RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	TRAV12-2	A0A075B6T6	113 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TRBV7-9	A0A0J9YWB2	115 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	BCL2	P10415	239 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	HTN1	P15515	57 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	CEBPG	P53567	150 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	GAGE13	Q4V321	117 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	SMUG1	Q53HV7	270 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TMEM256	Q8N2U0	113 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	OR11H2	Q8NH07	326 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	LYPD6B	Q8NI32	183 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	C2CD4C	Q8TF44	421 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	PCNP	Q8WW12	178 aa	Known RBP	6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	C20orf144	Q9BQM9	153 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	ZFP30	Q9Y2G7	519 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	FAT2	Q9NYQ8	4349 aa		6.3	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TRAV12-3	A0A0B4J271	114 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TRAV34	A0A0B4J273	112 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	LOC102723971	A0A1B0GUV8	181 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	SMIM9	A6NGZ8	99 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520		A8MTW9	85 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	IGLL5	B9A064	214 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520		H7BYZ3	331 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TAS2R60	P59551	318 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	AMTN	Q6UX39	209 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	BAGE2	Q86Y30	109 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	LINC00479	Q96M42	142 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	FAM210A	Q96ND0	272 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	DNAH2	Q9P225	4427 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	NACA	E9PAV3	2078 aa		6.29	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	PKD1	P98161	4303 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TRAV8-1	A0A0A6YYK1	113 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TRAV21	A0A0B4J279	112 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	C7orf71	A4D174	169 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TMEM183B	Q1AE95	376 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	RRN3P1	Q2M238	152 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TOR2A	Q5JU69	321 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	ZNF506	Q5JVG8	444 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	CLLU1	Q5K131	121 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	FAM159A	Q6UWV7	190 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520		Q8TAT8	98 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	DAZAP1	Q96EP5	407 aa	Known RBP	6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	SMDT1	Q9H4I9	107 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	BIN3	Q9NQY0	253 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	APLN	Q9ULZ1	77 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	DNAH17	Q9UFH2	4485 aa		6.28	□□□□□ -1.4
USP4-213	ENST00000488520	TRBV6-1	A0A0K0K1D8	114 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	TMEM189	A5PLL7	270 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	CBY3	A6NI87	242 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	FABP5P3	A8MUU1	101 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	TMEM250	H0YL14	139 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	GCG	P01275	180 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	MIF	P14174	115 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	CRISP2	P16562	243 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	RPL35	P42766	123 aa	Known RBP	6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	GNG4	P50150	75 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	ZNF674	Q2M3X9	581 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	GFI1B	Q5VTD9	330 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	PYGO2	Q9BRQ0	406 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	KLF12	Q9Y4X4	402 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GVY2	172 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	KLLN	B2CW77	178 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	CRX	O43186	299 aa	Predicted RBP	6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	NDUFS6	O75380	124 aa	Known RBP	6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	GIG44	P09565	113 aa	Predicted RBP	6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	MGST1	P10620	155 aa	Known RBP	6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	IFITM2	Q01629	132 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	BTN1A1	Q13410	526 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	EIF4E3	Q8N5X7	224 aa	Known RBP	6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	CSNK1G2-AS1	Q8NCQ2	148 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	KCNS1	Q96KK3	526 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	FAM19A4	Q96LR4	140 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	NEU1	Q99519	415 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	NAGK	Q9UJ70	344 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	IGHV1OR15-1	A0A075B7D0	117 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	RAB19	A4D1S5	217 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	ZNF705G	A8MUZ8	300 aa	Predicted RBP	6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	SNURFL	B1AK76	121 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520		M0R2N4	97 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	LTA	P01374	205 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	IGLV2-11	P01706	119 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	ORM1	P02763	201 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	EMP1	P54849	157 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	FAM74A3	Q4VXF1	159 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	FAM162B	Q5T6X4	162 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	ZNF493	Q6ZR52	646 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	LINC00336	Q6ZUF6	198 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	TMEM183A	Q8IXX5	376 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	C1orf158	Q8N1D5	194 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	ZFAND2A	Q8N6M9	145 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	C11orf52	Q96A22	123 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	C11orf68	Q9H3H3	251 aa	Known RBP	6.25	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	DYNC1H1	Q14204	4646 aa	Known RBP	6.24	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	TRGV11	A0A075B6L2	103 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	PRSS29P	A6NIE9	313 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	ZNF727	A8MUV8	499 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	ZNF324	O75467	553 aa	Predicted RBP	6.24	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	SLPI	P03973	132 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP4-213	ENST00000488520	PFN1	P07737	140 aa	Known RBP	6.24	□□□□□ -1.41

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