RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	TBCEL	Q5QJ74	424 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM164	Q5U3C3	297 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM214	Q6NUQ4	689 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	SKAP1	Q86WV1	359 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	SIRT2	Q8IXJ6	389 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	TSEN2	Q8NCE0	465 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	STK31	Q9BXU1	1019 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	LGR6	Q9HBX8	967 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM196B	A6NMK8	535 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247		K7ELQ4	463 aa	Predicted RBP	6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	PDE4C	Q08493	712 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	TEF	Q10587	303 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	DPYD	Q12882	1025 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	ELOA	Q14241	798 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	MTFR1	Q15390	333 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	PLA2G4E	Q3MJ16	856 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	TAS1R3	Q7RTX0	852 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	DCTPP1	Q9H773	170 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	CUEDC1	Q9NWM3	386 aa	Predicted RBP	6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	SPG7	Q9UQ90	795 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	BACH1	O14867	736 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	GNAS	Q5JWF2	1037 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	CEP85	Q6P2H3	762 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	G2E3	Q7L622	706 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKMY2	Q8IV38	441 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF295-AS1	Q8N0V1	137 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	RHBDD1	Q8TEB9	315 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	SCARF2	Q96GP6	870 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	DCAF5	Q96JK2	942 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	SCHIP1	Q9P0W5	487 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	ABCA3	Q99758	1704 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	6.91	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	PLA2G4A	P47712	749 aa		6.91	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	RGS3	P49796	1198 aa		6.91	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	BMP2KL	Q5H9B9	411 aa		6.91	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		6.91	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	GAS2L1	Q99501	681 aa	Predicted RBP	6.91	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	TIMMDC1	Q9NPL8	285 aa		6.91	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		6.91	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		6.91	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	CDK2AP1	O14519	115 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP27B1	O15528	508 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGEF15	O94989	841 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	GNAI3	P08754	354 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	ITGA6	P23229	1130 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	SEC13	P55735	322 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC9A9	Q8IVB4	645 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM200A	Q8TCP9	573 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	ZDHHC1	Q8WTX9	485 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	MEIS3	Q99687	375 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	TSPAN10	Q9H1Z9	355 aa	Predicted RBP	6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	6.9	□□□□□ -1.3
ATG4A-208	ENST00000489247	DISP2	A7MBM2	1401 aa		6.9	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	GLI3	P10071	1580 aa		6.9	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNQ3	O43525	872 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	HMMR	O75330	724 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	ALDH1L1	O75891	902 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	GNAI2	P04899	355 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	CHRNA2	Q15822	529 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	SH3PXD2A	Q5TCZ1	1133 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF790	Q6PG37	636 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	GPR161	Q8N6U8	529 aa	Known RBP	6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	GALNT6	Q8NCL4	622 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	GPAM	Q9HCL2	828 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	DDX21	Q9NR30	783 aa	Known RBP eCLIP	6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	HYPK	Q9NX55	129 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	DYRK1B	Q9Y463	629 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	TNS2	Q63HR2	1409 aa		6.89	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	CACNA1F	O60840	1977 aa		6.88	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	ADCY9	O60503	1353 aa		6.88	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	COL15A1	P39059	1388 aa		6.88	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	UTY	O14607	1347 aa		6.88	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247	CDC14C	A4D256	554 aa		6.88	□□□□□ -1.31
ATG4A-208	ENST00000489247		F6X3S4	739 aa		6.88	□□□□□ -1.31

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