RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	C21orf62	Q9NYP8	219 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	NOTCH3	Q9UM47	2321 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912		B5MCH6	92 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	NCR2	O95944	276 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	CFHR3	Q02985	330 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	KIR3DS1	Q14943	382 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM104B	Q5XKR9	115 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL53	Q96EL3	112 aa	Known RBP	6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	VGLL1	Q99990	258 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM70	Q9BUB7	260 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	ST20	Q9HBF5	79 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	C11orf21	Q9P2W6	132 aa		6.72	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	ZFYVE26	Q68DK2	2539 aa		6.71	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV7-4-1	A0A0J9YVY3	117 aa		6.71	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	PSG9	Q00887	426 aa		6.71	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	ODF1	Q14990	250 aa		6.71	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC144NL	Q6NUI1	221 aa		6.71	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	HIF1AN	Q9NWT6	349 aa		6.71	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	PCNX1	Q96RV3	2341 aa		6.71	□□□□□ -1.33
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCA4	P78363	2273 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	TMUB1	Q9BVT8	246 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	CACNA1B	Q00975	2339 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF223	E7ERA6	249 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912		M0R2Z0	102 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ID1	P41134	155 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	CAMP	P49913	170 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM162B	Q5T6X4	162 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	PET117	Q6UWS5	81 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	POM121L12	Q8N7R1	296 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF580	Q9UK33	172 aa		6.71	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RBM14-RBM4	A0A0A0MSL8	147 aa	Known RBP	6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	PRAC2	D3DTV9	90 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	COL8A1	P27658	744 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	IL17REL	Q6ZVW7	336 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	HLA-DMB	P28068	263 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	MPV17L2	Q567V2	206 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	GEMIN7	Q9H840	131 aa	Known RBP	6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	SIGLEC8	Q9NYZ4	499 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	USP9Y	O00507	2555 aa	Predicted RBP	6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912		H3BUT2	72 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP6V0E1	O15342	81 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF138	P52744	262 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	LYZL1	Q6UWQ5	148 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ORAOV1	Q8WV07	137 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	NRGN	Q92686	78 aa		6.7	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	IGKV3D-20	A0A0C4DH25	116 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	GAS8-AS1	O95177	125 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	IGF1	P05019	195 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	PPIF	P30405	207 aa	Known RBP	6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	C9orf47	Q6ZRZ4	202 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	KLHDC1	Q8N7A1	406 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912		S4R3C0	116 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	IGKV2-40	A0A087WW87	121 aa	Predicted RBP	6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	IGKV2D-40	P01614	121 aa	Predicted RBP	6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL51	Q4U2R6	128 aa	Known RBP	6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	TIMD4	Q96H15	378 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM213	A2RRL7	107 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	SIVA1	O15304	175 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	HSBP1	O75506	76 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RNASEK	Q6P5S7	137 aa	Known RBP	6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	GLMP	Q8WWB7	406 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	SIGMAR1	Q99720	223 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	CCL19	Q99731	98 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	PIMREG	Q9BSJ6	248 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM191A	Q9H0A3	160 aa		6.69	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	SAA4	P35542	130 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RHOG	P84095	191 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV4-30-2	A0A087WSY4	118 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RPL7	P18124	248 aa	Known RBP	6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	DSCR9	P59020	149 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	MS4A6A	Q9H2W1	248 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ZAN	Q9Y493	2812 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	OR4C46	A6NHA9	309 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	COX6B1	P14854	86 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	DEFB113	Q30KQ7	82 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	NRAC	Q8N912	160 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	COX11	Q9Y6N1	276 aa		6.68	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	HELZ2	Q9BYK8	2649 aa	Known RBP	6.67	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV4-61	A0A0C4DH41	118 aa		6.67	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RIG	Q13278	110 aa		6.67	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	IFI27	P40305	119 aa	Predicted RBP	6.67	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	C15orf32	Q32M92	178 aa		6.67	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	C9orf139	Q6ZV77	190 aa		6.67	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	FOXC2	Q99958	501 aa		6.67	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RABAC1	Q9UI14	185 aa		6.67	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	TRBV7-1	A0A0A6YYK4	115 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	NPFF	O15130	113 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	TGFA	P01135	160 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	LGALS9B	Q3B8N2	356 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	PRR9	Q5T870	116 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	LGALS9C	Q6DKI2	356 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	C20orf173	Q96LM9	149 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	TMSB15B	A0A087X1C1	80 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	hDV102S1	A0JD36	115 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912		D6R8Y8	96 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	TAX1BP3	O14907	124 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	LEPROTL1	O95214	131 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	IGLV1-40	P01703	118 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP5J2	P56134	94 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL23	Q16540	153 aa	Known RBP	6.66	□□□□□ -1.34

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 49 ms