RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488905.1

HDAC6-231, Transcript of histone deacetylase 6, human

TSL 4

Gene HDAC6, Length 492 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HDAC6-231	ENST00000488905	RXFP4	Q8TDU9	374 aa		12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	MITD1	Q8WV92	249 aa		12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	ZNF503	Q96F45	646 aa		12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	KRTAP1-5	Q9BYS1	174 aa		12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905		Q9H8V8	135 aa		12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	CENPX	A8MT69	81 aa		12.79	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	ZNF701	M0R085	212 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	RLN2	P04090	185 aa		12.79	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	HOXA5	P20719	270 aa		12.79	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	MAPKAPK5-AS1	Q8N8E1	139 aa		12.79	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905		Q9H3A6	140 aa		12.79	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905		A0A0J9YY99	117 aa		12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	GAGE12B	A1L429	117 aa		12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	SNURFL	B1AK76	121 aa		12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905		H3BQ15	152 aa		12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	GAGE7	O76087	117 aa		12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	GAGE12F	P0CL80	117 aa		12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	GAGE12G	P0CL81	117 aa		12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	GAGE12I	P0CL82	117 aa		12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	SAT2	Q96F10	170 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	ODF3	Q96PU9	254 aa		12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	SDHC	Q99643	169 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905		J3KRW8	73 aa		12.77	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	CCS	O14618	274 aa		12.77	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	LEP	P41159	167 aa		12.77	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	CAMLG	P49069	296 aa		12.77	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	UPK3B	Q9BT76	320 aa		12.77	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	TRAV12-3	A0A0B4J271	114 aa		12.76	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	NPIPB6	E9PJ23	425 aa		12.76	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905		L7N2F9	121 aa		12.76	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	CT45A10	P0DMU9	189 aa		12.76	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	VAMP2	P63027	116 aa		12.76	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	GUK1	Q16774	197 aa		12.76	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	SPATA12	Q7Z6I5	190 aa		12.76	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	PYGO2	Q9BRQ0	406 aa		12.76	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	C20orf85	Q9H1P6	137 aa		12.76	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	TMPRSS5	Q9H3S3	457 aa		12.76	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905		H3BNG1	76 aa		12.75	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	RAB31	Q13636	194 aa		12.75	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	CNPY1	Q3B7I2	92 aa		12.75	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	MIC13	Q5XKP0	118 aa		12.75	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905		Q6ZRG5	221 aa		12.75	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	NRARP	Q7Z6K4	114 aa		12.75	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	ZNF431	Q8TF32	576 aa	Predicted RBP	12.75	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	DNAJC4	Q9NNZ3	241 aa		12.75	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	MRPS16	Q9Y3D3	137 aa	Known RBP	12.75	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	LSM5	Q9Y4Y9	91 aa	Known RBP	12.75	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	TRAV5	A0A0B4J249	113 aa		12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905		A0A1W2PPQ1	181 aa		12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	IL7	P13232	177 aa		12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	BCAP31	P51572	246 aa		12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	CAV2	P51636	162 aa		12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	DAZ2	Q13117	558 aa	Known RBP	12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	ZNF846	Q147U1	533 aa		12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	ESRG	Q1W209	222 aa		12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905		Q6ZTI0	123 aa		12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	OR1L4	Q8NGR5	311 aa		12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	PFDN5	Q99471	154 aa		12.74	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	ZNF253	O75346	499 aa		12.73	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	CST7	O76096	145 aa		12.73	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	MRPL53	Q96EL3	112 aa	Known RBP	12.73	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	UQCC1	Q9NVA1	299 aa		12.73	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	ZNF586	Q9NXT0	402 aa		12.73	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	WDR83OS	Q9Y284	106 aa		12.73	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	FAM25E	A8MYX2	175 aa		12.72	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	BTF3	P20290	206 aa	Known RBP	12.72	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	ZNF680	Q8NEM1	530 aa		12.72	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	C11orf1	Q9H5F2	150 aa		12.72	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	UBE2L5P	A0A1B0GUS4	154 aa		12.71	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	SLC25A5	P05141	298 aa	Known RBP	12.71	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	VWC2	Q2TAL6	325 aa		12.71	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	C11orf72	Q8NBR9	251 aa		12.71	□□□□□ -0.37
HDAC6-231	ENST00000488905	TRBV19	A0A075B6N1	114 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	C7orf71	A4D174	169 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	FAM24A	A6NFZ4	105 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905		M0R3E3	92 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	RPL29	P47914	159 aa	Known RBP	12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	KRTAP10-2	P60368	255 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	BAX	Q07812	192 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905		Q8N1X5	172 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	VSIG2	Q96IQ7	327 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	C18orf15	Q96N68	181 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	GSN-AS1	Q9NRJ2	163 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	SLC39A9	Q9NUM3	307 aa		12.7	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	TRGV2	A0A075B6R0	118 aa		12.69	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905		A0A096LPF7	62 aa		12.69	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	C5orf51	A6NDU8	294 aa		12.69	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	KLLN	B2CW77	178 aa		12.69	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	PVALB	P20472	110 aa	Predicted RBP	12.69	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	ERCC8	Q13216	396 aa		12.69	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	LINC00467	Q9BRT7	94 aa		12.69	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	LYRM2	Q9NU23	88 aa	Predicted RBP	12.69	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	PLA2G10	O15496	165 aa		12.68	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	LYRM1	O43325	122 aa		12.68	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	SULT1A1	P50225	295 aa		12.68	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	BTN1A1	Q13410	526 aa		12.68	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	PDE6H	Q13956	83 aa		12.68	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	C12orf45	Q8N5I9	185 aa	Predicted RBP	12.68	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	FAM19A4	Q96LR4	140 aa		12.68	□□□□□ -0.38
HDAC6-231	ENST00000488905	SEC22C	Q9BRL7	303 aa		12.68	□□□□□ -0.38

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