RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000295718.6

PTPRN-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRN, Length 3,784 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-201ENST00000295718 SNRNP40Q96DI7 357 aaKnown RBP11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 C5orf30Q96GV9 206 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 CHRDL1Q9BU40 450 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 GNB1LQ9BYB4 327 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 LTBP2Q14767 1821 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 KIR2DL5BA0A0G2JN68 375 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 KIR2DL5BA0A0G2JPC4 375 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 PPIAL4DF5H284 164 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 KIR2DS2P43631 304 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 SLAQ13239 276 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 KIR2DL5AQ8N109 375 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 ASCL3Q9NQ33 180 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 NAV3Q8IVL0 2385 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 C9orf172C9J069 976 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 CCL3L1P16619 93 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 TSPOP30536 169 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 PRRX1P54821 245 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 DUX4L9Q6RFH8 374 aaPredicted RBP11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 LOXL4Q96JB6 756 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 HILPDAQ9Y5L2 63 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 ZGRF1Q86YA3 2104 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 A0A1B0GWJ7 208 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 IGKV1-16P04430 117 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 ARL3P36405 182 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 BHLHA15Q7RTS1 189 aaPredicted RBP11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 ZC2HC1AQ96GY0 325 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 IQCF6A8MYZ5 107 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 RNFT1Q5M7Z0 435 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 BPIFA4PQ86YQ2 179 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 RNF7Q9UBF6 113 aa11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 LSM4Q9Y4Z0 139 aaKnown RBP11.91□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 TRBV9A0A0B4J1U6 114 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 C15orf61A6NNL5 157 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 PEX7O00628 323 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 IGLC2P0DOY2 106 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 IGLC3P0DOY3 106 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 CX3CL1P78423 397 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 GOLT1AQ6ZVE7 132 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 NIT1Q86X76 327 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 SRSF12Q8WXF0 261 aaKnown RBP11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 TNFRSF19Q9NS68 423 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 DOPEY2Q9Y3R5 2298 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 TRAV8-1A0A0A6YYK1 113 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 IGHV3-35A0A0C4DH35 117 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 A8MWL6 223 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 WNT2P09544 360 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 AMMECR1LQ6DCA0 310 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 C1orf210Q8IVY1 113 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 NUDT10Q8NFP7 164 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 NUDT11Q96G61 164 aa11.9□□□□□ -0.5
PTPRN-201ENST00000295718 SPTBN5Q9NRC6 3674 aaKnown RBP11.9□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 IZUMO1RA6ND01 250 aa11.9□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 ZNF134P52741 427 aa11.9□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 YPEL3P61236 119 aaPredicted RBP11.9□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 Q6ZSR3 168 aa11.9□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 ZPBPQ9BS86 351 aa11.9□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 REV3LO60673 3130 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 TRAV9-2A0A087WT02 112 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 A0A087X0K7 114 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 GAGE10A6NGK3 116 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 VSTM5A8MXK1 200 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 AHRRA9YTQ3 701 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 LINC00614P0C842 121 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 SAA1P0DJI8 122 aaPredicted RBP11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 SCGB2A2Q13296 93 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 SMIM15Q7Z3B0 74 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 OR52E5Q8NH55 327 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 ADTRPQ96IZ2 230 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 IFI27L2Q9H2X8 130 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 V9GYV3 84 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 GGTLC3B5MD39 225 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 PDLIM4P50479 330 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 RIPPLY3P57055 190 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 VMA21Q3ZAQ7 101 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 TMEM144Q7Z5S9 345 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 RNASE8Q8TDE3 154 aaKnown RBP11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 PPOXP50336 477 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 Q8NFD4 153 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 OSTCQ9NRP0 149 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 DYSFO75923 2080 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 TEX43Q6ZNM6 134 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 C9orf106Q8NAJ2 232 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 MRPL20Q9BYC9 149 aaKnown RBP11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 IGHV3OR16-8A0A075B7F1 116 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 RBM14-RBM4A0A0A0MSL8 147 aaKnown RBP11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 TMEM136Q6ZRR5 245 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 Q6ZT83 130 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 NUP35Q8NFH5 326 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 PTPRSQ13332 1948 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 FAM181BA6NEQ2 426 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 PMS2P5A8MQ11 134 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 NPIPB11E5RHQ5 1161 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 ZNF430Q9H8G1 570 aaPredicted RBP11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 HIF1ANQ9NWT6 349 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 RNF114Q9Y508 228 aa11.88□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 PSG1P11464 419 aa11.87□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 FNDC4Q9H6D8 234 aaPredicted RBP11.87□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 IGHV2OR16-5A0A0B4J2B6 119 aa11.87□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 NBEAP1P0C6P0 100 aa11.87□□□□□ -0.51
PTPRN-201ENST00000295718 FAM87AP0C7U9 286 aa11.87□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.5 ms