RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000251722.10

USP40-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC

Gene USP40, Length 5,692 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-201ENST00000251722 LINC01545Q5VT33 79 aa10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 FANCMQ8IYD8 2048 aa10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 NDUFC2-KCTD14E9PQ53 114 aa10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 Q71RC1 249 aaPredicted RBP10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 RNF144BQ7Z419 303 aa10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 SPINK13Q1W4C9 94 aa10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 C20orf78Q9BR46 151 aa10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 LTBP2Q14767 1821 aa10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 RSPO1Q2MKA7 263 aaPredicted RBP10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 A0A0U1RQV1 116 aa10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 IGHG2P01859 326 aa10.07□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 LOXL1Q08397 574 aaPredicted RBP10.06□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 GATD1Q8NB37 220 aa10.06□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 PRR25Q96S07 402 aa10.06□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 IGHV4-61A0A0C4DH41 118 aa10.06□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 WT1-ASQ06250 92 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 FSTL3O95633 263 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 CSDC2Q9Y534 153 aaKnown RBP10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 IGHV4-59P01825 116 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 HOXD3P31249 432 aaPredicted RBP10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 PRIMA1Q86XR5 153 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 FAM104BQ5XKR9 115 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 LINC00643Q86TS7 51 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 ZNF581Q9P0T4 197 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 CTSZQ9UBR2 303 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 K7EMT4 169 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 CFC1BP0CG36 223 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 CFC1P0CG37 223 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 SDK2Q58EX2 2172 aa10.05□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 ICE1Q9Y2F5 2266 aa10.04□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 IGHV4-30-2A0A087WSY4 118 aa10.04□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 C11orf53Q8IXP5 236 aa10.04□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 C16orf74Q96GX8 76 aa10.04□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 ZNF747Q9BV97 191 aa10.04□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 FAM120AOSQ5T036 256 aa10.04□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 C5orf24Q7Z6I8 188 aa10.04□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 A0A087WWL8 130 aa10.04□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 FAM236DA0A1B0GTK5 79 aa10.04□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 FAM236CP0DP71 79 aa10.04□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 INTS1Q8N201 2190 aaKnown RBP10.03□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 NUPR1O60356 82 aa10.03□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 NKAPP1Q8N9T2 125 aa10.03□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 MDC1Q14676 2089 aaKnown RBP10.03□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 CLPSL1A2RUU4 121 aa10.03□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 C11orf52Q96A22 123 aa10.03□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 ACACAQ13085 2346 aa10.02□□□□□ -0.8
USP40-201ENST00000251722 hADV29S1A0JD25 119 aa10.02□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 Q6Q795 121 aa10.02□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 H3BT86 120 aa10.02□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 MLANAQ16655 118 aa10.02□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 MORN5Q5VZ52 161 aa10.02□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 IMUPQ9GZP8 106 aa10.02□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 EP300Q09472 2414 aaPredicted RBP10.02□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 ZNF491Q8N8L2 437 aa10.02□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 INS-IGF2F8WCM5 200 aa10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 LINC00205P59089 165 aa10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 TMEM213A2RRL7 107 aa10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 GP9P14770 177 aa10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 ATP5EP56381 51 aaPredicted RBP10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 IGFL4Q6B9Z1 124 aa10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 NRGNQ92686 78 aa10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 SPART-AS1P0CW21 52 aa10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 ZNRD1Q9P1U0 126 aa10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 IGKV1-39P01597 117 aa10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 IGKV1D-39P04432 117 aa10.01□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 CNOT1A5YKK6 2376 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 C4orf3Q8WVX3 66 aa10□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 CCDC179H3BU77 68 aa10□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 RETNQ9HD89 108 aa10□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 ESPL1Q14674 2120 aa10□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 KLK5Q9Y337 293 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 GRNP28799 593 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 LINC01620Q4KN68 170 aa10□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 KLK9Q9UKQ9 250 aa10□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 TP53TG1Q9Y2A0 90 aa10□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 SDHAF1A6NFY7 115 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 C2orf66Q6UXQ4 117 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 SPATA12Q7Z6I5 190 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 ZNRF2Q8NHG8 242 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 HLA-DRB4P13762 266 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 PRR20EP86478 221 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 PRR20CP86479 221 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 PRR20DP86480 221 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 PRR20BP86481 221 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 PRR20AP86496 221 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 ZNF726P1Q15940 193 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 HLA-DRB4X5D2U9 266 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 TRBV10-2A0A0K0K1G8 114 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 FXYD2P54710 66 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 F8VRH5 84 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 ICOSQ9Y6W8 199 aa9.99□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 PCP2Q8IVA1 136 aa9.98□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 C5orf56Q8N8D9 126 aa9.98□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 FXYD5Q96DB9 178 aa9.98□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 IGHV7-81A0A0B4J1V7 117 aa9.98□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 CCL18P55774 89 aa9.98□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 GPHB5Q86YW7 130 aa9.98□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 TPSG1Q9NRR2 321 aa9.98□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 IGLV11-55A0A075B6I3 123 aa9.98□□□□□ -0.81
USP40-201ENST00000251722 TINCRA0A1B0GVN0 87 aa9.98□□□□□ -0.81
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30.5 ms