RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 WDHD1O75717 1129 aaPredicted RBP22.9■■□□□ 1.26
CLN3-241ENST00000635861 SP3Q02447 781 aa22.9■■□□□ 1.26
CLN3-241ENST00000635861 ARHGEF6Q15052 776 aa22.9■■□□□ 1.26
CLN3-241ENST00000635861 CCL15Q16663 113 aa22.9■■□□□ 1.26
CLN3-241ENST00000635861 WRNIP1Q96S55 665 aa22.9■■□□□ 1.26
CLN3-241ENST00000635861 LDHBP07195 334 aaKnown RBP22.89■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 BRI3BPQ8WY22 251 aa22.89■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 OTUD5Q96G74 571 aa22.89■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 ZNF341Q9BYN7 854 aa22.89■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 ZFYVE28Q9HCC9 887 aa22.89■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 DAGLAQ9Y4D2 1042 aa22.89■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 SNCAIPQ9Y6H5 919 aa22.89■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 PDS5AQ29RF7 1337 aaKnown RBP22.88■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 IPO8O15397 1037 aaKnown RBP22.88■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 CETPP11597 493 aa22.88■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 MTX1Q13505 466 aa22.88■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 MEIS3Q99687 375 aa22.88■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 KIAA0100Q14667 2235 aaKnown RBP22.87■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 PRDX5P30044 214 aa22.87■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 PPIL2Q13356 520 aa22.87■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 TAF1CQ15572 869 aaPredicted RBP22.87■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 CNKSR2Q8WXI2 1034 aa22.87■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 EFCC1Q9HA90 598 aa22.87■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 PTPN22Q9Y2R2 807 aa22.87■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 SNAPC2Q13487 334 aa22.86■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 CDC42EP5Q6NZY7 148 aa22.86■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 CD99L2Q8TCZ2 262 aa22.86■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 AKAP2Q9Y2D5 859 aa22.86■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 PHKA1P46020 1223 aa22.85■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 PPATQ06203 517 aa22.85■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 PA2G4Q9UQ80 394 aaKnown RBP22.85■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 DIXDC1Q155Q3 683 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 CCDC102BQ68D86 513 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 SLF2Q8IX21 1173 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 ZKSCAN4Q969J2 545 aaPredicted RBP22.84■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 ZNF112Q9UJU3 913 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 SRGAP3O43295 1099 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 SLC34A2O95436 690 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 FAM43AQ8N2R8 423 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-241ENST00000635861 IRF6O14896 467 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 SPTY2D1Q68D10 685 aaPredicted RBP22.82■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 USP40Q9NVE5 1235 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 GAKO14976 1311 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 TLR2O60603 784 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 MVPQ14764 893 aaKnown RBP22.82■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 NOL9Q5SY16 702 aaKnown RBP22.82■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 ARMC5Q96C12 935 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 FAM163AQ96GL9 167 aaPredicted RBP22.82■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 IDI2Q9BXS1 227 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 A0A1B0GUL7 405 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 ENTPD3O75355 529 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 PRPF38BQ5VTL8 546 aaKnown RBP22.81■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 ATF7IPQ6VMQ6 1270 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 MIGA2Q7L4E1 593 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 FAM198AQ9UFP1 575 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 PTPRFP10586 1907 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 DOCK1Q14185 1865 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 GNRH1P01148 92 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 ADORA1P30542 326 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 TCP10Q12799 353 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 NFIAQ12857 509 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 RASGRF1Q13972 1273 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 DZIP1Q86YF9 867 aaKnown RBP22.8■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 KCNH4Q9UQ05 1017 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 RFX7Q2KHR2 1363 aa22.79■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 BTBD19C9JJ37 291 aa22.79■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 GNAI2P04899 355 aa22.79■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 TRIM27P14373 513 aa22.79■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 INPP5BP32019 993 aa22.79■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 TIMM10P62072 90 aa22.79■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 KIF22Q14807 665 aa22.79■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 XAGE2Q96GT9 111 aa22.79■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD23Q86SG2 305 aa22.78■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 MGAMO43451 1857 aa22.77■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 PHIPQ8WWQ0 1821 aa22.77■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 TFCP2Q12800 502 aa22.77■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 ABCF2Q9UG63 623 aa22.77■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 MKI67P46013 3256 aaKnown RBP22.77■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 ATRNL1Q5VV63 1379 aa22.77■■□□□ 1.24
CLN3-241ENST00000635861 ZSWIM8A7E2V4 1837 aa22.77■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 MAP4K4O95819 1239 aaPredicted RBP22.76■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 PRMT2P55345 433 aa22.76■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP22.76■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 NBPF11Q86T75 865 aa22.76■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 BRCA2P51587 3418 aa22.76■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 RGS3P49796 1198 aa22.75■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 ERICH6Q7L0X2 663 aa22.75■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 MROH7-TTC4A0A0A0MT08 1334 aa22.75■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 MAST2Q6P0Q8 1798 aa22.75■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 CXCL11O14625 94 aa22.74■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 NPM3O75607 178 aaKnown RBP22.74■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 LACTBP83111 547 aaPredicted RBP22.74■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 CAP1Q01518 475 aa22.74■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 MAP3K10Q02779 954 aa22.74■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 GOLGA6L2Q8N9W4 650 aaPredicted RBP22.74■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 FRAT1Q92837 279 aaPredicted RBP22.74■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 ATAD5Q96QE3 1844 aa22.74■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 G3BP1Q13283 466 aaKnown RBP eCLIP22.74■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 ZNF333Q96JL9 665 aa22.74■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 GPR75-ASB3A0A0A6YYF3 556 aa22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.5 ms