RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000447232.6

PMS1-215, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, human

TSL 2 BASIC

Gene PMS1, Length 2,576 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PMS1-215	ENST00000447232	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	TNIP1	Q15025	636 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	LRIT3	Q3SXY7	679 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	ERO1A	Q96HE7	468 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	RPTOR	Q8N122	1335 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	YDJC	A8MPS7	323 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	RAD17	O75943	681 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	STARD3NL	O95772	234 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	BMP8B	P34820	402 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	WDR4	P57081	412 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	ARID5B	Q14865	1188 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	SH3RF1	Q7Z6J0	888 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	BPHL	Q86WA6	291 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	CD99L2	Q8TCZ2	262 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	EFCC1	Q9HA90	598 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	NR2E3	Q9Y5X4	410 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	AGER	Q15109	404 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	MOB2	Q70IA6	237 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	NBPF11	Q86T75	865 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	NXF1	Q9UBU9	619 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	ABCC12	Q96J65	1359 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	PRAMEF22	A3QJZ6	481 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	NR3C2	P08235	984 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	MRPL14	Q6P1L8	145 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	ARMC2	Q8NEN0	867 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	GUCD1	Q96NT3	240 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	GDF15	Q99988	308 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	HTATIP2	Q9BUP3	242 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	GGA3	Q9NZ52	723 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	STAP2	Q9UGK3	403 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	SSC5D	A1L4H1	1573 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	MAP3K12	Q12852	859 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	NR5A1	Q13285	461 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	SH3BP5L	Q7L8J4	393 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	LGR6	Q9HBX8	967 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	POLK	Q9UBT6	870 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	DZIP3	Q86Y13	1208 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	ITPKC	Q96DU7	683 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	C1QTNF2	Q9BXJ5	285 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	FAM117A	Q9C073	453 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	KDM4C	Q9H3R0	1056 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	ZFAND3	Q9H8U3	227 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PMS1-215	ENST00000447232	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	ZIC2	O95409	532 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	SKIV2L	Q15477	1246 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	FAM109B	Q6ICB4	259 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	TESK2	Q96S53	571 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	ALPK3	Q96L96	1907 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	TMEM265	A0A087WTH1	108 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	IGF2BP3	O00425	579 aa	Known RBP eCLIP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	PSMD14	O00487	310 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	A1BG	P04217	495 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	INHBE	P58166	350 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	SP3	Q02447	781 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	GNL3	Q9BVP2	549 aa	Known RBP eCLIP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	4.52	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	TAF1	P21675	1872 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	CRHR2	Q13324	411 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	NPAS3	Q8IXF0	933 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	TRMT44	Q8IYL2	757 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	LRRN4	Q8WUT4	740 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	MANSC4	A6NHS7	340 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	MYC	P01106	439 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	GJA8	P48165	433 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	SCARF1	Q14162	830 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	ANGEL2	Q5VTE6	544 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PMS1-215	ENST00000447232	SH3TC2	Q8TF17	1288 aa		4.51	□□□□□ -1.69

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