RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000414879.5

PTPRF-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 4,836 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-205	ENST00000414879	MCTP2	Q6DN12	878 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	SPATA5	Q8NB90	893 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	SMARCC2	Q8TAQ2	1214 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	TFIP11	Q9UBB9	837 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	PNMA2	Q9UL42	364 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	SPDYE3	A6NKU9	549 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	DEXI	O95424	95 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF165	P49910	485 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	ESPN	B1AK53	854 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	MCM3	P25205	808 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	RILPL1	Q5EBL4	403 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	EXOC1	Q9NV70	894 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	SPTLC2	O15270	562 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	PARP1	P09874	1014 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	TUBB4A	P04350	444 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	HEATR3	Q7Z4Q2	680 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	13.67	□□□□□ -0.22	1e-6	■■■■■ 54.3
PTPRF-205	ENST00000414879	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	PICALM	Q13492	652 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	RAB3GAP1	Q15042	981 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	SKAP1	Q86WV1	359 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	NECAB1	Q8N987	351 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	ARHGEF10L	Q9HCE6	1279 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	PTPDC1	A2A3K4	754 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	GPAA1	O43292	621 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	UBE4A	Q14139	1066 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	FMNL3	Q8IVF7	1028 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	ATP10D	Q9P241	1426 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC27A2	O14975	620 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	LRSAM1	Q6UWE0	723 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	BRINP3	Q76B58	766 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	CNKSR1	Q969H4	720 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	ARPP21	Q9UBL0	812 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	EIF3J	O75822	258 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	MTIF2	P46199	727 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	PDCL2	Q8N4E4	241 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	STAP2	Q9UGK3	403 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	KIF5C	O60282	957 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	APBA3	O96018	575 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	STAT6	P42226	847 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	KRT79	Q5XKE5	535 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	SCLT1	Q96NL6	688 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	EIF6	P56537	245 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	MIGA1	Q8NAN2	632 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	CLIP2	Q9UDT6	1046 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	PSMA7	O14818	248 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	KLHL10	Q6JEL2	608 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	UCHL5	Q9Y5K5	329 aa	Known RBP eCLIP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879		F8W031	263 aa	Predicted RBP	13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	IDE	P14735	1019 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC40	Q4G0X9	1142 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	WDR78	Q5VTH9	848 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	MPND	Q8N594	471 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	GOLGA6L10	A6NI86	522 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	EHBP1	Q8NDI1	1231 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	HSPA4	P34932	840 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM200A	Q8TCP9	573 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	BICDL2	A1A5D9	508 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	PRKCSH	P14314	528 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	TNNT3	P45378	269 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	VEZT	Q9HBM0	779 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	DKC1	O60832	514 aa	Known RBP eCLIP	13.64	□□□□□ -0.23	9e-7	■■■■■ 35.8
PTPRF-205	ENST00000414879	APOBR	Q0VD83	1088 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	PTPN14	Q15678	1187 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	HAUS7	Q99871	368 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	IFI16	Q16666	785 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	IQUB	Q8NA54	791 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	KIF18A	Q8NI77	898 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	RIMBP2	O15034	1052 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	TNFAIP1	Q13829	316 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	CKAP2L	Q8IYA6	745 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	PLCD1	P51178	756 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	UBA5	Q9GZZ9	404 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	SEPT11	Q9NVA2	429 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	USP25	Q9UHP3	1055 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	SAMM50	Q9Y512	469 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	UBE3C	Q15386	1083 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	LRRC2	Q9BYS8	371 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	DTHD1	Q6ZMT9	781 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	SYCP3	Q8IZU3	236 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	PTPRU	Q92729	1446 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		13.62	□□□□□ -0.23

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