RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000574099.1

CCDC40-211, Transcript of coiled-coil domain containing 40, humanhuman

TSL 4

Gene CCDC40, Length 537 nt, Biotype protein coding.

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40-211ENST00000574099 LINC00526Q96FQ7 95 aa10.81□□□□□ -0.68
CCDC40-211ENST00000574099 PGLYRP4Q96LB8 373 aa10.81□□□□□ -0.68
CCDC40-211ENST00000574099 LINC00474Q9P2X8 69 aa10.81□□□□□ -0.68
CCDC40-211ENST00000574099 COTL1Q14019 142 aa10.8□□□□□ -0.68
CCDC40-211ENST00000574099 KRTAP9-2Q9BYQ4 174 aa10.8□□□□□ -0.68
CCDC40-211ENST00000574099 A0A1B0GV50 99 aa10.79□□□□□ -0.68
CCDC40-211ENST00000574099 S100A9P06702 114 aaKnown RBP10.79□□□□□ -0.68
CCDC40-211ENST00000574099 FAM231BA6NCW3 169 aa10.78□□□□□ -0.68
CCDC40-211ENST00000574099 FER1L6-AS1Q8NA97 138 aa10.78□□□□□ -0.68
CCDC40-211ENST00000574099 NIT2Q9NQR4 276 aa10.78□□□□□ -0.68
CCDC40-211ENST00000574099 FOXI1Q12951 378 aa10.77□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 AMMECR1LQ6DCA0 310 aa10.77□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 CARD19Q96LW7 228 aa10.77□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 MED28Q9H204 178 aa10.77□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 PFDN1O60925 122 aa10.76□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 IGLC6P0CF74 106 aa10.76□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 RNASEKQ6P5S7 137 aaKnown RBP10.76□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 IGKV2D-29A0A075B6S2 120 aaPredicted RBP10.75□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 IGKV2-29A2NJV5 120 aaPredicted RBP10.75□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 XCL1P47992 114 aa10.75□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 PKIGQ9Y2B9 76 aa10.75□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 CACNG7P62955 275 aa10.74□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 OR2D3Q8NGH3 330 aa10.74□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 GIPP09681 153 aaPredicted RBP10.73□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 Q6ZNX1 250 aa10.73□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 TMUB2Q71RG4 321 aa10.73□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 SFT2D1Q8WV19 159 aa10.73□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 TRGC1P0CF51 173 aa10.72□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 NTF3P20783 257 aa10.72□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 RPL35P42766 123 aaKnown RBP10.72□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 GAGE2BQ13066 116 aa10.72□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 FAM213BQ8TBF2 198 aa10.72□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 CYTL1Q9NRR1 136 aa10.72□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 TRAV26-2A0A0B4J265 109 aa10.71□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 IGHV1-58A0A0C4DH39 117 aa10.71□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 CCL25O15444 150 aa10.71□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 PTTG1IPP53801 180 aa10.71□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 RPS20P60866 119 aaKnown RBP10.71□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF664Q8N3J9 261 aa10.71□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 PRR26Q8N8Z3 221 aa10.71□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 PSORS1C2Q9UIG4 136 aa10.71□□□□□ -0.69
CCDC40-211ENST00000574099 A0A1W2PNN7 141 aa10.7□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 MT-ND6P03923 174 aa10.7□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 FGF6P10767 208 aa10.7□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 SYCNQ0VAF6 134 aa10.7□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 LYZL1Q6UWQ5 148 aa10.7□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 APCSP02743 223 aa10.69□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 CENPWQ5EE01 88 aa10.69□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 KCNRGQ8N5I3 272 aa10.69□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 GATD1Q8NB37 220 aa10.69□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 OR5A1Q8NGJ0 315 aa10.69□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 MUC2Q02817 5179 aa10.69□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 F2Z2F3 143 aa10.68□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF561-AS1K7EIQ3 104 aa10.68□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 ARPC5O15511 151 aa10.68□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 C1orf137Q5JT78 98 aa10.68□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 RPL39LQ96EH5 51 aaKnown RBP10.68□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 LOC107984640A0A0U1RRK4 108 aa10.67□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 LINC00959A0A1B0GUT2 108 aa10.67□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 C19orf71A6NCJ1 209 aa10.67□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 BCL2P10415 239 aa10.67□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 MBD3L1Q8WWY6 194 aa10.67□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 NCR2O95944 276 aa10.66□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 IFNA1P01562 189 aa10.66□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 CAMPP49913 170 aa10.66□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 XKRY2A2RUG3 117 aa10.65□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 G3V3Q6 166 aa10.65□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 H7C423 109 aa10.65□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 TWIST1Q15672 202 aa10.65□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 PRR4Q16378 134 aa10.65□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 C9orf116Q5BN46 136 aaPredicted RBP10.65□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 PHF5AQ7RTV0 110 aaKnown RBP10.65□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 BTF3L4Q96K17 158 aa10.65□□□□□ -0.7
CCDC40-211ENST00000574099 IGLV4-69A0A075B6H9 119 aa10.64□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 A0A0U1RQV1 116 aa10.64□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF25P17030 456 aaPredicted RBP10.64□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 TMEM101Q96IK0 257 aa10.64□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 RAB19A4D1S5 217 aa10.63□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 C11orf52Q96A22 123 aa10.63□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 SDHAF1A6NFY7 115 aa10.62□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 CTRLP40313 264 aa10.62□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 RPL18AQ02543 176 aaKnown RBP10.62□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 SS18Q15532 418 aa10.62□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 DIRC1Q969H9 104 aa10.62□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 ISOC2Q96AB3 205 aa10.62□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 GNG13Q9P2W3 67 aa10.62□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 UMAD1C9J7I0 102 aa10.61□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 H2AFB1P0C5Y9 115 aa10.61□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 GNG4P50150 75 aa10.61□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 CD164L2Q6UWJ8 174 aa10.61□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 C9orf62Q8N4C0 152 aa10.61□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 KRTAP9-6A0A140TA67 174 aa10.6□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 APOMO95445 188 aa10.6□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 IGLV7-43P04211 117 aa10.6□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 PMCHP20382 165 aa10.6□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 NUP35Q8NFH5 326 aa10.6□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 CAMK2N2Q96S95 79 aa10.6□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 BORCS8-MEF2BH3BNR1 382 aaPredicted RBP10.59□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 SMLR1H3BR10 107 aa10.59□□□□□ -0.71
CCDC40-211ENST00000574099 MALP21145 153 aa10.59□□□□□ -0.71
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.2 ms