RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	URB1	O60287	2271 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1B0GW15	77 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	MRPS12	O15235	138 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	GNG7	O60262	68 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NUPR1	O60356	82 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF253	O75346	499 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF324	O75467	553 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SCGB1D1	O95968	90 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	GPX1	P07203	203 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FAM106CP	P0CH98	169 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	APELA	P0DMC3	54 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM11	P17152	192 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	RAB4A	P20338	218 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SRI	P30626	198 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	UBE2E1	P51965	193 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	HBB	P68871	147 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	PRB3	Q04118	309 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	HES1	Q14469	280 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ASPHD1	Q5U4P2	390 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		Q6AWC8	147 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TOMM20L	Q6UXN7	152 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SIGLEC15	Q6ZMC9	328 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TEX43	Q6ZNM6	134 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		Q6ZWC4	215 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SIGLECL1	Q8N7X8	197 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	GATD1	Q8NB37	220 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FAM110D	Q8TAY7	271 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	VN1R17P	Q8TDU5	208 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	DAZAP1	Q96EP5	407 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FANCD2OS	Q96PS1	177 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C20orf144	Q9BQM9	153 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	HSPB9	Q9BQS6	159 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	PRO1933	Q9H354	126 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	LPAR2	Q9HBW0	351 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C21orf62	Q9NYP8	219 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	POLR3K	Q9Y2Y1	108 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	DMD	P11532	3685 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CNOT1	A5YKK6	2376 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1B0GUS0	222 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	HIGD1C	A8MV81	97 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF705F	A8MVS1	300 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	LY6H	O94772	140 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CA1	P00915	261 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	IGLV2-11	P01706	119 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	IL4	P05112	153 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FRMD6-AS1	P0C7T7	363 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF705D	P0CH99	300 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF705B	P0CI00	300 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	RPL7	P18124	248 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	AMT	P48728	403 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	RAB9A	P51151	201 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FOXA3	P55318	350 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NDP	Q00604	133 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	PSG9	Q00887	426 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	PRR27	Q6MZM9	219 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	RBPMS2	Q6ZRY4	209 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	GOLT1A	Q6ZVE7	132 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	COX8C	Q7Z4L0	72 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		Q8N9W7	124 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C18orf32	Q8TCD1	76 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ITLN2	Q8WWU7	325 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FAM168A	Q92567	244 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TBX15	Q96SF7	602 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ATP6V0B	Q99437	205 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C2orf88	Q9BSF0	95 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	GSX1	Q9H4S2	264 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	RPH3AL	Q9UNE2	315 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	PLCE1	Q9P212	2302 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SVIL	O95425	2214 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ARFGEF3	Q5TH69	2177 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV7-81	A0A0B4J1V7	117 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PPR1	153 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PRD5	423 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PRF3	423 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PRM7	423 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PS18	150 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	DIRC3	C9JPN6	131 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		F8W735	103 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	OVOL3	O00110	214 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	HAX1	O00165	279 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SPINK4	O60575	86 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TOX4	O94842	621 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NDUFB8	O95169	186 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZFP36	P26651	326 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	COL8A1	P27658	744 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CDKN1A	P38936	164 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CSN1S1	P47710	185 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SLC35B1	P78383	322 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SLA	Q13239	276 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	PSG3	Q16557	428 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		Q56UQ5	140 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	LEMD1	Q68G75	181 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	DYNAP	Q8N1N2	210 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CIART	Q8N365	385 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF414	Q96IQ9	312 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ALKBH7	Q9BT30	221 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FAM103A1	Q9BTL3	118 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	AAMDC	Q9H7C9	122 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	UBTD1	Q9HAC8	227 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZMAT5	Q9UDW3	170 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62

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