RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000438120.5

PTPRF-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 6,377 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-209ENST00000438120 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa23.01■■□□□ 1.27
PTPRF-209ENST00000438120 MIER1Q8N108 512 aa22.96■■□□□ 1.27
PTPRF-209ENST00000438120 C14orf37Q86TY3 774 aa22.95■■□□□ 1.26
PTPRF-209ENST00000438120 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa22.93■■□□□ 1.26
PTPRF-209ENST00000438120 RGL3Q3MIN7 710 aa22.91■■□□□ 1.26
PTPRF-209ENST00000438120 CLIP1P30622 1438 aa22.88■■□□□ 1.25
PTPRF-209ENST00000438120 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP22.87■■□□□ 1.25
PTPRF-209ENST00000438120 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP22.87■■□□□ 1.25
PTPRF-209ENST00000438120 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP22.86■■□□□ 1.251e-6■■■■■ 32
PTPRF-209ENST00000438120 MYH16Q9H6N6 1097 aa22.81■■□□□ 1.24
PTPRF-209ENST00000438120 PLEKHD1A6NEE1 506 aa22.77■■□□□ 1.24
PTPRF-209ENST00000438120 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP22.74■■□□□ 1.23
PTPRF-209ENST00000438120 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP22.72■■□□□ 1.23
PTPRF-209ENST00000438120 NEUROD2Q15784 382 aa22.65■■□□□ 1.22
PTPRF-209ENST00000438120 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP22.65■■□□□ 1.22
PTPRF-209ENST00000438120 HAP1P54257 671 aaPredicted RBP22.64■■□□□ 1.21
PTPRF-209ENST00000438120 CEP162Q5TB80 1403 aa22.63■■□□□ 1.21
PTPRF-209ENST00000438120 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP22.62■■□□□ 1.21
PTPRF-209ENST00000438120 CARD11Q9BXL7 1154 aa22.61■■□□□ 1.21
PTPRF-209ENST00000438120 KNSTRNQ9Y448 316 aa22.61■■□□□ 1.21
PTPRF-209ENST00000438120 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP22.6■■□□□ 1.21
PTPRF-209ENST00000438120 MYO15BQ96JP2 1530 aa22.6■■□□□ 1.21
PTPRF-209ENST00000438120 TPRNQ4KMQ1 711 aa22.59■■□□□ 1.21
PTPRF-209ENST00000438120 GOLGA3Q08378 1498 aa22.58■■□□□ 1.21
PTPRF-209ENST00000438120 CFAP53Q96M91 514 aa22.57■■□□□ 1.2
PTPRF-209ENST00000438120 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP22.57■■□□□ 1.2
PTPRF-209ENST00000438120 LMOD2Q6P5Q4 547 aa22.55■■□□□ 1.2
PTPRF-209ENST00000438120 SIN3AQ96ST3 1273 aa22.55■■□□□ 1.2
PTPRF-209ENST00000438120 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP22.54■■□□□ 1.2
PTPRF-209ENST00000438120 BECN1Q14457 450 aa22.5■■□□□ 1.19
PTPRF-209ENST00000438120 NCLP19338 710 aaKnown RBP22.5■■□□□ 1.19
PTPRF-209ENST00000438120 FTSJ3Q8IY81 847 aaKnown RBP22.5■■□□□ 1.19
PTPRF-209ENST00000438120 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.49■■□□□ 1.192e-8■■■■■ 75.2
PTPRF-209ENST00000438120 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP22.48■■□□□ 1.19
PTPRF-209ENST00000438120 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP22.47■■□□□ 1.19
PTPRF-209ENST00000438120 POGKQ9P215 609 aa22.47■■□□□ 1.19
PTPRF-209ENST00000438120 CDCA8Q53HL2 280 aa22.47■■□□□ 1.19
PTPRF-209ENST00000438120 DDRGK1Q96HY6 314 aa22.45■■□□□ 1.18
PTPRF-209ENST00000438120 TAOK2Q9UL54 1235 aa22.45■■□□□ 1.18
PTPRF-209ENST00000438120 FRAT1Q92837 279 aaPredicted RBP22.44■■□□□ 1.18
PTPRF-209ENST00000438120 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa22.44■■□□□ 1.18
PTPRF-209ENST00000438120 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP22.41■■□□□ 1.18
PTPRF-209ENST00000438120 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa22.41■■□□□ 1.18
PTPRF-209ENST00000438120 RGS3P49796 1198 aa22.41■■□□□ 1.18
PTPRF-209ENST00000438120 KIF27Q86VH2 1401 aa22.41■■□□□ 1.18
PTPRF-209ENST00000438120 TULP1O00294 542 aaPredicted RBP22.4■■□□□ 1.18
PTPRF-209ENST00000438120 EEA1Q15075 1411 aa22.39■■□□□ 1.17
PTPRF-209ENST00000438120 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP22.38■■□□□ 1.17
PTPRF-209ENST00000438120 GOLGA6L22H0YM25 854 aa22.37■■□□□ 1.17
PTPRF-209ENST00000438120 GLIPR1L2Q4G1C9 344 aa22.37■■□□□ 1.17
PTPRF-209ENST00000438120 TRIM44Q96DX7 344 aaPredicted RBP22.37■■□□□ 1.17
PTPRF-209ENST00000438120 SOX12O15370 315 aa22.36■■□□□ 1.17
PTPRF-209ENST00000438120 NUDCQ9Y266 331 aa22.35■■□□□ 1.17
PTPRF-209ENST00000438120 CASC1Q6TDU7 716 aa22.35■■□□□ 1.17
PTPRF-209ENST00000438120 MLECQ14165 292 aa22.34■■□□□ 1.17
PTPRF-209ENST00000438120 DCAF11Q8TEB1 546 aa22.32■■□□□ 1.16
PTPRF-209ENST00000438120 ERCC6Q03468 1493 aa22.32■■□□□ 1.16
PTPRF-209ENST00000438120 TNIKQ9UKE5 1360 aa22.31■■□□□ 1.16
PTPRF-209ENST00000438120 SAFB2Q14151 953 aaKnown RBP eCLIP22.3■■□□□ 1.16
PTPRF-209ENST00000438120 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.29■■□□□ 1.16
PTPRF-209ENST00000438120 NPHP1O15259 732 aa22.29■■□□□ 1.16
PTPRF-209ENST00000438120 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP22.29■■□□□ 1.16
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa22.29■■□□□ 1.16
PTPRF-209ENST00000438120 PTMAP06454 111 aaKnown RBP22.28■■□□□ 1.16
PTPRF-209ENST00000438120 CCNB3Q8WWL7 1395 aa22.27■■□□□ 1.16
PTPRF-209ENST00000438120 OS9Q13438 667 aaPredicted RBP22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-209ENST00000438120 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-209ENST00000438120 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-209ENST00000438120 TRHP20396 242 aaPredicted RBP22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-209ENST00000438120 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP22.21■■□□□ 1.15
PTPRF-209ENST00000438120 PLCB2Q00722 1185 aa22.2■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 PPP4R2Q9NY27 417 aa22.2■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 TMF1P82094 1093 aa22.19■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 ANP32EQ9BTT0 268 aa22.19■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 NAP1L2Q9ULW6 460 aaPredicted RBP22.19■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 DNTTIP2Q5QJE6 756 aaKnown RBP22.18■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 FOXD1Q16676 465 aa22.17■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 FGD1P98174 961 aa22.16■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 STK26Q9P289 416 aa22.15■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 KCNJ4P48050 445 aa22.14■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 GGT6Q6P531 493 aa22.14■■□□□ 1.14
PTPRF-209ENST00000438120 HSP90AB1P08238 724 aaKnown RBP22.14■■□□□ 1.13
PTPRF-209ENST00000438120 MORC1Q86VD1 984 aa22.12■■□□□ 1.13
PTPRF-209ENST00000438120 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP22.12■■□□□ 1.13
PTPRF-209ENST00000438120 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa22.1■■□□□ 1.13
PTPRF-209ENST00000438120 KANK1Q14678 1352 aa22.1■■□□□ 1.13
PTPRF-209ENST00000438120 CUX2O14529 1486 aa22.09■■□□□ 1.13
PTPRF-209ENST00000438120 SPRYD3Q8NCJ5 442 aa22.09■■□□□ 1.13
PTPRF-209ENST00000438120 SOGA1O94964 1423 aa22.09■■□□□ 1.13
PTPRF-209ENST00000438120 GOLGA2Q08379 1002 aa22.08■■□□□ 1.12
PTPRF-209ENST00000438120 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP22.07■■□□□ 1.12
PTPRF-209ENST00000438120 PNNQ9H307 717 aaKnown RBP22.06■■□□□ 1.12
PTPRF-209ENST00000438120 APBB1O00213 710 aa22.05■■□□□ 1.12
PTPRF-209ENST00000438120 PKD2Q13563 968 aa22.05■■□□□ 1.12
PTPRF-209ENST00000438120 NOP58Q9Y2X3 529 aaKnown RBP22.05■■□□□ 1.12
PTPRF-209ENST00000438120 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.04■■□□□ 1.12
PTPRF-209ENST00000438120 MS4A1P11836 297 aa22.04■■□□□ 1.12
PTPRF-209ENST00000438120 CHMP4BQ9H444 224 aaKnown RBP22.04■■□□□ 1.12
PTPRF-209ENST00000438120 CECR2Q9BXF3 1484 aa22.02■■□□□ 1.12
PTPRF-209ENST00000438120 NACADO15069 1562 aa22.02■■□□□ 1.12
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