ATG4A-208	ENST00000489247	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	10.2	□□□□□ -0.78
ATG4A-208	ENST00000489247	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	10.2	□□□□□ -0.78
ATG4A-208	ENST00000489247	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		10.19	□□□□□ -0.78
ATG4A-208	ENST00000489247	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	10.18	□□□□□ -0.78
ATG4A-208	ENST00000489247	SEC24B	O95487	1268 aa		10.16	□□□□□ -0.78
ATG4A-208	ENST00000489247	SLAIN1	Q8ND83	568 aa		10.16	□□□□□ -0.78
ATG4A-208	ENST00000489247	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
ATG4A-208	ENST00000489247	NUBP1	P53384	320 aa		10.14	□□□□□ -0.79
ATG4A-208	ENST00000489247	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
ATG4A-208	ENST00000489247	RASEF	Q8IZ41	740 aa		10.13	□□□□□ -0.79
ATG4A-208	ENST00000489247	SPOCK2	Q92563	424 aa		10.13	□□□□□ -0.79
ATG4A-208	ENST00000489247	TRPC6	Q9Y210	931 aa		10.12	□□□□□ -0.79
ATG4A-208	ENST00000489247	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
ATG4A-208	ENST00000489247	TIE1	P35590	1138 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM121B	Q9BXQ6	578 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ATG4A-208	ENST00000489247	KIF12	Q96FN5	646 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ATG4A-208	ENST00000489247	TTLL13P	A6NNM8	815 aa		10.03	□□□□□ -0.8
ATG4A-208	ENST00000489247	IER5L	Q5T953	404 aa		10.02	□□□□□ -0.81
ATG4A-208	ENST00000489247	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		10.02	□□□□□ -0.81
ATG4A-208	ENST00000489247	MARVELD3	Q96A59	401 aa		10.02	□□□□□ -0.81
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM212A	Q96EL1	285 aa		10.01	□□□□□ -0.81
ATG4A-208	ENST00000489247	CIZ1	Q9ULV3	898 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
ATG4A-208	ENST00000489247	NACAD	O15069	1562 aa		10	□□□□□ -0.81
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP3K13	O43283	966 aa		9.99	□□□□□ -0.81
ATG4A-208	ENST00000489247	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		9.98	□□□□□ -0.81
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		9.97	□□□□□ -0.81
ATG4A-208	ENST00000489247	SNPH	O15079	494 aa		9.95	□□□□□ -0.82
ATG4A-208	ENST00000489247	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		9.95	□□□□□ -0.82
ATG4A-208	ENST00000489247	PKD2	Q13563	968 aa		9.95	□□□□□ -0.82
ATG4A-208	ENST00000489247	GSE1	Q14687	1217 aa		9.95	□□□□□ -0.82
ATG4A-208	ENST00000489247	ABCC9	O60706	1549 aa		9.95	□□□□□ -0.82
ATG4A-208	ENST00000489247	PYGB	P11216	843 aa		9.93	□□□□□ -0.82
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP3-3	Q9BYR6	98 aa		9.93	□□□□□ -0.82
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP3-2	Q9BYR7	98 aa		9.93	□□□□□ -0.82
ATG4A-208	ENST00000489247	PLCG2	P16885	1265 aa		9.88	□□□□□ -0.83
ATG4A-208	ENST00000489247	EMP3	P54852	163 aa		9.87	□□□□□ -0.83
ATG4A-208	ENST00000489247	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	9.86	□□□□□ -0.83
ATG4A-208	ENST00000489247	HS3ST6	Q96QI5	342 aa		9.84	□□□□□ -0.83
ATG4A-208	ENST00000489247	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		9.84	□□□□□ -0.83
ATG4A-208	ENST00000489247	CHRM1	P11229	460 aa	Predicted RBP	9.83	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	POTEB3	A0JP26	581 aa		9.82	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	POTEB	Q6S5H4	581 aa		9.82	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF25	Q96BH1	459 aa	Predicted RBP	9.82	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHB13	Q9Y5F0	798 aa		9.82	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	RGL2	O15211	777 aa		9.81	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	EIF2AK3	Q9NZJ5	1116 aa	Known RBP	9.81	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHB8	Q9UN66	801 aa		9.81	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	IFNL1	Q8IU54	200 aa		9.8	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM41	Q8WV44	630 aa		9.8	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM205C	A6NFA0	338 aa		9.79	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	9.79	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	SCRIB	Q14160	1630 aa		9.78	□□□□□ -0.84
ATG4A-208	ENST00000489247	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		9.77	□□□□□ -0.85
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF166	Q96A37	237 aa	Predicted RBP	9.74	□□□□□ -0.85
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		9.73	□□□□□ -0.85
ATG4A-208	ENST00000489247	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	9.72	□□□□□ -0.85
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF467	Q7Z7K2	595 aa	Predicted RBP	9.72	□□□□□ -0.85
ATG4A-208	ENST00000489247	OCEL1	Q9H607	264 aa		9.71	□□□□□ -0.86
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC24A1	O60721	1099 aa		9.7	□□□□□ -0.86
ATG4A-208	ENST00000489247	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	9.66	□□□□□ -0.86
ATG4A-208	ENST00000489247	PSEN1	P49768	467 aa		9.66	□□□□□ -0.86
ATG4A-208	ENST00000489247	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	9.65	□□□□□ -0.86
ATG4A-208	ENST00000489247	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	9.65	□□□□□ -0.86
ATG4A-208	ENST00000489247	PDAP1	Q13442	181 aa	Known RBP	9.65	□□□□□ -0.86
ATG4A-208	ENST00000489247	ZFP91	Q96JP5	570 aa	Predicted RBP	9.65	□□□□□ -0.86
ATG4A-208	ENST00000489247	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	9.64	□□□□□ -0.87
ATG4A-208	ENST00000489247	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		9.61	□□□□□ -0.87
ATG4A-208	ENST00000489247	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		9.61	□□□□□ -0.87
ATG4A-208	ENST00000489247	STK25	O00506	426 aa		9.58	□□□□□ -0.88
ATG4A-208	ENST00000489247	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	9.58	□□□□□ -0.88

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