RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 C20orf85Q9H1P6 137 aa13.59□□□□□ -0.23
CLN3-241ENST00000635861 BOLA1Q9Y3E2 137 aa13.59□□□□□ -0.23
CLN3-241ENST00000635861 TRAV6A0A075B6T7 132 aa13.58□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 MPTX1A8MV57 137 aa13.58□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 M0QYG6 137 aa13.58□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 CORTO00230 105 aa13.58□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 RAB3DO95716 219 aa13.58□□□□□ -0.24
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CLN3-241ENST00000635861 EWSR1Q01844 656 aaKnown RBP eCLIP13.58□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 RNASE10Q5GAN6 216 aaKnown RBP13.58□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 KMT2AQ03164 3969 aa13.58□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 TRAV2A0A0B4J234 112 aa13.57□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 DHODHQ02127 395 aa13.57□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 MEF2DQ14814 521 aa13.57□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 Q5BKY6 102 aa13.57□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 ARRDC1Q8N5I2 433 aa13.57□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 VSIRQ9H7M9 311 aa13.57□□□□□ -0.24
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CLN3-241ENST00000635861 FRAS1Q86XX4 4008 aa13.57□□□□□ -0.24
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CLN3-241ENST00000635861 FAAP20Q6NZ36 180 aa13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 ZNF600Q6ZNG1 722 aa13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 APRG1Q8IVJ8 170 aa13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 PINX1Q96BK5 328 aaKnown RBP13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 PVRIGQ6DKI7 326 aa13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 LHFPL1Q86WI0 220 aa13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 OR11H7Q8NGC8 314 aa13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 PDCD10Q9BUL8 212 aa13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 MFFQ9GZY8 342 aa13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 C11orf68Q9H3H3 251 aaKnown RBP13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 TMEM231Q9H6L2 316 aa13.56□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 HMSDA8MTL9 139 aa13.55□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 SCGB2A1O75556 95 aa13.55□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 B3GALNT1O75752 331 aa13.55□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 NDUFB6O95139 128 aa13.55□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 P0C879 139 aa13.55□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 AKR1C2P52895 323 aa13.55□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 TOMM20LQ6UXN7 152 aa13.55□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 TCF24Q7RTU0 167 aa13.55□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 SLC35G3Q8N808 338 aa13.55□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 OR2T35Q8NGX2 323 aa13.55□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 RARRES2Q99969 163 aa13.55□□□□□ -0.24
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CLN3-241ENST00000635861 TSC22D2O75157 780 aa13.54□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 PGAM2P15259 253 aa13.54□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 TFPI2P48307 235 aa13.54□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 PIGPP57054 158 aa13.54□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 FGL1Q08830 312 aa13.54□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 OR51S1Q8NGJ8 323 aa13.54□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 PHLDA1Q8WV24 401 aaPredicted RBP13.54□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 ZFAND3Q9H8U3 227 aa13.54□□□□□ -0.24
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CLN3-241ENST00000635861 TMEM50AO95807 157 aa13.53□□□□□ -0.24
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CLN3-241ENST00000635861 CCDC71LQ8N9Z2 235 aa13.53□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 PRRT1Q99946 306 aa13.53□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 SLC25A21Q9BQT8 299 aaPredicted RBP13.53□□□□□ -0.24
CLN3-241ENST00000635861 C3orf85A0A1B0GTC6 90 aa13.52□□□□□ -0.25
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CLN3-241ENST00000635861 IFNA17P01571 189 aa13.52□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 IGHV3-48P01763 117 aa13.52□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 ZNF124Q15973 351 aa13.52□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 LGALS9CQ6DKI2 356 aa13.52□□□□□ -0.25
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CLN3-241ENST00000635861 OR13C8Q8NGS7 320 aa13.52□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 TERB2Q8NHR7 220 aa13.52□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 ST8SIA2Q92186 375 aa13.52□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 TP53RKQ96S44 253 aa13.52□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 MS4A6AQ9H2W1 248 aa13.52□□□□□ -0.25
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CLN3-241ENST00000635861 IGKV3-7A0A075B6H7 116 aa13.51□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 IGHV3OR16-13A0A075B7E8 117 aa13.51□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 IGHV3-74A0A0B4J1X5 117 aa13.51□□□□□ -0.25
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CLN3-241ENST00000635861 TCTAP57738 103 aa13.51□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 TMEM41BQ5BJD5 291 aa13.51□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 OR11H2Q8NH07 326 aa13.51□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 LRRC20Q8TCA0 184 aa13.51□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 RRNAD1Q96FB5 475 aaKnown RBP13.51□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 ENY2Q9NPA8 101 aa13.51□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 KRBOX1C9JBD0 128 aa13.5□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 CLN5O75503 358 aa13.5□□□□□ -0.25
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CLN3-241ENST00000635861 SCGB2B2Q4G0G5 96 aa13.5□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 FAM219AQ8IW50 185 aa13.5□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 C11orf45Q8TAV5 145 aa13.5□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 MGAT4CQ9UBM8 478 aa13.5□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 PFDN2Q9UHV9 154 aa13.5□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 DNAH10Q8IVF4 4471 aa13.5□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 TRAV30A0A087WSZ9 112 aa13.49□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 CA1P00915 261 aaPredicted RBP13.49□□□□□ -0.25
CLN3-241ENST00000635861 IFNA4P05014 189 aa13.49□□□□□ -0.25
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