RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	FAM162B	Q5T6X4	162 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF600	Q6ZNG1	722 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	BAGE3	Q86Y29	109 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM256	Q8N2U0	113 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TTC9C	Q8N5M4	171 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ARL6IP6	Q8N6S5	226 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NUDT10	Q8NFP7	164 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NUDT11	Q96G61	164 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	MS4A10	Q96PG2	267 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SHANK2-AS3	Q9BTD1	123 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	MLST8	Q9BVC4	326 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SLC25A39	Q9BZJ4	359 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		Q9H3A6	140 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SERTAD4	Q9NUC0	356 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	KLK9	Q9UKQ9	250 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TP53TG3	Q9ULZ0	132 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CACNA1D	Q01668	2161 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	WDR87	Q6ZQQ6	2873 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CAD	P27708	2225 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	IGLV11-55	A0A075B6I3	123 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	KIR2DL5B	A0A0G2JN68	375 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	KIR2DL5B	A0A0G2JPC4	375 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SERTM2	A0A1B0GWG4	89 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1B0GXF2	115 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	WI2-2373I1.2	A0A1W2PRP0	233 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C19orf71	A6NCJ1	209 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FBLL1	A6NHQ2	334 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A8MWL6	223 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NPIPB6	E9PJ23	425 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	BMPR1B	O00238	502 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SERF1A	O75920	110 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	IGKV1-17	P01599	117 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV3-48	P01763	117 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	APCS	P02743	223 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	RD3L	P0DJH9	198 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FCGR2B	P31994	310 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	MFAP4	P55083	255 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	DLX1	P56177	255 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	LINC00310	P59036	64 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	GNG5	P63218	68 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	KLF5	Q13887	457 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	PDE6H	Q13956	83 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CDSN	Q15517	529 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	LDLRAD2	Q5SZI1	272 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	DMRTA1	Q5VZB9	504 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	RUSC1-AS1	Q66K80	236 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CYB5R2	Q6BCY4	276 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF562	Q6V9R5	426 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	VMO1	Q7Z5L0	202 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		Q86TA4	180 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	MRPL52	Q86TS9	123 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	BPIFA4P	Q86YQ2	179 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	KIR2DL5A	Q8N109	375 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM75	Q8N9X5	138 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	OR4F17	Q8NGA8	305 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ARPC1A	Q92747	370 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	KCNS1	Q96KK3	526 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TXN2	Q99757	166 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	PRSS22	Q9GZN4	317 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SIRPD	Q9H106	197 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	PRORY	Q9H606	182 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	RPP21	Q9H633	154 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF586	Q9NXT0	402 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C1RL	Q9NZP8	487 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	THYN1	Q9P016	225 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NAGK	Q9UJ70	344 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	DOCK11	Q5JSL3	2073 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TRBV19	A0A075B6N1	114 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV3-21	A0A0B4J1V1	117 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV34	A0A0B4J273	112 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV2-70D	A0A0C4DH43	119 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	GRIFIN	A4D1Z8	144 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A8MWP6	167 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		K7EQM0	130 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		P01737	135 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	HLA-DRB1	P01911	266 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	IGLC2	P0DOY2	106 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	EFNA4	P52798	201 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TCL1A	P56279	114 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	KLRD1	Q13241	179 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C1orf194	Q5T5A4	169 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	MRPL54	Q6P161	138 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C16orf54	Q6UWD8	224 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C19orf35	Q6ZS72	473 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	LHFPL4	Q7Z7J7	247 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF664	Q8N3J9	261 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF491	Q8N8L2	437 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NHLRC2	Q8NBF2	726 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NUP35	Q8NFH5	326 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	BLNK	Q8WV28	456 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	RNF125	Q96EQ8	232 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C14orf144	Q96I85	54 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	LINC00479	Q96M42	142 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NEU1	Q99519	415 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	NDUFAF3	Q9BU61	184 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	SAMD10	Q9BYL1	202 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	GNB4	Q9HAV0	340 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ZFP30	Q9Y2G7	519 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	HILPDA	Q9Y5L2	63 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CUL9	Q8IWT3	2517 aa		4.93	□□□□□ -1.62

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