RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-255	ENST00000637100	AKR1C2	P52895	323 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	SPCS3	P61009	180 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	DHRS2	Q13268	280 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	C2orf83	Q53S99	150 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	FAM219A	Q8IW50	185 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	CENPS	Q8N2Z9	138 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	OR1S2	Q8NGQ3	325 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	FAM210B	Q96KR6	192 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	CLUHP3	Q96NS8	147 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	NDUFAF3	Q9BU61	184 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	SCRT1	Q9BWW7	348 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	COMMD3	Q9UBI1	195 aa		11.76	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	MUC4	Q99102	2169 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	PRSS29P	A6NIE9	313 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	CDS2	O95674	445 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	HOXA1	P49639	335 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	NUTF2	P61970	127 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	PSMG4	Q5JS54	123 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	SNX29P2	Q8IUI4	249 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	RNASEH2C	Q8TDP1	164 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100		Q8WTZ3	238 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM170A	Q8WVE7	144 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	PDCD10	Q9BUL8	212 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	KLK11	Q9UBX7	282 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	MTFP1	Q9UDX5	166 aa		11.75	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	RPS10-NUDT3	A0A1W2PQS6	291 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	PGAM2	P15259	253 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	NPY1R	P25929	384 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	LSM3	P62310	102 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	DHODH	Q02127	395 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	USF2	Q15853	346 aa	Predicted RBP	11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	RNASE10	Q5GAN6	216 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	TERB2	Q8NHR7	220 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	ZFAND1	Q8TCF1	268 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	GLYATL2	Q8WU03	294 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	NRN1	Q9NPD7	142 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	CTNNBIP1	Q9NSA3	81 aa	Predicted RBP	11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	SMIM9	A6NGZ8	99 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	NXPH3	O95157	252 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	CD3D	P04234	171 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	HLA-DRB4	P13762	266 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	NKX2-1	P43699	371 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	SP6	Q3SY56	376 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	RRNAD1	Q96FB5	475 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	ABHD1	Q96SE0	405 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM222	Q9H0R3	208 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	ENY2	Q9NPA8	101 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	HLA-DRB4	X5D2U9	266 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM189	A5PLL7	270 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	HPGDS	O60760	199 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	OR10J1	P30954	320 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	RND2	P52198	227 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	SNRPD3	P62318	126 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF767P	Q75MW2	155 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	CCDC71L	Q8N9Z2	235 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	OR52I2	Q8NH67	350 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	LHFPL5	Q8TAF8	219 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	XCL2	Q9UBD3	114 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	TOMM40	O96008	361 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	SPART-AS1	P0CW21	52 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	NCS1	P62166	190 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	OXA1L	Q15070	435 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	TRIM16L	Q309B1	348 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	OR4D10	Q8NGI6	311 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	OR13C8	Q8NGS7	320 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100	COPZ2	Q9P299	210 aa		11.71	□□□□□ -0.53
CLN3-255	ENST00000637100		A0A087WXM4	84 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	GSTZ1	O43708	216 aa	Predicted RBP	11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	RNF212	Q495C1	297 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	ETFRF1	Q6IPR1	90 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	SIGLEC15	Q6ZMC9	328 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM229B	Q8NBD8	167 aa		11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	RTBDN	Q9BSG5	229 aa	Predicted RBP	11.7	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	TEX13D	A0A0J9YY54	714 aa	Predicted RBP	11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	IL4	P05112	153 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	NMS	Q5H8A3	153 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	SELENOH	Q8IZQ5	122 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF709	Q8N972	641 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	SLC24A4	Q8NFF2	622 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	RBPMS	Q93062	196 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	GPR146	Q96CH1	333 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	FUNDC2	Q9BWH2	189 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	HEYL	Q9NQ87	328 aa	Predicted RBP	11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	DKK2	Q9UBU2	259 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	CACFD1	Q9UGQ2	172 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM56-RWDD3	S4R434	201 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	TEX48	A0A1B0GUV7	120 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100		M0R2N4	97 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	SOCS3	O14543	225 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	OR5AC1	P0C628	307 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	RD3L	P0DJH9	198 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	PSG1	P11464	419 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	RORC	P51449	518 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	VBP1	P61758	197 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	SURF2	Q15527	256 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	GDF5OS	Q5U4N7	250 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	MARCH1	Q8TCQ1	289 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	NPIPB3	Q92617	1050 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100	SAV1	Q9H4B6	383 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CLN3-255	ENST00000637100		A8MTW9	85 aa		11.67	□□□□□ -0.54

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