RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000297979.9

C9orf3-202, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene C9orf3, Length 2,820 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-202ENST00000297979 SLC24A1O60721 1099 aa22.15■■□□□ 1.14
C9orf3-202ENST00000297979 ADAMTS12P58397 1594 aa22.12■■□□□ 1.13
C9orf3-202ENST00000297979 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.11■■□□□ 1.13
C9orf3-202ENST00000297979 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
C9orf3-202ENST00000297979 MYT1Q01538 1121 aa22.08■■□□□ 1.13
C9orf3-202ENST00000297979 APLP2Q06481 763 aa22.07■■□□□ 1.12
C9orf3-202ENST00000297979 EFCAB5A4FU69 1503 aa22.05■■□□□ 1.12
C9orf3-202ENST00000297979 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP22.04■■□□□ 1.12
C9orf3-202ENST00000297979 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa22■■□□□ 1.11
C9orf3-202ENST00000297979 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.94■■□□□ 1.1
C9orf3-202ENST00000297979 SAMD9Q5K651 1589 aa21.94■■□□□ 1.1
C9orf3-202ENST00000297979 FHOD3Q2V2M9 1422 aa21.93■■□□□ 1.1
C9orf3-202ENST00000297979 HRCP23327 699 aa21.93■■□□□ 1.1
C9orf3-202ENST00000297979 P3H3Q8IVL6 736 aa21.91■■□□□ 1.1
C9orf3-202ENST00000297979 IQGAP2Q13576 1575 aa21.91■■□□□ 1.1
C9orf3-202ENST00000297979 GRIN2AQ12879 1464 aa21.89■■□□□ 1.09
C9orf3-202ENST00000297979 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP21.88■■□□□ 1.09
C9orf3-202ENST00000297979 MAP3K1Q13233 1512 aa21.87■■□□□ 1.09
C9orf3-202ENST00000297979 SYNJ2O15056 1496 aa21.86■■□□□ 1.09
C9orf3-202ENST00000297979 FMN1Q68DA7 1419 aa21.84■■□□□ 1.09
C9orf3-202ENST00000297979 TIAM1Q13009 1591 aa21.84■■□□□ 1.09
C9orf3-202ENST00000297979 FYCO1Q9BQS8 1478 aa21.84■■□□□ 1.09
C9orf3-202ENST00000297979 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP21.83■■□□□ 1.08
C9orf3-202ENST00000297979 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa21.81■■□□□ 1.08
C9orf3-202ENST00000297979 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa21.81■■□□□ 1.08
C9orf3-202ENST00000297979 CFAP43Q8NDM7 1665 aa21.8■■□□□ 1.08
C9orf3-202ENST00000297979 UGGT2Q9NYU1 1516 aa21.79■■□□□ 1.08
C9orf3-202ENST00000297979 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.79■■□□□ 1.08
C9orf3-202ENST00000297979 CEP170Q5SW79 1584 aa21.75■■□□□ 1.07
C9orf3-202ENST00000297979 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa21.73■■□□□ 1.07
C9orf3-202ENST00000297979 NUP160Q12769 1436 aa21.71■■□□□ 1.07
C9orf3-202ENST00000297979 FBLN2P98095 1184 aa21.71■■□□□ 1.07
C9orf3-202ENST00000297979 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP21.71■■□□□ 1.07
C9orf3-202ENST00000297979 KIAA0556O60303 1618 aa21.68■■□□□ 1.06
C9orf3-202ENST00000297979 DISP1Q96F81 1524 aa21.66■■□□□ 1.06
C9orf3-202ENST00000297979 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP21.65■■□□□ 1.06
C9orf3-202ENST00000297979 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa21.64■■□□□ 1.06
C9orf3-202ENST00000297979 PRKCSHP14314 528 aaPredicted RBP21.62■■□□□ 1.05
C9orf3-202ENST00000297979 HECW1Q76N89 1606 aa21.62■■□□□ 1.05
C9orf3-202ENST00000297979 CHD1O14646 1710 aa21.59■■□□□ 1.05
C9orf3-202ENST00000297979 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP21.59■■□□□ 1.05
C9orf3-202ENST00000297979 CCDC18Q5T9S5 1454 aa21.58■■□□□ 1.05
C9orf3-202ENST00000297979 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP21.58■■□□□ 1.04
C9orf3-202ENST00000297979 CCNB3Q8WWL7 1395 aa21.57■■□□□ 1.04
C9orf3-202ENST00000297979 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP21.54■■□□□ 1.04
C9orf3-202ENST00000297979 JPH4Q96JJ6 628 aa21.54■■□□□ 1.04
C9orf3-202ENST00000297979 PHLDB1Q86UU1 1377 aa21.54■■□□□ 1.04
C9orf3-202ENST00000297979 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa21.54■■□□□ 1.04
C9orf3-202ENST00000297979 MTUS2Q5JR59 1369 aa21.53■■□□□ 1.04
C9orf3-202ENST00000297979 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP21.51■■□□□ 1.03
C9orf3-202ENST00000297979 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa21.51■■□□□ 1.03
C9orf3-202ENST00000297979 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP21.5■■□□□ 1.03
C9orf3-202ENST00000297979 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa21.5■■□□□ 1.03
C9orf3-202ENST00000297979 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP21.46■■□□□ 1.03
C9orf3-202ENST00000297979 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP21.46■■□□□ 1.03
C9orf3-202ENST00000297979 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa21.45■■□□□ 1.02
C9orf3-202ENST00000297979 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP21.44■■□□□ 1.02
C9orf3-202ENST00000297979 NCOA2Q15596 1464 aa21.42■■□□□ 1.02
C9orf3-202ENST00000297979 SHROOM2Q13796 1616 aa21.4■■□□□ 1.02
C9orf3-202ENST00000297979 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP21.4■■□□□ 1.02
C9orf3-202ENST00000297979 ARHGEF11O15085 1522 aa21.39■■□□□ 1.01
C9orf3-202ENST00000297979 PLB1Q6P1J6 1458 aa21.39■■□□□ 1.01
C9orf3-202ENST00000297979 FGD6Q6ZV73 1430 aa21.38■■□□□ 1.01
C9orf3-202ENST00000297979 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP21.37■■□□□ 1.012e-9■■■■■ 67.4
C9orf3-202ENST00000297979 ARID3CA6NKF2 412 aa21.36■■□□□ 1.01
C9orf3-202ENST00000297979 MYOM3Q5VTT5 1437 aa21.35■■□□□ 1.01
C9orf3-202ENST00000297979 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP21.35■■□□□ 1.01
C9orf3-202ENST00000297979 ABCA8O94911 1581 aa21.34■■□□□ 1.01
C9orf3-202ENST00000297979 ITGAEP38570 1179 aa21.33■■□□□ 1.01
C9orf3-202ENST00000297979 CLASP1Q7Z460 1538 aa21.33■■□□□ 1
C9orf3-202ENST00000297979 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP21.29■■□□□ 1
C9orf3-202ENST00000297979 PTPRGP23470 1445 aa21.29■■□□□ 1
C9orf3-202ENST00000297979 PTPN23Q9H3S7 1636 aa21.26■□□□□ 0.99
C9orf3-202ENST00000297979 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP21.24■□□□□ 0.99
C9orf3-202ENST00000297979 ERCC6L2Q5T890 1561 aa21.23■□□□□ 0.99
C9orf3-202ENST00000297979 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP21.22■□□□□ 0.99
C9orf3-202ENST00000297979 MIA2Q96PC5 1412 aa21.22■□□□□ 0.99
C9orf3-202ENST00000297979 ADCY10Q96PN6 1610 aa21.21■□□□□ 0.99
C9orf3-202ENST00000297979 ATP10BO94823 1461 aa21.2■□□□□ 0.98
C9orf3-202ENST00000297979 SETD5Q9C0A6 1442 aa21.2■□□□□ 0.98
C9orf3-202ENST00000297979 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa21.18■□□□□ 0.98
C9orf3-202ENST00000297979 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP21.18■□□□□ 0.98
C9orf3-202ENST00000297979 UACAQ9BZF9 1416 aa21.18■□□□□ 0.98
C9orf3-202ENST00000297979 KIF14Q15058 1648 aa21.15■□□□□ 0.98
C9orf3-202ENST00000297979 CLSPNQ9HAW4 1339 aa21.13■□□□□ 0.97
C9orf3-202ENST00000297979 ITSN2Q9NZM3 1697 aa21.13■□□□□ 0.97
C9orf3-202ENST00000297979 PTPRKQ15262 1439 aa21.13■□□□□ 0.97
C9orf3-202ENST00000297979 PLEKHD1A6NEE1 506 aa21.12■□□□□ 0.97
C9orf3-202ENST00000297979 ABCC2Q92887 1545 aa21.12■□□□□ 0.97
C9orf3-202ENST00000297979 HFM1A2PYH4 1435 aa21.08■□□□□ 0.97
C9orf3-202ENST00000297979 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP21.06■□□□□ 0.96
C9orf3-202ENST00000297979 ABCC10Q5T3U5 1492 aa21.05■□□□□ 0.96
C9orf3-202ENST00000297979 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa21.04■□□□□ 0.96
C9orf3-202ENST00000297979 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP21.03■□□□□ 0.96
C9orf3-202ENST00000297979 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa21.02■□□□□ 0.96
C9orf3-202ENST00000297979 NAIPQ13075 1403 aa21.02■□□□□ 0.96
C9orf3-202ENST00000297979 AKNAQ7Z591 1439 aa21.01■□□□□ 0.95
C9orf3-202ENST00000297979 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP21.01■□□□□ 0.95
C9orf3-202ENST00000297979 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa21.01■□□□□ 0.95
C9orf3-202ENST00000297979 GCC2Q8IWJ2 1684 aa21■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 128.4 ms