RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00527	Q9UJ94	153 aa		4.2	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	COX11	Q9Y6N1	276 aa		4.2	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	POLQ	O75417	2590 aa		4.2	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	CSMD2	Q7Z408	3487 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	CD5L	O43866	347 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	CA1	P00915	261 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	AMBP	P02760	352 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	LGALS1	P09382	135 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	FRMD6-AS1	P0C7T7	363 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	BMI1	P35226	326 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	CTRL	P40313	264 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	AKR1D1	P51857	326 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	RPS20	P60866	119 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	HBB	P68871	147 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC35B1	P78383	322 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	S100A12	P80511	92 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	KLF5	Q13887	457 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ANXA2R	Q3ZCQ2	193 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM162B	Q5T6X4	162 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	GDF5OS	Q5U4N7	250 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	GFI1B	Q5VTD9	330 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	WFDC11	Q8NEX6	87 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM19A4	Q96LR4	140 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	UBE2E2	Q96LR5	201 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	C12orf57	Q99622	126 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	TM2D2	Q9BX73	214 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	CNFN	Q9BYD5	112 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	GPR61	Q9BZJ8	451 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	DAZ1	Q9NQZ3	744 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	SMPX	Q9UHP9	88 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	TP53TG3	Q9ULZ0	132 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	RPH3AL	Q9UNE2	315 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	UFC1	Q9Y3C8	167 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ABCA12	Q86UK0	2595 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV2-40	A0A087WW87	121 aa	Predicted RBP	4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	IGHV3-35	A0A0C4DH35	117 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	PRAC2	D3DTV9	90 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	OVOL1	O14753	267 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	SH2D1A	O60880	128 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV2D-40	P01614	121 aa	Predicted RBP	4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	IGLC6	P0CF74	106 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	CT45A10	P0DMU9	189 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	CRISP2	P16562	243 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	S100A2	P29034	98 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF138	P52744	262 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	TCL1A	P56279	114 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	PAFAH1B2	P68402	229 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	HIST1H1A	Q02539	215 aa	Predicted RBP	4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM106A	Q4KMX7	169 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	PRR27	Q6MZM9	219 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPL54	Q6P161	138 aa	Known RBP	4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF493	Q6ZR52	646 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247		Q71RC1	249 aa	Predicted RBP	4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	SIGLECL1	Q8N7X8	197 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	OR2D3	Q8NGH3	330 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	SGK494	Q96LW2	274 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	VGLL1	Q99990	258 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	NDFIP1	Q9BT67	221 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	NRN1	Q9NPD7	142 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	APC	P25054	2843 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKRD17	O75179	2603 aa	Known RBP	4.18	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	CSPG4	Q6UVK1	2322 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	UNC79	Q9P2D8	2635 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF469	Q96JG9	3925 aa	Predicted RBP	4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	IGHV3OR16-8	A0A075B7F1	116 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	TRAV2	A0A0B4J234	112 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1B0GUT8	65 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM213	A2RRL7	107 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	FABP5P3	A8MUU1	101 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	IGHV3-11	P01762	117 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	APCS	P02743	223 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	HLA-DMB	P28068	263 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF80	P51504	273 aa	Predicted RBP	4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	SLA	Q13239	276 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	RIG	Q13278	110 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	SCGB2A2	Q13296	93 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	JOSD1	Q15040	202 aa	Predicted RBP	4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	PYY3	Q5JQD4	70 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	SUMO4	Q6EEV6	95 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	TCF24	Q7RTU0	167 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	OR10D4P	Q8NGN7	298 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	DCANP1	Q8TF63	244 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM18	Q96B42	140 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00477	Q96M19	166 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ODF3	Q96PU9	254 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ASCL2	Q99929	193 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ALKBH7	Q9BT30	221 aa	Predicted RBP	4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	RHPN1-AS1	Q9BWJ2	59 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	AGPAT4-IT1	Q9H0P7	198 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	C16orf95	Q9H693	158 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	CR1	P17927	2039 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	CSMD1	Q96PZ7	3565 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	HELZ2	Q9BYK8	2649 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	IGHV4-4	A0A075B6R2	117 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	IGHV3-66	A0A0C4DH42	116 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM189	A5PLL7	270 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF705F	A8MVS1	300 aa	Predicted RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF207	O43670	478 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATG4A-208	ENST00000489247	FABP4	P15090	132 aa		4.16	□□□□□ -1.74

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