RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589706.1

SMAD4-208, Transcript of SMAD family member 4, human

TSL 3

Gene SMAD4, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SMAD4-208	ENST00000589706		U3KQK5	164 aa		4.4	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	ARHGAP21	Q5T5U3	1957 aa		4.4	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	SCN3A	Q9NY46	2000 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	SNRNP200	O75643	2136 aa	Known RBP	4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV2D-30	A0A075B6S6	120 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706		A0A096LNJ9	63 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	TMED7-TICAM2	A0A0A6YYA0	188 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	TRAV8-1	A0A0A6YYK1	113 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	LOC107984156	A0A0G2JMH3	177 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	C19orf71	A6NCJ1	209 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	C15orf61	A6NNL5	157 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	LTA	P01374	205 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706		P0DMU3	169 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	FAM231A	P0DMU4	169 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	FAM231C	P0DMU5	169 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	PSMB8	P28062	276 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	RPL36A	P83881	106 aa	Known RBP	4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	C1orf195	Q5TG92	126 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	HRCT1	Q6UXD1	115 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	VN1R4	Q7Z5H5	301 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	RPS19BP1	Q86WX3	136 aa	Known RBP	4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	ARL17A	Q8IVW1	177 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	DRAM1	Q8N682	238 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	SPTSSA	Q969W0	71 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	C9orf85	Q96MD7	179 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	TP53TG1	Q9Y2A0	90 aa		4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNF256	Q9Y2P7	627 aa	Predicted RBP	4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	AMMECR1	Q9Y4X0	333 aa	Predicted RBP	4.39	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	RAI1	Q7Z5J4	1906 aa	Predicted RBP	4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	TRBV6-1	A0A0K0K1D8	114 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	RBAKDN	A6NC62	111 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC01549	A6NIU2	74 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	DEFB108A	A8MXU0	73 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706		H3BMM0	161 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706		H3BT86	120 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	PEX7	O00628	323 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	TCL1B	O95988	128 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706		P01737	135 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	COL8A2	P25067	703 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	PLN	P26678	52 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	UBE2L3	P68036	154 aa	Known RBP	4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	IGLV3-21	P80748	117 aa	Predicted RBP	4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	PAX8	Q06710	450 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	RSPO1	Q2MKA7	263 aa	Predicted RBP	4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	KRTAP27-1	Q3LI81	207 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	MIC13	Q5XKP0	118 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC00643	Q86TS7	51 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	C11orf53	Q8IXP5	236 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	UBE2W	Q96B02	151 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC00477	Q96M19	166 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	SLC25A39	Q9BZJ4	359 aa	Predicted RBP	4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	DEPP	Q9NTK1	212 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	KIAA1549	Q9HCM3	1950 aa		4.38	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV2D-26	A0A0A0MRZ7	120 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	TRAV13-1	A0A0B4J241	112 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV1-6	A0A0C4DH72	117 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	TRBV10-2	A0A0K0K1G8	114 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	FAM236A	A0A1B0GUQ0	79 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706		A0A1B0GUT8	65 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	FAM236B	A0A1B0GV22	79 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	WI2-2373I1.2	A0A1W2PRP0	233 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	PINLYP	A6NC86	204 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	NDUFC2	O95298	119 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	IGLV2-11	P01706	119 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	FGF12	P61328	243 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	ATXN8	Q156A1	80 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	C4orf26	Q17RF5	130 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	PIGY	Q3MUY2	71 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	DEFB134	Q4QY38	66 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	ORMDL3	Q8N138	153 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	COPS9	Q8WXC6	57 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	FMC1	Q96HJ9	113 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	AGPAT4-IT1	Q9H0P7	198 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	PYGO1	Q9Y3Y4	419 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	KMT2C	Q8NEZ4	4911 aa	Known RBP	4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	RYR3	Q15413	4870 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	WNK1	Q9H4A3	2382 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	VWF	P04275	2813 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	EML6	Q6ZMW3	1958 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	TRRAP	Q9Y4A5	3859 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	FREM1	Q5H8C1	2179 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV1-12	A0A0C4DH73	117 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706		A0A0J9YW62	118 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	EPM2A	B3EWF7	344 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706		H3BVH4	76 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706		J3QQQ9	107 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706		M0R135	149 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV1D-12	P01611	117 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	PATE4	P0C8F1	98 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	DEFA4	P12838	97 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	CRYGS	P22914	178 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	FCER1G	P30273	86 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	PFN2	P35080	140 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNF138	P52744	262 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	ZC2HC1B	Q5TFG8	222 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	ZFP2	Q6ZN57	461 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC00336	Q6ZUF6	198 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	MIR17HG	Q75NE6	70 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	AAED1	Q7RTV5	226 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SMAD4-208	ENST00000589706	PGLYRP4	Q96LB8	373 aa		4.36	□□□□□ -1.71

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 77 ms