RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	ERAS	Q7Z444	233 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	NEXN-AS1	Q8NBZ9	246 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	C4orf3	Q8WVX3	66 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	PTH2	Q96A98	100 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM141	Q96I45	108 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	BBC3	Q96PG8	261 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	SCGB3A1	Q96QR1	104 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	JMJD8	Q96S16	334 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	EDA2R	Q9HAV5	297 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	MRPL35	Q9NZE8	188 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	PEMT	Q9UBM1	199 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	CYSLTR1	Q9Y271	337 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF256	Q9Y2P7	627 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	CHTOP	Q9Y3Y2	248 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	CFAP47	Q6ZTR5	3102 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	COL6A6	A6NMZ7	2263 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	ASPM	Q8IZT6	3477 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV12-3	A0A0B4J271	114 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		K7EP13	123 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	VCY	O14598	125 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CCL25	O15444	150 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	PRB1	P04280	392 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	FOSL1	P15407	271 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SRD5A1	P18405	259 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	POLR2K	P53803	58 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	RHOH	Q15669	191 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SUMO4	Q6EEV6	95 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	AMTN	Q6UX39	209 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	PCP2	Q8IVA1	136 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	RPL39L	Q96EH5	51 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TIMM17A	Q99595	171 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	LINC00467	Q9BRT7	94 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CHAC1	Q9BUX1	264 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CSTL1	Q9H114	145 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	IGKV2D-26	A0A0A0MRZ7	120 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TRBV27	A0A0K0K1C4	114 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	C9orf118	A6NHY6	69 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	NSUN5P1	Q3KNT7	163 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TCTEX1D4	Q5JR98	221 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	GTF2H5	Q6ZYL4	71 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TRPT1	Q86TN4	253 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	GTSCR1	Q86UQ5	136 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	KRTAP1-3	Q8IUG1	177 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	OR4C5	Q8NGB2	326 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	BAALC	Q8WXS3	180 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		Q96MF0	132 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CLUHP3	Q96NS8	147 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	KIR2DL4	Q99706	377 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TM2D2	Q9BX73	214 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM160	Q9NX00	188 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	BOD1L1	Q8NFC6	3051 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	HRNR	Q86YZ3	2850 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	ATM	Q13315	3056 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	NCOR2	Q9Y618	2525 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TRBV25-1	A0A075B6N4	114 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV25	A0A0B4J276	109 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	OR11H12	B2RN74	326 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		E9PLD3	99 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	KRTAP10-9	P60411	292 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	HERVK_113	P61574	105 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SPINK13	Q1W4C9	94 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	ZFP2	Q6ZN57	461 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		Q6ZVH6	145 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	MAPK1IP1L	Q8NDC0	245 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	OR11H1	Q8NG94	326 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	OR11H2	Q8NH07	326 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DUX5	Q96PT3	197 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SPAG8	Q99932	426 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DOPEY1	Q5JWR5	2465 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CACNA1A	O00555	2505 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DMXL2	Q8TDJ6	3036 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV8-6	A0A0B4J262	113 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	MYMX	A0A1B0GTQ4	84 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SDHAF1	A6NFY7	115 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	PRSS29P	A6NIE9	313 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	IGIP	A6NJ69	53 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		H3BMM0	161 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		K7EP34	96 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		M0QY20	66 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SPRY2	O43597	315 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CRYGD	P07320	174 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SMIM13	P0DJ93	91 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SLURP1	P55000	103 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DEFB131A	P59861	70 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF415	Q09FC8	603 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	PMVK	Q15126	192 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF56	Q15929	161 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	AMMECR1L	Q6DCA0	310 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CEND1	Q8N111	149 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		Q8N1Y9	231 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	OR5A1	Q8NGJ0	315 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DYNLRB2	Q8TF09	96 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	MDFIC	Q9P1T7	246 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TP53TG1	Q9Y2A0	90 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CACNA1B	Q00975	2339 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	WNK2	Q9Y3S1	2297 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	NBEA	Q8NFP9	2946 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	NBAS	A2RRP1	2371 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TRBV7-3	A0A075B6L6	115 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV12-2	A0A075B6T6	113 aa		4.61	□□□□□ -1.67

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