RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	CDS2	O95674	445 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TYMS	P04818	313 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	PI3	P19957	117 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	GPR183	P32249	361 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	PTTG1IP	P53801	180 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	ATP5I	P56385	69 aa	Predicted RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	UBE2V1	Q13404	147 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	ETFRF1	Q6IPR1	90 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	ZNF705A	Q6ZN79	300 aa	Predicted RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TEX43	Q6ZNM6	134 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	RBPMS2	Q6ZRY4	209 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	LINC01551	Q86U37	167 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	LGI3	Q8N145	548 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	GBGT1	Q8N5D6	347 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	OR52E5	Q8NH55	327 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	ZNF502	Q8TBZ5	544 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	GNPNAT1	Q96EK6	184 aa	Predicted RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	OR10C1	Q96KK4	312 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	RBKS	Q9H477	322 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	C5orf66	Q9H5L9	145 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	MRPL27	Q9P0M9	148 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	HSPB7	Q9UBY9	170 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TRAV25	A0A0B4J276	109 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	NDUFA4	O00483	81 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	GNG7	O60262	68 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	CMC4	P56277	68 aa	Predicted RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	UBE2G2	P60604	165 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	VAMP2	P63027	116 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	PAFAH1B2	P68402	229 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	WT1-AS	Q06250	92 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	PMS2P11	Q13670	270 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	OR10W1	Q8NGF6	305 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	FAM213B	Q8TBF2	198 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	RNASE8	Q8TDE3	154 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TMEM230	Q96A57	120 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	SMIM12	Q96EX1	92 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TP53RK	Q96S44	253 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	HEYL	Q9NQ87	328 aa	Predicted RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	DAZ1	Q9NQZ3	744 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	MEGF8	Q7Z7M0	2845 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TRRAP	Q9Y4A5	3859 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TRAV30	A0A087WSZ9	112 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	CEBPZOS	A8MTT3	80 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285		E7EUB6	86 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	SCGB1D1	O95968	90 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	CSN3	P07498	182 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	FCGR2B	P31994	310 aa	Predicted RBP	6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	SUPT4H1	P63272	117 aa	Known RBP	6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	ICAM4	Q14773	271 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	IAH1	Q2TAA2	248 aa	Predicted RBP	6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	PET117	Q6UWS5	81 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	ALKBH7	Q9BT30	221 aa	Predicted RBP	6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	MAGT1	Q9H0U3	335 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	URGCP-MRPS24	S4R325	110 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TMEM56-RWDD3	S4R434	201 aa		6.61	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	VWF	P04275	2813 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	C2orf70	A6NJV1	201 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285		F6UZH7	168 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285		K7EMT4	169 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	ST8SIA3	O43173	380 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TRBV12-3	P01733	135 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	CBLN1	P23435	193 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	CEBPG	P53567	150 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	SP6	Q3SY56	376 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	ACTL10	Q5JWF8	245 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	CYB561D1	Q8N8Q1	229 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	OR4B1	Q8NGF8	309 aa		6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	PINX1	Q96BK5	328 aa	Known RBP	6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	RTBDN	Q9BSG5	229 aa	Predicted RBP	6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	LSM4	Q9Y4Z0	139 aa	Known RBP	6.6	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	LOC102723971	A0A1B0GUV8	181 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	OR2T8	A6NH00	312 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	CGB1	A6NKQ9	187 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	C15orf62	A8K5M9	175 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	PITX3	O75364	302 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3-23	P01764	117 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	PFN1	P07737	140 aa	Known RBP	6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	S100A7	P31151	101 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	OPRK1	P41145	380 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	LRTM2	Q8N967	370 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	ZNF738	Q8NE65	137 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TMEM190	Q8WZ59	177 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	GRAMD2B	Q96HH9	432 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	CIB3	Q96Q77	187 aa	Predicted RBP	6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	CSTL1	Q9H114	145 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	SDF2L1	Q9HCN8	221 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	GSKIP	Q9P0R6	139 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	CACNG5	Q9UF02	275 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285		U3KQK5	164 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285	TNC	P24821	2201 aa		6.59	□□□□□ -1.35
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PS18	150 aa		6.59	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	MAP1LC3B2	A6NCE7	125 aa		6.59	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	OR4C46	A6NHA9	309 aa		6.59	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285		A8MZ25	164 aa		6.59	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	TMEM238	C9JI98	176 aa		6.59	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	MT-CO2	P00403	227 aa		6.59	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	IGKV1-39	P01597	117 aa		6.59	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	IGKV1-5	P01602	117 aa		6.59	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	IGKV1D-39	P04432	117 aa		6.59	□□□□□ -1.36
USP3-208	ENST00000558285	CNN1	P51911	297 aa	Known RBP	6.59	□□□□□ -1.36

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