RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629088.1

PNKP-222, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 3

Gene PNKP, Length 619 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-222	ENST00000629088	C9orf62	Q8N4C0	152 aa		10.5	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	KRBOX1	C9JBD0	128 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	NDUFA5	Q16718	116 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	AKR1C8P	Q5T2L2	129 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	DMRTA1	Q5VZB9	504 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	FMC1	Q96HJ9	113 aa		10.49	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	TRBV6-1	A0A0K0K1D8	114 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088		H3BVH4	76 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	ARMS2	P0C7Q2	107 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	CRIP1	P50238	77 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	UBE2G2	P60604	165 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	ZNF345	Q14585	488 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	FAM162B	Q5T6X4	162 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088		Q6ZSA8	131 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	RMI2	Q96E14	147 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	ZC2HC1A	Q96GY0	325 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	SAMD10	Q9BYL1	202 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	JPT2	Q9H910	190 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	FAM30A	Q9NZY2	134 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		10.48	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	SH2D1A	O60880	128 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	FHIT	P49789	147 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	LINC01559	Q495D7	138 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	DAZ4	Q86SG3	579 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088		Q8N3U1	123 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	C14orf178	Q8N769	122 aa	Predicted RBP	10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	SFRP2	Q96HF1	295 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	CHCHD7	Q9BUK0	85 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	DAZ3	Q9NR90	486 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	URGCP-MRPS24	S4R325	110 aa		10.47	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088		A0A0D9SG52	128 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	TRBV10-1	A0A0K0K1A3	114 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	MAP1LC3B2	A6NCE7	125 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	TPT1	P13693	172 aa	Known RBP	10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	S100A1	P23297	94 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	UBE2G1	P62253	170 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	WFDC2	Q14508	124 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	ZNF674	Q2M3X9	581 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	NIT1	Q86X76	327 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	KCNRG	Q8N5I3	272 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	MAP1LC3B	Q9GZQ8	125 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088		Q9UF83	564 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088	PHLDA3	Q9Y5J5	127 aa		10.46	□□□□□ -0.73
PNKP-222	ENST00000629088		M0R036	132 aa		10.45	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	LTA	P01374	205 aa		10.45	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	SLC7A5P1	Q8MH63	180 aa		10.45	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	ZFP82	Q8N141	532 aa		10.45	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	STOML3	Q8TAV4	291 aa		10.45	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	KANTR	A0A1W2PQU2	76 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	ELOB	Q15370	118 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	FAM74A4	Q5TZK3	123 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	LRP1	Q07954	4544 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	GRIFIN	A4D1Z8	144 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	PLA2G1B	P04054	148 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	TMUB2	Q71RG4	321 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088		Q8N976	141 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	CYTL1	Q9NRR1	136 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088		A0A087WWL8	130 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088		M0R381	172 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	BCL2L11	O43521	198 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	S100A9	P06702	114 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	RPL36A	P83881	106 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	ATRAID	Q6UW56	229 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	RPL36AL	Q969Q0	106 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	TRBV7-3	A0A075B6L6	115 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088		A0A087WX48	190 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	LECT2	O14960	151 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	CXCL1	P09341	107 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	AKR1C3	P42330	323 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	UBE2D3	P61077	147 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	UBE2D2	P62837	147 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	CST9LP1	Q5W188	147 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	KCNIP4	Q6PIL6	250 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	OR10G8	Q8NGN5	311 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	BAALC	Q8WXS3	180 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	KRTAP29-1	A8MX34	341 aa	Predicted RBP	10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088		Q0VG73	95 aa		10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	KLK12	Q9UKR0	248 aa		10.4	□□□□□ -0.74
PNKP-222	ENST00000629088	IGLV2-33	A0A075B6J2	118 aa	Predicted RBP	10.39	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	IGKV2D-24	A0A075B6R9	120 aa		10.39	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	TMSB15B	A0A087X1C1	80 aa		10.39	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	UMAD1	C9J7I0	102 aa		10.39	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	RAB4B	P61018	213 aa		10.39	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	TEX261	Q6UWH6	196 aa		10.39	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	ZNF471	Q9BX82	626 aa	Predicted RBP	10.39	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	FAT3	Q8TDW7	4589 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	RBFOX3	A6NFN3	312 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	EIF5A	P63241	154 aa	Known RBP	10.38	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	SLC51B	Q86UW2	128 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	LINC00528	Q8N1L1	170 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	MBD3L1	Q8WWY6	194 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	UBE2W	Q96B02	151 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	TRBV6-8	A0A0A6YYG3	113 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	PAGE4	O60829	102 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	PKIA	P61925	76 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	PRR27	Q6MZM9	219 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	SREK1IP1	Q8N9Q2	155 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	MLST8	Q9BVC4	326 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PNKP-222	ENST00000629088	SSBP4	Q9BWG4	385 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75

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