RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564228.5

TCF4-222, Transcript of transcription factor 4, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene TCF4, Length 1,915 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TCF4-222	ENST00000564228	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	12.9	□□□□□ -0.34
TCF4-222	ENST00000564228	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		12.9	□□□□□ -0.34
TCF4-222	ENST00000564228	RAB11FIP3	O75154	756 aa		12.9	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	12.9	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	12.9	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		12.9	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCDC144B	Q3MJ40	725 aa		12.9	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ERFE	Q4G0M1	354 aa		12.9	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	12.9	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		12.9	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	RHPN1	Q8TCX5	695 aa		12.9	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TAF1	P21675	1872 aa		12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	PNMA6A	P0CW24	399 aa	Predicted RBP	12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	GJB2	P29033	226 aa		12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	NFIX	Q14938	502 aa		12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TTC6	Q86TZ1	520 aa		12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TEX2	Q8IWB9	1127 aa		12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCAR2	Q8N163	923 aa	Known RBP	12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	RILPL2	Q969X0	211 aa		12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	RASSF4	Q9H2L5	321 aa		12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ST7	Q9NRC1	585 aa		12.89	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CSF1R	P07333	972 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CHRM1	P11229	460 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	LIG1	P18858	919 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ZNF165	P49910	485 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	FILIP1	Q7Z7B0	1213 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	NYX	Q9GZU5	481 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	SCAND2P	Q9GZW5	306 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	GREM2	Q9H772	168 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	COPRS	Q9NQ92	184 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ARGLU1	Q9NWB6	273 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228		V9GYY5	206 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ZRANB2	O95218	330 aa	Known RBP eCLIP	12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ITGA6	P23229	1130 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	PLA2G4A	P47712	749 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	KCNJ6	P48051	423 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCZ1B	P86790	482 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCZ1	P86791	482 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	DHX8	Q14562	1220 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	GEMIN8	Q9NWZ8	242 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	STK32B	Q9NY57	414 aa		12.88	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ABCC12	Q96J65	1359 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	USP27X	A6NNY8	438 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	SGSM2	O43147	1006 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	SKIL	P12757	684 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CLCN6	P51797	869 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	GSDMD	P57764	484 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	GPS2	Q13227	327 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	SLC15A2	Q16348	729 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCDC93	Q567U6	631 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	VPS53	Q5VIR6	699 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	RGS22	Q8NE09	1264 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	UBXN6	Q9BZV1	441 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TM6SF1	Q9BZW5	370 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CWC15	Q9P013	229 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	NOL12	Q9UGY1	213 aa	Known RBP eCLIP	12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	MYH15	Q9Y2K3	1946 aa		12.87	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	SASH1	O94885	1247 aa		12.86	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	PDC	P20941	246 aa		12.86	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	LSG1	Q9H089	658 aa	Known RBP	12.86	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	DACT1	Q9NYF0	836 aa		12.86	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		12.86	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	12.86	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TNFRSF11A	Q9Y6Q6	616 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCDC69	A6NI79	296 aa		12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	GOLGA6L19	H0YKK7	550 aa		12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TPM1	P09493	284 aa		12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TNNT3	P45378	269 aa	Predicted RBP	12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	NOP2	P46087	812 aa	Known RBP	12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	IQCB1	Q15051	598 aa		12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CAMK4	Q16566	473 aa		12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	LRRC24	Q50LG9	513 aa		12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCDC125	Q86Z20	511 aa		12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CNBD1	Q8NA66	436 aa		12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	GTF3C6	Q969F1	213 aa		12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	PUS3	Q9BZE2	481 aa	Known RBP	12.85	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		12.84	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TFCP2	Q12800	502 aa		12.84	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TSHZ3	Q63HK5	1081 aa		12.84	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	MSL1	Q68DK7	614 aa		12.84	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	TMCO3	Q6UWJ1	677 aa		12.84	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		12.84	□□□□□ -0.35
TCF4-222	ENST00000564228	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		12.84	□□□□□ -0.35

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