RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000366290.2

YBX3-204, Transcript of Y-box binding protein 3, human

TSL 2

Gene YBX3, Length 512 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
YBX3-204	ENST00000366290	MYOM2	P54296	1465 aa		11.22	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	PDE12	Q6L8Q7	609 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	ZNF438	Q7Z4V0	828 aa		11.22	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	GTPBP3	Q969Y2	492 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	ABHD17A	Q96GS6	310 aa		11.22	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	C11orf16	Q9NQ32	467 aa		11.22	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	STRN4	Q9NRL3	753 aa		11.22	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	EGFR	P00533	1210 aa		11.21	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	TAGLN	Q01995	201 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	LAMC2	Q13753	1193 aa		11.21	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	XKR5	Q6UX68	686 aa		11.21	□□□□□ -0.61
YBX3-204	ENST00000366290	PHLPP1	O60346	1717 aa		11.21	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	TECPR2	O15040	1411 aa		11.2	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		11.2	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ORC1	Q13415	861 aa		11.2	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ZNF385C	Q66K41	422 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	WHAMM	Q8TF30	809 aa		11.2	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ELP3	Q9H9T3	547 aa		11.2	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	HCN2	Q9UL51	889 aa		11.2	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ATXN7L1	Q9ULK2	861 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	LRP6	O75581	1613 aa		11.2	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		11.19	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	JCAD	Q9P266	1359 aa		11.19	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	SRSF11	Q05519	484 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	RGL3	Q3MIN7	710 aa		11.19	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	MARK1	Q9P0L2	795 aa		11.19	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	LAMC1	P11047	1609 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	PNMA6F	A0A0J9YX94	578 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	UNCX	A6NJT0	531 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	TNFRSF21	O75509	655 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ADAMTS2	O95450	1211 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	NEFL	P07196	543 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ENOX2	Q16206	610 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	CSRNP1	Q96S65	589 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	MBIP	Q9NS73	344 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	TMEM63C	Q9P1W3	806 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	FOXD3	Q9UJU5	478 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		11.18	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	CD33	P20138	364 aa		11.17	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	CCIN	Q13939	588 aa		11.17	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	GRIN2C	Q14957	1233 aa		11.17	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	NLRP13	Q86W25	1043 aa		11.17	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	SNX29	Q8TEQ0	813 aa		11.17	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	GSX2	Q9BZM3	304 aa		11.17	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	PHF24	Q9UPV7	400 aa		11.17	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ABCC11	Q96J66	1382 aa		11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	EIF1AY	O14602	144 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ATF3	P18847	181 aa		11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ATP2B2	Q01814	1243 aa		11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	FOXR1	Q6PIV2	292 aa		11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	TRERF1	Q96PN7	1200 aa		11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	CFHR5	Q9BXR6	569 aa		11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	SASH3	O75995	380 aa		11.15	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	FGFR3	P22607	806 aa		11.15	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	SPEM2	Q0P670	501 aa		11.15	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	BRINP3	Q76B58	766 aa		11.15	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	KRT25	Q7Z3Z0	450 aa		11.15	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	SETDB2	Q96T68	719 aa		11.15	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	DNAJC25	Q9H1X3	360 aa		11.15	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	ABI2	Q9NYB9	513 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	MST1R	Q04912	1400 aa		11.15	□□□□□ -0.62
YBX3-204	ENST00000366290	CPNE3	O75131	537 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	PHACTR2	O75167	634 aa		11.14	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	TARS	P26639	723 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	FGD1	P98174	961 aa		11.14	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	SVOP	Q8N4V2	548 aa		11.14	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	SLC30A3	Q99726	388 aa		11.14	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		11.13	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		11.13	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290		E9PSI1	815 aa		11.13	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	LYPD4	Q6UWN0	246 aa		11.13	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	CNTN3	Q9P232	1028 aa		11.13	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	SHPRH	Q149N8	1683 aa		11.13	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	ADGRB1	O14514	1584 aa		11.12	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	ARHGEF15	O94989	841 aa		11.12	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	FAM182B	Q5T319	152 aa		11.12	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	TTC39B	Q5VTQ0	682 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	ALG1L	Q6GMV1	187 aa		11.12	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	PNMA5	Q96PV4	448 aa		11.12	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	CHRD	Q9H2X0	955 aa		11.12	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	ZFYVE28	Q9HCC9	887 aa		11.12	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	ZFAT	Q9P243	1243 aa		11.12	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		11.12	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	DLC1	Q96QB1	1528 aa		11.11	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	RARA	P10276	462 aa		11.11	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	NFKB1	P19838	968 aa		11.11	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		11.11	□□□□□ -0.63
YBX3-204	ENST00000366290	RAB44	Q7Z6P3	723 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63

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